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搜索到136篇“ 四川分离株“的相关文章

7株鸡滑液囊支原体四川分离株全基因组分析被引量：2: 2022年; 旨在了解滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)遗传多样性,本研究对7株MS四川分离株进行全基因组测序及生物信息学分析。采用Illumina HiSeq平台和PE文库结合方式全基因组测序,运用各数据库注释,用MEGAX软件将7株MS与NCBI收录的8株MS全基因比较。结果显示,分离自同一鸡场的4株MS分离株MS251、MS254、MS221、MS231的基因数、种类、毒力因子数相同或差异小,而分离自3个不同鸡场的MS分离株MS12H、MS1G、MSK1的基因数、毒力因子数存在较大差异;将该7株MS四川分离株与NCBI公布的8株MS分离株比较圈图,发现四川分离株与巴西MS53、美国WVU-1853、澳大利亚86079/7 NS,以及疫苗株MS-H差异较大,而与河南HN01最相近。不同场间和同场间四川分离株都存在遗传多样性。本研究为研究MS分离株的致病机制、开发MS亚单位疫苗和建立特异性检测方法提供了理论依据。; 刘丽佳王誉张焕容王嘉博; 关键词：鸡滑液囊支原体全基因组进化分析

柯萨奇病毒B组3型四川分离株的基因特征分析被引量：4: 2022年; 目的了解从四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和手足口(hand-foot-and-mouth disease,HFMD)病例中分离到的柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)的基因特征,探索其变异规律及在四川省的传播动态。方法对2008—2020年AFP病例和2013—2019年非肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV 71)和柯萨奇A16型(Coxsackie virus A16,CVA 16)感染的HFMD病例标本进行细胞分离培养,血清学鉴定,全VP1基因序列的测定及核苷酸同源性和遗传进化的分析,用MEGA6.0软件以邻位连接法构建遗传进化树,bootstrap检验1 000次;以Kimura 2参数方法计算基因型间遗传距离。结果从2008—2020年4 378份四川省AFP病例标本中分离鉴定到13株CVB3,从2013—2019年四川省454份非EV 71和CVA16感染的HFMD病例标本中分离鉴定到1株CVB3。14株CVB3四川分离株之间核苷酸同源性为84.4~98.8%,氨基酸同源性为84.1~100.0%。14株CVB3均属于G基因型,其中11株在G1基因亚型,3株在G2基因亚型。结论四川省存在CVB3病毒的多条传播链,流行趋势呈现周期性变化;G1、G2两种基因亚型在四川省同时流行,G1基因亚型为四川省CVB3的优势基因亚型。; 陈娜马小珍王成童文彬; 关键词：柯萨奇病毒B组3型基因特征进化分析

鸡滑液囊支原体四川分离株全基因组分析及其功能基因挖掘: 鸡滑液囊支原体(Mycoplasma Synoviae,MS)可感染各年龄段的鸡,感染后常出现滑膜炎,关节肿大,导致运动障碍。现MS感染已遍布全世界,国内各地区MS感染同样严重,造成了严重的经济损失。本研究对实验室前期分...; 刘丽佳; 关键词：鸡滑液囊支原体全基因组分析

埃可病毒14型四川分离株的基因特征被引量：2: 2021年; 目的了解四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离的埃可病毒14型(echovirus 14,E14)的基因特征,探索其进化特征及在四川省的传播动态。方法从2006—2020年四川省AFP病例监测中分离鉴定到的11株E14毒株进行全VP1基因序列的测定及核苷酸同源性和遗传进化的分析。结果11株E14四川分离株分离于2006—2010年、2013—2014年,分布于四川省8个市。所有E14四川分离株核苷酸之间的同源性为81.2%~96.7%,氨基酸同源性为96.6%~99.6%。遗传进化树显示进化分支划分为4个簇cluster1~cluster4;四川分离株与中国山东省、云南省分离株同在cluster1,与其他簇的平均遗传距离为24.84%~26.18%,印度的大部分毒株在cluster3,与其他簇的平均遗传距离为22.81%~26.18%;澳大利亚的分离株和一小部分印度分离株聚在cluster4,与其他簇的平均遗传距离为22.81%~24.84%;原型株单独在cluster2,与其他簇的平均遗传距离为24.69%~25.30%。结论E14的进化较为活跃,地理分布上呈现一定聚集性,四川省内存在多条E14的传播链。; 陈娜马小珍童文彬; 关键词：基因特征进化分析

鸭疫里默杆菌表型相关基因在重庆、四川分离株中的分布及遗传多样性分析被引量：5: 2020年; 为研究鸭疫里默杆菌(R.anatipestifer)表型相关基因在四川、重庆地区分离株中的分布及遗传多样性,探讨其致病力发生差异的分子基础及可能机制,以分离自鸭、鹅的22株鸭疫里默杆菌为对象,采用PCR方法检测细胞壁相关水解酶(CWAH)、转录调节子(TR)、类脂A生物合成酰基转移酶(Lipid A)、插入元素蛋白IS1转座(IS1)、双组份转录调控因子(TCTR)、转录调控因子(LuxR1、LuxR2)、酰基-CoA还原酶(LuxC)、嗜好模块毒素(AMT)、协同溶血素(CAMP)、血凝素(Hema)、三磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、外膜蛋白A(OmpA)、热休克蛋白类似物(GroEL)、Ton依赖识别受体(TbdR1、TbdR2)、滑动性运动蛋白J(GldJ)、铁限制性依赖受体(DtxR)共计18个蛋白编码基因在分离菌株中的分布,并对阳性扩增基因进行测序和遗传多样性分析。使用CLC Genomics Workbench 6.5进行二代数据的基因组测序和拼接,将获得的血清Ⅰ型菌株RS、RC和血清Ⅱ型菌株RA的全基因组序列与GenBank登录序列进行比对分析。PCR检测结果显示,22个菌株均检测到OmpA、Lipid A、Hema、CAMP、TbdR1、TbdR2、DtxR的编码基因,鹅源分离株中未能检测到CWAH、AMT基因,而非致病性菌株DX1、YC1、YC2未能检测到LuxR1、LuxR2、GroEL、AMT、GAPDH基因。全基因组测序结果显示,RA、RC、RS菌株的基因组大小分别为2129862,2172619,2067830 bp,G+C含量分别为35.03%,35.09%,34.96%,蛋白编码基因数量分别为2022,2057,1923。遗传多样性分析结果显示,阳性扩增基因序列与标准菌株ATCC1848相对应的序列的同源性均在93%以上,其中TCTR、GroEL、LuxR1、IS1、DtxR、TR、TbdR1、TbdR2基因在阳性菌株中的同源性均在96%以上,而CAMP、Hema基因则存在较强的遗传多样性;3株非致病菌株DX1、YC1、YC2的OmpA、LipidA、Hema、CAMP、TbdR1、TbdR2、DtxR基因与其他菌株的同源性均在95%以上。全基因组序列比对分析显示,血清Ⅰ型菌株RC与CH3、RA-CH-1处于同�; 高继业黎容红黄伟李德龙陈思怀陈学情; 关键词：鸭疫里默杆菌基因组

猪圆环病毒2型四川分离株全基因组进化分析被引量：6: 2019年; 为了调查四川地区猪圆环病毒2型(PCV-2)流行毒株的遗传多样性,试验对2017年于四川省12个地区分离的28株PCV-2进行全基因组扩增和测序分析,应用Lasergene 7.0和MEGA 6.0软件对分离株的全基因组序列进行比对并构建系统进化树,使用Clustal W方法对ORF2核苷酸和Cap蛋白氨基酸进行比对,并对Cap蛋白型特异性基序及抗原表位的突变情况进行比较分析。结果表明:28株PCV-2四川分离株与参考株之间的同源性为93.9%~99.9%;在进化关系上,3株为PCV-2b基因亚型,24株为PCV-2d基因亚型,1株为重组毒株;PCV-2四川分离株ORF2核苷酸与参考株之间同源性为88.6%~100%,氨基酸同源性为85.9%~100%;PCV-2四川分离株的Cap蛋白型特异性基序及抗原表位在各自亚型内较为保守,在B细胞表位和T细胞表位分别发现9处、2处氨基酸替换,其中位于122 aa和169 aa处的突变值得注意。说明2017年四川省流行的PCV-2以PCV-2d亚型为主,也存在少数的PCV-2b亚型毒株,各亚型毒株变异程度较小,但也存在少量关键位置的氨基酸替换,另外还发现四川省存在PCV-2重组毒株。; 张毅陈斌梁璐琪邵靓邓飞丁梦蝶陈弟诗谢嘉宾; 关键词：猪圆环病毒2型四川分离株全基因组遗传进化分析

山羊口疮病毒四川分离株F1L基因分子特征分析及抗原表位预测被引量：4: 2018年; 为明确山羊口疮病毒(ORFV)四川分离株F1L基因分子特征并预测抗原表位,本试验利用生物信息学软件分析四川分离株ORFVF1L基因,并预测其编码蛋白的二、三级结构和B细胞表位。将F1L基因克隆转化后测序,用Mega 7.0软件比对分析该基因与其他地区来源的ORFV F1L基因的变异情况,利用SOPMA服务器预测F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件预测其亲水性、表面可及性、柔韧性及抗原性,以ABCpred方案作为验证并输出B细胞表位,在SWISS-MODEL服务器预测三级结构后,进一步在建模区域再验证抗原表位,最终回归蛋白质序列比对。结果显示,四川分离株ORFVF1L基因大小为1 029bp,编码342个氨基酸,基因及其编码蛋白较其他地区来源毒株有一定变异;F1L蛋白预测分析存在9个可能B细胞表位,综合三级结构预测,其122—137肽段为最优表位;所预测的四川分离株ORFV F1L蛋白优势抗原表位较其他地区具有一定特异性,较多地区在124、131、137位氨基酸出现不同。本研究结果为四川地区ORFV基因工程疫苗及特异性检测方法的研究提供了理论依据。; 孙正楠毛从剑张焕容; 关键词：蛋白结构 B细胞抗原表位

猪瘟病毒四川分离株E2基因克隆及生物信息学分析被引量：2: 2016年; 利用Gen Bank登录的猪瘟病毒(CSFV)参考株(登录号:NC_009089.1)的E2基因序列设计特异性引物,PK-15细胞培养增殖CSFV四川分离株提取RNA,采用RT-PCR技术扩增CSFV疫苗株E2基因,将PCR扩增产物克隆入Pet-32a-BL21载体构建重组质粒门Pet-32a-E2,并进行测序鉴定。测序结果显示,构建的Pet-32a-E2质粒含有1个开放阅读框(ORF),全长1119 bp,共编码373个氨基酸,与Gen Bank登录的CSFV参考株NC_009089.1的E2蛋白的核苷酸同源性为98.8%,氨基酸同源性为98.9%;与石门株兔化弱毒E2蛋白株的核苷酸同源性为94.4%,氨基酸同源性为93.9%。对E2基因及其编码蛋白进行生物信息学分析,结果显示,E2蛋白分子质量为41.6 ku,等电点PI为5.72,是弱酸性蛋白;E2蛋白不含信号肽序列,为可溶性蛋白,有跨膜区,主要定位于细胞质内。通过生物信息学分析预测,为后期CSFV E2蛋白表达,开展蛋白功能研究奠定了基础。; 李琰谢晶王秋实李江凌廖党金曹冶李兴玉罗丹丹; 关键词：猪瘟病毒 E2基因生物信息学分析

四川地区HPS与CSFV、PRV混合感染调查及HPS四川分离株质粒介导的β-内酰胺类耐药基因检测: 副猪嗜血杆菌（Haemophilus parasuis，HPS）是正常猪群上呼吸道的一种共栖菌，但其在特定条件下可侵入机体并引起全身性疾病，是目前影响养猪业的重要细菌病之一。本研究对四川省副猪嗜血杆菌、猪瘟病毒(Clas...; 付丹; 关键词：质粒介导耐药基因; 文献传递

2007-2014年柯萨奇病毒B5四川分离株的基因特征分析被引量：4: 2016年; 目的了解2007-2014年四川省急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis,AFP）病例中柯萨奇病毒B组5型（Coxsackie virus B5,CVB5）的基因特征.方法对四川省2007 ～2014年AFP病例中分离到的10株CVB5进行全VP1区逆转录-聚合酶链（RT-PCR）反应扩增和核苷酸序列测定,构建遗传进化树进行基因特征分析.结果 10株分离株均为D基因型,与CVB5原型株（Faulkner株）之间的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为80.4％～ 81.9％和95％～97.1％.2014年1株资阳分离株和1株成都分离株VP1区氨基酸序列完全一致,1株南充分离株和1株宜宾分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性均为100％.结论 2007-2014年四川地区AFP病例中分离到的CVB5为D基因型,且遗传特性较为稳定.; 马小珍童文彬刘李曹冉冉陈娜; 关键词：急性驰缓性麻痹基因特征分析

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