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基于16S rRNA和COⅠ基因序列的笛鲷属鱼类系统进化关系探讨: 2020年; 为探讨笛鲷属(Lutjanus)鱼类的系统进化关系,对分布中国南海的12种笛鲷属鱼类16S rRNA和COⅠ基因的部分序列进行PCR扩增和测序,结合从GenBank中下载的胸斑笛鲷(Lutjanus carponotatus)、四线笛鲷(Lutjanus kasmira)、驼背笛鲷(Lutjanus gibbus)和单斑笛鲷(Lutjanus monostigma)序列进行分析,利用MEGA软件计算各物种间遗传距离并构建分子系统进化树.结果显示16S rRNA基因同源序列为560 bp,COⅠ基因为639 bp.16S rRNA基因序列变异较为保守,种间平均遗传距离为0.039,COⅠ种间平均遗传距离为0.146.16种笛鲷在系统进化树上主要聚为4个分支,各分支中的笛鲷种类与其形态特征有一定的相关性,分支Ⅰ中勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)、金焰笛鲷(Lutjanus fulviflamma)和单斑笛鲷体背后上方具有椭圆形黑斑;分支Ⅱ中金带笛鲷(Lutjanus fulvus)与四线笛鲷体表具有若干纵向条纹,蓝点笛鲷(Lutjanus rivalatus)与星点笛鲷(Lutjanus stellatus)身体体背后上方均具有白色斑点;分支Ⅳ中千年笛鲷(Lutjanus sebae)、红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)、马拉巴笛鲷(Lutjanus malabaricus)与驼背笛鲷体型较大,成鱼体色为鲜红色.此外,在体型方面,分支Ⅰ中笛鲷种类体型较小,身体修长,分支Ⅳ体型较高,分支Ⅱ和Ⅲ体型介于两者之间,与前人研究认为体型、体色、条带可作为笛鲷种类划分的基本分类特征的观点一致.; 马赛亚廖国威范蔓桦张凯李清清梁日深陈轶之林蠡; 关键词：笛鲷属 RRNA 系统进化

基于COⅠ基因的中国及邻近海域部分笛鲷属鱼类DNA条形码研究被引量：10: 2019年; 笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5'端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%～100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%～21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0～0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%～0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。; 唐楚林肖林章群周琪徐示王业磷; 关键词：笛鲷属 DNA条形码

紫红笛鲷线粒体全序列与笛鲷属鱼类分化年代的贝叶斯分析被引量：2: 2013年; 利用常规PCR未纯化产物直接测序的方法,获得紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)全长为16 543 bp线粒体DNA全序列,GenBank登录号为JN182927。结合GenBank中的已有数据比较分析表明:紫红笛鲷与笛鲷属(Lutjanus)线粒体基因组成基本一致,符合脊椎动物的特征,各基因间进化速率差异显著;13个蛋白编码基因拼接序列贝叶斯建树的后验率显著高于单基因或全序列,更适用于笛鲷属的贝叶斯法系统分化分析和年代推断;13个蛋白编码基因及其拼接序列进行的系统进化分析均支持紫红笛鲷与勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)及海鸡母笛鲷(Lutjanus rivulatus)亲缘关系较近;基于13个蛋白编码基因拼接序列的贝叶斯松散分子钟推算出笛鲷属鱼类两个主要支系大约在61.5Ma前古新世的达宁阶与蒙蒂阶交界时期发生分化。; 廖杰王中铎郭昱嵩刘楚吾; 关键词：贝叶斯分析

笛鲷属鱼类视蛋白基因的进化与表达分析: 笛鲷属（Lutjanus）鱼类隶属于鲈形目（Perciformes），广泛分布于热带和亚热带，是我国南海海区捕捞和养殖的重要对象。本文从视蛋白基因的分子系统进化、基因序列分析及表达分析三个方面来阐述笛鲷属鱼类的种系发生过...; 刘雪媚; 关键词：分子系统进化基因序列; 文献传递

笛鲷属鱼类长波段视蛋白(LWS)基因序列与进化的比较分析: 笛鲷属(Lutjanus)鱼类隶属鲈形目(Perciformes)笛鲷科(Lutjanidae)，是广泛分布于热带和亚热带的岩礁鱼类，是我国南海海域重要的经济鱼类。本文从分子系统进化和基因序列分析两个方面来阐述笛鲷属鱼类...; 刘旦; 关键词：笛鲷属物种形成; 文献传递

笛鲷属鱼类DNA分子条码、系统进化和成种机制被引量：7: 2010年; 对20种笛鲷鱼类的72条DNA条码进行聚类分析,筛选出采自南海的13种笛鲷鱼类的典型样本;利用这13个典型样本的线粒体DNA的3个基因(COⅠ,COⅡ和Cytb)全序列和核DNA的2个基因(RAG1和RAG2)的部分序列组合而成的5389bp,对这13个物种进行了系统进化关系的推测.数据表明,分子进化关系与基于Allen的形态学分类系统所强调的体色、体侧带型特征相关性明显.分布在浅水的黄体笛鲷(Lutjanus kasmira,L.bengalensis和L.quinquelineatus)和分布在深水的红体笛鲷(L.malabaricus,L.erythropterus和L.sebae)分别聚在一起,因此推测,作为缺乏地理隔离的岩礁鱼类,笛鲷的成种机制可能是通过体色与视觉系统同步分化驱动物种分化.; 王中铎郭昱嵩李路汤恩浦谭围刘楚吾刘筠; 关键词：系统进化关系笛鲷属物种形成 DNA条码

笛鲷属线粒体基因组编码序列的系统进化分析能力评估被引量：8: 2010年; 运用通用引物长距PCR(Long-PCR)和常规PCR相结合的方法测定了鲈形目笛鲷科的4种笛鲷属鱼类(孟加拉笛鲷、四带笛鲷、千年笛鲷和马拉巴笛鲷)和军曹鱼科的军曹鱼线粒体DNA基因组全序列(GenBank序列号分别为FJ171339,FJ416614,FJ824741,FJ824742和NC_011219),得出所用全序列测定体系的方法通用性较强,操作简单。线粒体基因组的比对分析表明,测定的mtDNA基因组的绝大部分区段与GenBank中现有的脊椎动物的序列有较高的同源性。以军曹鱼外群结合GenBank中近缘笛鲷鱼类(勒氏笛鲷、蓝点笛鲷和黑带鳞鳍梅鲷)进行的聚类分析中,勒氏笛鲷与黑带鳞鳍梅鲷的聚类关系近于同属物种,与形态学分类存在矛盾。通过单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑邻位连接法构建系统进化树的置信度和序列的信息量,对13种蛋白质编码基因在属内种间的系统进化分析能力进行了评估,将基因分成不同的4等:很好的为ATPase6和cox2;好的序列为ND2和cox1;差的为ND6、ND3和ATPase8;包括Cytb在内的其余6种基因为中等。分析还揭示出序列长度的增加可以提高系统进化树的置信度,且属内物种间比较时序列长度的影响小于高级阶元。; 王中铎谭围郭昱嵩刘丽刘楚吾刘筠; 关键词：笛鲷属线粒体基因组分子系统进化

笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析被引量：10: 2009年; 对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高于GC含量,18种笛鲷碱基组成差异不大。利用MEGA3.1软件对所得序列进行比对后检测到72个变异位点,其中包括简约信息位点44个,在变异位点中75.61%的碱基替换是由于发生了转换,转换/颠换平均为3.1︰1。计算了种间的遗传距离,结果表明,序列差异在0.0193-0.0680之间,其中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的序列差异最小,而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的序列差异最大。选用高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外群,利用NJ法构建了分子系统树,结果表明:本研究中的9种南海笛鲷与其它9种笛鲷进化关系较远;并且南海9种笛鲷相互之间仍然保持着着相对较远的遗传距离,遗传多样性较好。; 刘楚吾徐田军刘丽郭昱嵩董秋芬; 关键词：笛鲷属 RRNA 分子系统学

中国笛鲷属鱼类的分子系统学: 分子系统学利用分子生物学方法探究生物的分类、系统发育、进化规律，是现代生物多样性、系统进化和物种形成机制研究的重要依据。笛鲷属（Lutjanus）鱼类隶属鲈形目（Perciformes），是南海区海洋捕捞和海水养殖的重要...; 王中铎; 关键词：分子系统学物种形成线粒体DNA

三种笛鲷属鱼类野生和养殖群体的SSR和D-loop序列分析: 本文采用SSR标记和D-loop序列分析两种分子遗传标记的方法，分析南海海域红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterus)、星点笛鲷(Lutjanus.stellatus)和紫红笛鲷(Lutjanusargent...; 彭银辉; 关键词：野生养殖群体分子遗传标记; 文献传递

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