搜索到33194篇“ 全基因组序列分析“的相关文章
- 中国帕利亚姆血清群中山病毒的分离及全基因组序列分析
- 2024年
- 旨在获取中国帕利亚姆血清群中山病毒(Chuzan virus, CHUV)毒株的全基因组序列并分析其遗传特征。应用BHK-21、Vero、MDBK细胞对云南省江城县采集的152份健康黄牛血液样品盲传分离病毒,针对出现细胞病变样品,采用CHUV VP7蛋白基因片段进行RT-PCR扩增和测序,并对阳性样品进行全长扩增及高通量测序,获得的全基因组序列进行遗传进化分析。结果:1份血液样品可致BHK 21、Vero、MDBK细胞病变;病毒基因组为10节段的“3-3-3-1”带型;病毒基因全长18 914 bp,各基因节段长度在728 bp(Seg-10)~3 930 bp(Seg-1)之间,编码6 072个氨基酸残基,编码蛋白在211(NS3蛋白)~1 295(VP1蛋白)个氨基酸残基之间;通过对保守基因Seg-1,Seg-3、Seg-7的核苷酸系统发育分析,显示与中国本土CHUV亲缘关系最近,为98.17%~99.65%,形成一簇;变异基因Seg-2的核苷酸序列同样与中国本土CHUV毒株相似度最近,为98.76%~99.57%。本研究表明中国CHUV毒株的Seg-1、Seg-3和Seg-7形成了独特的地域型,为深入揭示我国CHUV的致病性和病原学特征提供了基础数据。
- 寇美玲孟锦昕苗海生李乐谢佳芮高林廖德芳李华春宋建领
- 关键词：全基因组测序
- 蛇足石杉内生真菌Shiraia sp.Slf14全基因组序列分析
- 2024年
- 内生真菌Shiraia sp.Slf14是从植物蛇足石杉(Huperzia serrata)中分离出来的一株能产生石杉碱甲和竹红菌素A的菌株。为了解菌株Shiraia sp.Slf14的基因特征,对该菌株进行全基因组测序。基于二代测序技术对蛇足石杉内生真菌Shi-raia sp.Slf14的全基因组进行测序分析,通过生物信息学相关软件进行质量控制及组装、功能注释、比较基因组学分析及系统发育分析和次生代谢产物分析。内生真菌Shiraia sp.Slf14的基因组大小为32067383 bp,N50的值为525954 bp,G+C含量为47.96%;预测得到基因组中共有11242个编码序列(coding sequences,CDS)、106个tRNA和27个rRNA;在GO、KEGG、KOG和CAZY中分别注释到3822个、3223个、8837个和563个基因;系统发育结果表明内生真菌Shiraia sp.Slf14属于竹黄菌属(Shiraia)。预测结果表明,内生真菌Shiraia sp.Slf14中存在50个次生代谢产物合成基因簇,具有合成多种生物活性物质的潜在能力,包括核糖体合成和翻译后修饰肽(RiPP)、Ⅰ型聚酮合酶(T1PKS)和非核糖体多肽合成酶(NRPS)等,此外还预测到可能参与石杉碱甲和竹红菌素A生物合成的基因簇。
- 范存忠邱兰兰吴晓东杨慧林张志斌颜日明朱笃
- 关键词：内生真菌全基因组测序石杉碱甲
- 来自南极洲类诺卡氏菌(Nocardioides sp.)InS609-2的全基因组序列分析
- 2024年
- 【背景】类诺卡氏菌(Nocardioides sp.)InS609-2是一株分离自南极洲罗斯海特拉诺瓦湾的恩克斯堡岛土壤中潜在的极地放线菌新种。尚无研究报道Nocardioides sp.InS609-2的全基因组序列,缺少对其功能基因、代谢产物合成途径及比较基因组学等的研究。【目的】解析Nocardioides sp.InS609-2的基因组序列信息,以深入挖掘次级代谢产物基因资源。【方法】利用Illumina HiSeq高通量测序平台对菌株InS609-2进行全基因组完成图测序,使用相关软件对测序数据进行基因组组装、基因预测和功能注释、预测次级代谢产物合成基因簇和共线性分析等。【结果】基因组最后得到的总长度为4524052 bp,G+C含量为69.42%,预测到4656个基因、56个tRNA和6个rRNA。根据Nocardioides sp.InS609-2的全基因组测序结果,分别有3761、3052、1767、4134和2725个基因在COG、GO、KEGG、NR和Swiss-Prot数据库中提取到注释信息。同时,还预测得到19个次级代谢产物合成基因簇。基因组测序数据提交至NCBI获得GenBank登录号为CP060034。Nocardioides sp.InS609-2与N.dokdonensis CP015079、N.yefusunii CP034929、N.euryhalodurans CP038267、N.seonyuensis CP038436、N.daphniae CP038462和N.okcheonensis CP087710这6株基因组同源性比较高的类诺卡氏菌进行共线性分析和蛋白聚类分类分析,得到的结果是7个基因组间既有保守性又各自有独特性。七个基因组共有44个蛋白聚类簇。最后进行16S rRNA基因系统发育树、泛基因组、core基因组和基因组进化树分析,进一步挖掘了Nocardioidessp.InS609-2的基因组信息。【结论】从基因组层面上预测了Nocardioides sp.InS609-2的次级代谢产物的生物合成基因簇,为InS609-2的后续相关研究提供了参考信息,具有重要意义。
- 张琪琪李会荣张雨欣杨帆俞勇
- 关键词：全基因组测序次级代谢产物
- 一株猪源德尔卑沙门氏菌的分离鉴定、生物学特性以及全基因组序列分析
- 2024年
- 沙门氏菌作为人畜共患的致病菌,更是极易产生耐药性,严重影响了人类与动物的健康。为了更好的了解动物源性沙门氏菌的生物学和分子特性。对安徽凤阳县某市场猪肉样本进行细菌分离纯化、血清型鉴定、药敏实验和毒力基因检测,同时通过全基因组测序结果进行毒力、耐药基因注释等分子生物学信息分析,并通过qPCR对毒力基因进行验证。分离鉴定出1株德尔卑沙门氏菌,分子分型为ST1498型,将其命名为G-1B,该菌株对环丙沙星、卡那霉素和复方新诺明敏感。全基因组长度为4 805 494 bp,预测出4 660个基因,其中包含559个毒力基因与37个耐药基因。该研究为了解猪源德尔卑沙门氏菌的遗传背景和生物学特性奠定了基础,为进一步探讨德尔卑沙门氏菌致病性、耐药机制和分子进化规律提供参考依据。
- 蔡秋慧龚莹婷李港回彭钢孟静南王俊颖翟立公
- 关键词：环境胁迫全基因组测序生物信息学分析
- 新疆地区鹅星状病毒的分离鉴定及全基因组序列分析
- 2024年
- 为了解新疆和田地区鹅星状病毒(goose astrovirus,GAstV)的感染情况和分子遗传学特征,无菌采集和田县、于田县和皮山县3个鹅场死亡雏鹅的内脏及肛拭子,通过RT-PCR对GAstV进行检测;应用LMH细胞进行病毒分离鉴定,并对分离株进行全基因组测序与遗传特征分析。结果显示:GAstV在上述地区的总阳性率为11.25%(65/578);通过病毒分离鉴定出2株GAstV,命名为GAstV/XJHT-1和GAstV/XJHT-2。序列测定显示2株病毒的基因组长为7190、7125bp;全基因组同源性分析显示2个分离株均与GAstV-1和GAstV-2的同源性均高于95%,与其他来源(鸡、鸭、火鸡)的同源性为54.1%~61.5%。遗传进化分析显示,分离的GAstV与河南和安徽的GAstV分离株遗传距离较近,表明分离株GAstV可能源于上述两地引进的雏鹅苗或鹅蛋。本试验为进一步研制疫苗或防控产品提供了依据。
- 肖海侠张凌王燕马万鹏阿斯也木·亚森高锦苏战强
- 关键词：全基因组测序同源性遗传进化
- 安徽省2020年柯萨奇病毒A组4型分离株全基因组序列分析
- 2024年
- 目的了解安徽省柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株全基因组序列变异及分子进化情况,为今后手足口病的病原学监测和科学防治提供理论依据。方法采用一代测序法对2020年5株CV-A4分离株进行全基因组测序。运用MEGA11.0对5株CV-A4分离株,32株CV-A4代表株和肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)原型株BrCr基于VP1区构建系统进化树,对分离株以及肠道病毒A组(enterovirus A,EV-A)原型代表株基于P1、P2、P3区分别构建系统进化树;选用DNAStar进行毒株VP1区氨基酸序列比对,使用BioEdit7.2进行氨基酸置换熵分析并作氨基酸位点熵值图,使用SimPlot3.5和RDP4对CV-A4分离株和EV-A原型代表株进行重组分析,使用DnaSP6软件进行分离株和参考代表株的选择压力分析。结果系统进化树显示:分离株属于C2亚型,与中国内地地区流行的CV-A4毒株属于同一分支,C2亚型分支的毒株氨基酸序列同源性为97.30%~100%,分离株同原型相比,均有6个氨基酸变异位点。选择压力分析表明C2亚型的CV-A4毒株受负选择压力的影响,置换熵分析编码区氨基酸序列有25个易突变位点,占比1.14%,毒株进化主要依赖重组。重组分析表明分离株在P2、P3区域与多种EV-A原型株发生不同区段的重组,与CV-A5原型株重组区段较长,尤其在3A-3C区段,P1是相对保守的区段。结论安徽省CV-A4在P2、P3区与其他EV-A原型株发生频繁重组事件,应对安徽省CV-A4的分子进化研究继续保持密切关注。
- 刘以诺葛盈露杨灵康孙永史永林
- 关键词：全基因组系统进化分析
- 2株人副肠孤病毒1型山东地方株的全基因组序列分析
- 2024年
- 目的了解人副肠孤病毒1型(human parechovirus 1,HPeV1)山东地方株的遗传背景和进化特征,为国内HPeV的流行病学调查及预防提供科学依据。方法山东省疾病预防控制中心脊髓灰质炎实验室对来自2019年和2021年山东省急性弛缓性麻痹监测系统报告病例的1319份粪便标本按照监测方案要求进行病毒分离,病毒分离物应用下一代测序技术测定其全基因组序列。使用BioEdit 7.0.9.0软件进行同源性分析,使用MEGA 11.0软件构建系统发生树,使用SimPlot 3.5.1软件进行重组分析。结果成功分离到2株HPeV1(19225和21031),其基因组全长分别为7324 nt和7328 nt(未包括多聚腺苷酸尾),编码区长6540 nt,可编码一个含2179个氨基酸的多聚蛋白,衣壳蛋白VP1羧基端含有精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸基序。2株山东分离株间的核苷酸同源性为91.4%,与国内外其他地区HPeV1分离株的核苷酸同源性为77.3%~95.4%。VP1区系统发生分析结果显示,山东分离株位于HPeV1B基因簇内,与其他地区HPeV1分离株的平均遗传距离为0.153。重组分析结果显示,21031株在3C和3D区与HPeV5毒株CH-ZXY1存在重组信号,19225株不存在基因重组现象。结论山东地方株与国内外其他HPeV1分离株存在不同程度的序列变异,研究结果为HPeV的基因组流行病学研究和诊断试剂研发提供了科学依据。
- 王倩刘尧林小娟陶泽新
- 关键词：下一代测序全基因组
- 侵染中国河北大豆的大豆花叶病毒的鉴定和全基因组序列分析
- 2024年
- 本研究利用小RNA深度测序技术在河北卢龙大豆叶片上检测到6株大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV),命名为SMV-Gm1~SMV-Gm6。根据小RNA深度测序结果和参考基因组序列设计引物克隆了SMV河北分离物的基因组序列。测序结果经拼接后获得了6个SMV基因组全长序列,大小分别为9588 nt(SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5)和9584 nt(SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6)。开放阅读框位于基因组第132位至第9332位核苷酸,编码一个多聚蛋白(分子量约为350 kD)。BLAST比对和系统发育分析发现,SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5与江苏SMV分离物(登录号:MH919386)的基因组核苷酸序列相似性最高,为98.06%~98.07%,且遗传距离较近,并与江苏、浙江和山西SMV分离物聚为一小簇;SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6与韩国SMV分离物(登录号:FJ640954)的基因组核苷酸序列相似性最高,为98.48%~98.51%,且遗传距离较近。
- 杨菲杨菲周雪平周雪平
- 关键词：大豆花叶病毒基因组序列
- 产活性氧假交替单胞菌GCY全基因组序列分析
- 2024年
- 生物源活性氧(reactive oxygen species,ROS)是环境ROS的重要来源,在生物元素地球化学循环中发挥着重要作用.但目前关于产ROS微生物的生物学信息尚不完善,影响微生物ROS产生的因素也未知.为此从近海沉积物中分离得到一株产胞外ROS的假交替单胞菌GCY(Pseudoalteromonas sp.GCY),利用全基因组测序表征了其潜在生物学功能.结果表明菌株GCY基因组大小为5.47 Mb,GC含量为43.39%,与胞外ROS产生相关的基因包括lodA、lodB和nqrA-F等.此外,氨基酸和Na+被证实影响胞外ROS的产生.进一步通过比较基因组分析,推测具备产胞外ROS能力的微生物在环境中广泛存在.综上,提供了产胞外ROS微生物全基因组分析报告,在分子水平上加深了对生物源ROS产生的理解,为开发利用各种环境中生物源ROS及认知生物源ROS的环境意义提供了重要视角.
- 岳昊吴硕王竞李泽龙顾晨
- 关键词：微生物全基因组
- 厦门市11株柯萨奇病毒A4型分离株全基因组序列分析
- 2024年
- 目的通过分析11株CVA4病毒毒株的全基因序列,揭示其基因进化及变异特征。方法将PCR检测阳性且Ct值<25的样本进行病毒分离培养,获得的毒株提取核酸(RNA)后采用高通量宏基因组测序方法进行序列测定,将质控合格的测序数据进行基因组组装;获得的基因组序列提交至肠道病毒分型网站获得毒株血清型,同时与公共数据库下载的其他国家或地区的CVA4毒株序列通过MegAlign、Mega X、Simplot3.5.1软件分别进行相似性分析、系统进化树分析和重组分析。结果11株毒株全基因组序列长度在7434~7419 bp之间,血清型均为CVA4,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为91.7%~99.3%和98%~100%;与原型株序列相比,核苷酸序列何氨基酸序列相似性分别在84.3%~84.7%和97.1%~97.3%之间;与其他参考序列相比,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为80.8%~98.8%和96.9%~99.6%;全基因组遗传进化分析表明,其与中国其他地区CVA4毒株序列属同一遗传分枝;根据VP1基因进化树分析,本研究的毒株与中国其他地区毒株属于C基因型中的C2亚型;重组分析结果显示,11株CVA4与其他毒株无明显重组特征,但其中1株的部分区段序列与CVA2毒株序列一致性可达97.2%,剩余毒株与既往重组株相似度可高达98.6%。结论11株CVA4毒株为中国主要流行基因型,虽然与其他毒株无重组现象,但是与其他型别及以往重组株相似性较高,故在工作中需加强毒株重组监测,为手足口病的预防控制工作提供数据支撑。
- 张建梅温娟张荣秋陈泽辉徐雪荣
- 关键词：全基因组基因测序基因重组
