背景:在此前发表的文章中,我们提出了一种新的基于短串联重复序列(Short Tandem Repeats,STR)的染色体三体性疾病的诊断策略。当应用这种策略来检测特定染色体拷贝数时,需要从人类基因组众多的STR中选择适宜的染色体特异性STR基因座构建一个诊断系统,根据系统中的STR基因座是否检测到三种不同的等位基因产物来判断个体是否为三体患者。目的:本研究拟进一步提出并验证对单个STR基因座及由多个STR基因座构成的诊断系统的评估方法,旨在帮助选择适宜的STR基因座构建一个高效能的诊断系统。方法:我们提出一个新的参数--三等位基因检出率,并推导出该参数的计算公式,用于定量评估一个STR基因座在这种诊断策略中的效能。在此基础上,推导出另一个数学公式,计算一个非整倍体诊断系统能够在一个三体性患者检测到三个不同等位基因的概率,根据这个概率的大小来衡量系统诊断效能的高低。最后,我们将所提出的两个公式用于评估我们在先前研究中构建的一个21三体的诊断系统。结果:这个21三体诊断系统由9个21号染色体特异性STR基因座构成。根据我们所提出的两个公式,这些STR基因座的三等位基因检出率在0.203—0.638之间,该系统在21三体患者能够检测到三个不同等位基因的概率大于0.95。结论:我们所提出并验证的公式可以对单个STR基因座和系统的诊断效能进行定量评估,帮助选择适宜的STR遗传标记,并确定一个高效能诊断系统所需的STR基因座的数量,从而为这种诊断策略的广泛应用提供基础。
目的:探讨分析无创产前筛查(noninvasive prenatal screening,NIPS)技术在罕见常染色体三体(rare autosomal trisomies,RAT)及染色体拷贝数变异(copy number variation,CNV)筛查中的临床意义。方法:回顾性分析于2017年3月—2023年7月因NIPS提示RAT和(或)CNV高风险在泉州市妇幼保健院·儿童医院产前诊断中心行羊水染色体核型分析及单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNParray)检测的108例患者情况。结果:83例NIPS提示RAT高风险者中产前诊断结果异常共15例,阳性预测值为18.07%,分别为1例致病性拷贝数变异(pathogenic copy number variants,pCNV)、9例临床意义不明确(variants of uncertain significance,VOUS)、4例杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH)及1例VOUS+LOH。25例NIPS提示CNV高风险者中产前诊断结果异常共16例,阳性预测值为64.00%,分别为11例pCNV、1例可能致病性拷贝数变异(likely pathogenic copy number variants,lpCNV)及4例VOUS。结论:NIPS技术对于RAT高风险阳性预测值不高,但提示不良妊娠结局风险增加;对于CNV高风险筛查有一定的应用价值。当NIPS提示RAT和染色体CNV高风险,应结合产前诊断结果及超声随访对胎儿预后进行评估,并加强妊娠期监测和管理。
