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藏猪激素敏感脂肪酶(HSL)基因遗传多样性分析被引量:7
2012年
激素敏感脂肪酶(HSL)是猪脂肪沉积相关的重要候选基因之一。本研究采用PCR-RFLP和SSCP技术检测了藏猪HSL基因exon1G→A和exon8G→T突变位点多态性。结果显示,藏猪群体中2个位点均出现3种基因型,表现多态性,其中,exon1G→A位点等位基因A和G频率分别为62.50%和37.50%,exon8G→T位点等位基因A和B频率分别为77.68%和22.32%。与报道的其他猪种相比,藏猪HSL基因2个突变位点的基因分布均处于瘦肉型外种猪和脂肪性地方猪之间,表现出其与其他猪种的差异。
强巴央宗商鹏杨涛刘志成张浩
关键词:藏猪脂肪沉积多样性
脂肪甘油三酯脂肪酶激素敏感脂肪酶与围脂滴蛋白的相关作用及机制被引量:1
2011年
肥胖是引起糖尿病、心脑血管疾病的重要危险因素之一。由于经济发展和生活方式的改变,肥胖症的发病率显著增加。我国成年人超重率为17.6%,肥胖率为5.6%,超重及肥胖人群已接近总人口的1/4。目前国内外对肥胖发病和防治机制的研究很多,随着现代分子生物学技术的飞速发展,人们对肥胖的认识和研究正日益深入。
文秀英卢坤李若雪
关键词:肥胖症激素敏感脂肪酶
机器学习方法用于激素敏感脂肪酶抑制剂活性预测被引量:3
2011年
激素敏感脂肪酶,我们构建了表征分子组成、电荷、拓扑、几何结构及物理化学性质等特征的1559个描述符,通过Fischer Score排序过滤和Monte Carlo模拟退火法相结合进行变量筛选得到35个描述符,然后分别用支持向量学习机(SVM)、人工神经网络(ANN),k-近邻(k-NN),连续核密度估计(CKD)和逻辑回归(LR)等机器学习方法建立了激素敏感脂肪酶抑制剂的分类预测模型。对于训练集的200个样本,通过五重交叉验证,各机器学习方法对正样本,负样本和总样本的平均预测精度分别在78.0%-94.0%,69.0%-91.0%和73.5%-92.5%;通过y-scrambling方法验证SVM模型是否偶然相关,结果正样本,负样本和总样本的平均预测精度分别在60.0%-74.0%,58.0%-71.0%和61.0%-69.5%,明显低于实际所建模型的预测精度,表明所建模型不存在偶然相关;对52个没有参与建模的外部独立测试样本,各机器学习方法对正样本,负样本和总样本的预测精度分别在84.6%-92.3%,88.5%-92.3%和86.5%-92.3%。所建模型中,SVM,CKD和LR较好,且明显高于其他文献报道结果。
陈彬饶含兵何桦杨国兵李泽荣
关键词:机器学习方法
基于机器学习方法的激素敏感脂肪酶抑制剂活性预测(英文)被引量:4
2010年
脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况下,需要发展预测HSL抑制剂的方法.本文采用几种机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的HSL抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.252个结构多样性化合物(123个HSL抑制剂与129个HSL非抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与HSL抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.本研究对独立验证集的总预测精度为75.0%-80.0%,HSL抑制剂的预测精度为85.7%-90.5%,非HSL抑制剂的预测精度为63.2%-68.4%.支持向量机方法给出最好的总预测精度(80.0%).本研究表明支持向量机等机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的HSL抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.
吕巍薛英
关键词:机器学习方法
遵义地区人群激素敏感脂肪酶基因i6多态性分布
2009年
目的探讨遵义地区人群HSLi6多态性分布情况。方法采用聚合链式反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)方法,检测247例中国遵义地区人群HSLi6多态性,并分析其在人群中的分布情况。结果HSLi6检测出6种等位基因片段、11种基因型。其多态信息含量大于0.7,其中等位基因6、7基因频率分布最广。结论HSLi6在遵义地区人群中具有多态分布,为HSL作为糖脂代谢研究候选基因提供了相关依据。
葛斌路健李学英
关键词:激素敏感性脂肪酶基因多态性分布
BsaH Ⅰ对猪激素敏感脂肪酶基因外显子Ⅰ的PCR-RFLP分析被引量:2
2009年
以华北野猪、东北野猪和山西黑猪、长白猪、大白猪、马身猪共计287头猪作为研究对象,对其HSL基因外显子Ⅰ区域进行了PCR-RFLP多态性研究,发现不同品种猪间存在多态性。瘦肉型大白猪、长白猪全部表现为GG基因型;山西黑猪表现为AA、AG和GG三种基因型;脂肪型地方猪种马身猪为单一的AA基因型;华北杂种野猪、东北纯种野猪及杂种野猪表现为AG和GG两种基因型。等位基因A、G及三种基因型的频率在不同猪种中不同。该研究首次对华北及东北野猪HSL基因进行了多态性研究,丰富了国内外对野猪的分子生物学研究,为野猪遗传资源的合理开发利用提供了依据。
陈利荣贾艳梅韩俊文
关键词:野猪多态性
三个牦牛群体激素敏感脂肪酶(HSL)基因外显子Ⅰ的多态性被引量:10
2009年
【目的】探究激素敏感脂肪酶(HSL)基因在牦牛内的遗传多态性,为进一步揭示牦牛群体间遗传分化、开展牦牛肉质性状的关联分析以及HSL基因在牦牛物种中的定位、表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-RFLP方法对九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛共92头牦牛的HSL基因部分外显子Ⅰ进行SmaⅠ切多态性分析;统计基因频率、基因型频率大小,进行卡方(χ2)适合性、独立性检验,并计算纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等遗传多态参数。【结果】3个牦牛群体在HSL基因外显子Ⅰ具有SmaⅠ切多态性,在该切位点存在AA、AB和BB3种基因型。3个牦牛群体均检测到AA和AB基因型,而BB基因型只在巴州牦牛中检测到。九龙牦牛和麦洼牦牛的AA基因型频率最高,而巴州牦牛AB基因型频率最高;A等位基因频率在3个牦牛群体中均高于B等位基因频率,为优势等位基因。适合性检验表明3个牦牛群体在该切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;独立性检验表明九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著(0.010.05)。测序分析表明,HSL基因外显子I第70位(从PCR产物测序片段的5′端计数)发生了单碱基突变(G→A),并导致了编码氨基酸由甘氨酸(G)变为精氨酸(R)。【结论】牦牛在HSL基因外显子Ⅰ内具有SmaI切多态性,其多态性是因所分析序列内一单碱基突变(G→A)所致,该碱基转换导致了氨基酸由甘氨酸(G)变为精氨酸(R);在该切位点,九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛均处于Hardy-Weinberg平衡状态。九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著(0.010.05)。
马志杰钟金城字向东陈智华徐惊涛金双常怀普宋海峰刘建磊
关键词:牦牛
激素敏感脂肪酶基因外显子1的遗传多态性分析被引量:9
2007年
采用PCR-SSCP方法检测猪激素敏感脂肪酶(hormone sensitive lipase,HSL)基因外显子1的多态性,并分析其与初生重、断奶重、6月龄重和背膘厚的关联性。根据猪HSL基因的DNA序列(AJ000483)设计5对引物,结果在P5引物对扩增的片段上发现了多态性,并对纯合子进行测序,发现外显子1的874bp处存在G→A转换,且存在3种基因型(AA、AB、BB)。统计结果表明,3种基因型在各品种中的分布不一致,长白猪和大白猪与莱芜猪和沂蒙黑猪比较差异极显著(P<0.01),长白猪与大白猪比较,莱芜猪与沂蒙黑猪比较差异均不显著(P>0.05)。固定效应模型分析结果表明,背膘厚基因型间差异显著(P<0.05),而初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异均不显著(P>0.05)。最小二乘分析结果表明,BB基因型个体同AB和AA基因型个体比较背膘厚的差异显著(P<0.05),3种基因型在背膘厚的大小排列顺序为BB
薛慧良徐来祥
关键词:遗传多态性
遵义地区人群激素敏感脂肪酶(HSL)基因多态性第6内含子与2型糖尿病关系的研究
目的:研究遵义地区人群激素敏感脂肪酶(HSL)基因第6内含子多态性与2型糖尿病的关系,为上述疾病的发病机理和临床治疗补充相关理论依据。 方法:分别收集130例2型糖尿病患者和117例正常人血液各3毫升,提取血液...
葛斌
关键词:激素敏感脂肪酶2型糖尿病基因多态性单链构象多态性
文献传递
代谢信号对犊牛脂肪细胞脂联素、激素敏感脂肪酶基因表达的影响
为了探讨代谢信号对奶牛脂肪细胞脂联素和激素敏感脂肪酶的影响,在体外单层培养13d的犊牛的成熟脂肪细胞中,添加不同梯度浓度的胰岛素(0、5、10、20、50、100nmol/L)、胰高血糖素(0、25、100、200、50...
车英玉
关键词:脂肪细胞脂联素基因表达犊牛
文献传递

相关作者

吴珍芳
作品数:464被引量:649H指数:13
供职机构:华南农业大学
研究主题:分子标记 种猪育种 分子生物技术 猪基因组 种猪
徐惊涛
作品数:56被引量:185H指数:9
供职机构:青海大学畜牧兽医科学院
研究主题:牦牛 犏牛 卵母细胞 家牦牛 野牦牛
强巴央宗
作品数:180被引量:981H指数:19
供职机构:西藏农牧学院
研究主题:藏猪 藏鸡 多态性 海拔 低氧适应
雷明刚
作品数:133被引量:548H指数:13
供职机构:华中农业大学
研究主题:肉质性状 猪舍 种猪 胴体性状 标记辅助选择
刘荣
作品数:90被引量:499H指数:13
供职机构:东北林业大学
研究主题:多酚 瘦素 花色苷 肥胖大鼠 HEPG2细胞