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搜索到11793篇“ 转录组学“的相关文章

结合代谢组学和转录组学分析恶臭假单胞菌Y-9主动稳定胞内外pH的机制: 2024年; 【目的】揭示恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)Y-9在氨氧化过程中主动调节胞外和胞内pH稳态机制。【方法】在初始pH为7.19和9.40的硝化培养基中培养Y-9生长48 h,利用代谢组学对比分析Y-9氨氧化过程中的显著差异代谢产物并预测解离常数(pKa);结合转录组学对比分析Y-9氨氧化过程中的显著差异调控基因。【结果】Y-9在初始pH为7.19的相对酸性条件下,产生麦芽糖醇提高胞外pH;通过上调脱氨酶、脱亚胺酶和阳离子转运相关基因在相对酸性环境中的表达来维持细胞内pH稳定性。在初始pH为9.40的碱性条件下,产5-氨基戊酸3和草氨酸等有机酸及酸性物质降低胞外pH;通过调控NADH脱氢酶、细胞色素、ATP合酶和氨基酸转运相关基因的表达来维持细胞内酸度,应对碱性环境。【结论】本研究结果首先发现了Y-9具有稳定胞外pH的能力,探讨了其胞内pH稳态机制,拓展了对微生物与环境相互作用的认知,为进一步认识微生物脱氮过程中系统pH稳定机理提供了理论依据。; 聂铭杨裕然李振轮; 关键词：恶臭假单胞菌代谢组学转录组学解离常数

基于全转录组学和代谢组学分析虾夷扇贝响应高静水压力的分子机制研究: 有研究表明,浅海生物为了躲避高温,被迫开始向深海低温区域迁徙,高静水压力是制约浅海生物向深处迁徙的主要环境因素。同时在深海环境中,发现了许多原本生活在浅海区的生物,通过对其研究发现,深海物种未产生新的基因,而是利用与浅海...; 范琛革; 关键词：虾夷扇贝转录组学代谢组学

基于代谢组学及转录组学研究灰毡毛忍冬不同品种黄酮类成分差异积累的转录调控机制: 2024年; 为探究湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬黄酮类成分差异积累的分子调控机制,该研究以灰毡毛忍冬2个品种花、茎和叶为材料,采用超高效液相色谱-质谱联用(UPLC-MS)技术和高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行代谢组学和转录组学联合分析,筛选黄酮类差异代谢物、关键差异表达基因及相应转录因子,并随机挑选其中14条差异表达基因进行qRT-PCR验证。结果表明,代谢组学分析共筛选出黄酮类化合物生物合成相关途径差异代谢物17个,包括柚皮苷查尔酮、芹菜素、槲皮苷等;转录组学分析共筛选出黄酮类化合物生物合成相关途径差异表达基因19条,包括2条CHS、3条CHI等;调控网络分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出调节黄酮类成分积累的关键酶基因CHS1、FLS1和HCT;同时发现MYB12和LBD4这2个转录因子可能通过调控关键酶基因CHS1、FLS1和HCT的表达来调控黄酮类成分的生物合成;qRT-PCR结果显示,随机选取的14个差异表达基因的表达模式与RNA-seq结果基本一致。该研究初步解析了2个品种灰毡毛忍冬黄酮类成分差异积累的转录调控机制,为进一步阐明其中关键酶基因及相应转录因子对灰毡毛忍冬黄酮类成分积累的调控作用奠定基础。; 张惊宇龙雨青曾娟付学森何佳蔚周日宝刘湘丹; 关键词：灰毡毛忍冬黄酮类化合物

转录组学联合蛋白质组学分析表皮生长因子样结构域9影响肝癌细胞增殖、侵袭和迁移的信号通路: 2024年; 目的通过转录组学联合蛋白质组学的研究方法,分析表皮生长因子样结构域9(EGFL9)影响肝癌细胞增殖、侵袭和迁移的信号通路。方法采用RNA干扰技术构建EGFL9基因敲减的Huh-7肝癌细胞系,选取对照组(NC组)和实验组(KD组),每组3个样本,进行转录组学和蛋白质组学分析,筛选出差异基因和差异蛋白质后,对其进行表达关联分析、聚类分析,利用基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)分别进行基因功能和通路的注释富集分析。结果基于组学分析发现,KD组与NC组比较,有8335个差异基因,其中上调4207个,下调4128个;有298个差异蛋白质,其中上调188个,下调110个。基于两组学联合分析发现,213个共有差异表达基因,其中在转录水平和翻译水平差异表达程度明显的前3名共有差异表达基因为:转铁蛋白受体2(TFR2)、膜联蛋白A1(ANXA1)、溶质载体家族38成员2(LC38A2);共有差异表达基因显著富集的信号通路为:细胞周期信号通路、氨基酸的生物合成通路、p53信号通路和糖酵解/糖异生信号通路。结论EGFL9可能通过调控TFR2、ANXA1、LC38A2等基因的表达参与肝癌细胞的细胞功能调控,并可能通过调控细胞周期等分子信号通路发挥作用。; 赵陇成李子烨吴帆王百林; 关键词：转录组学蛋白质组学细胞周期

基于转录组学与代谢组学研究老鹳草对高尿酸血症大鼠的治疗作用: 目的:优化老鹳草中黄嘌呤氧化酶抑制物的提取工艺,分析其化学成分和入血成分,结合药效学、转录组学和非靶向代谢组学考察老鹳草对高尿酸血症大鼠的治疗作用,为老鹳草在治疗高尿酸血症方面的应用提供了实验依据。方法:1.以黄嘌呤氧化...; 赵幻希; 关键词：老鹳草高尿酸血症入血成分转录组学代谢组学

基于转录组学和代谢组学联合分析黑线姬鼠睾丸下降的功能与机制被引量：2: 2024年; 为了探究黑线姬鼠睾丸下降的功能与机制,分析其基因及代谢物水平的变化规律。本研究使用高通量测序技术和超高效液相色谱技术对黑线姬鼠下降期和正常期睾丸分别进行了转录组学和代谢组学分析。转录组学中基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析得到240个差异基因,包括Spesp1、Izumo1、Hyal5和Fabp9等,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析得到52个差异表达基因,包括Pcyt1、Pla2g4e、Gpd1l和Lypla3等。实时荧光定量PCR结果表明,随机选取的6个基因在黑线姬鼠下降期和正常期睾丸中的表达模式与转录组结果一致。代谢组学结果表明,差异代谢集中与睾丸功能相关差异代谢物有28个,包括3-脱氢奎宁酸、α-亚麻酸、磷酸二羟丙酮和1,6-二磷酸果糖等。联合分析结果显示,甘油磷脂代谢、α-亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢可能是调控黑线姬鼠睾丸下降及功能发生关键代谢通路。本研究将有助于解读黑线姬鼠睾丸下降对其功能的影响机制,也可为后续深入探究黑线姬鼠种群数量变化机制及实验动物资源开发奠定理论基础。; 李强王再山王迎新任占辰万祥旭鲁思含孙悦贾修歧金志民; 关键词：黑线姬鼠睾丸下降转录组学代谢组学

基于转录组学和代谢组学联合分析草珊瑚萜类化合物生物合成的组织特异性分布被引量：1: 2024年; 本研究旨在探究草珊瑚叶和根中萜类化合物的组织特异性分布差异,解析其药效品质差异形成的分子机制。采用液相色谱-质谱联用技术(liquid chromatography-mass spectrometry, LC-MS)和Illumina HiSeq~(TM)高通量测序技术获得草珊瑚[Sarcandra glabra(thunb) naka]叶和根的代谢组学和转录组学数据。代谢组学结果表明参与叶和根中萜类合成的差异代谢物有50个,包括法尼西基半胱氨酸、甘油醛-3-磷酸、甲羟戊酸-5-磷酸等。转录学结果表明差异代谢酶基因有57条,包括ACTC、HMGCR、MVK、DXS与KS等,并预测了MYB、C2H2、AP2/ERF-ERF等7个转录因子参与调控草珊瑚不同组织部位中萜类的合成和积累差异。实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction, qRT-PCR)结果显示,随机选取的8个参与萜类合成的酶基因在草珊瑚不同组织部位中的表达趋势与转录组学测序结果一致。本研究有助于阐明草珊瑚叶和根临床疗效差异形成的分子机制,同时为草珊瑚的资源开发利用奠定基础。; 吴迪张燕燕林楠魏艺聪; 关键词：草珊瑚萜类代谢组学转录组学

基于转录组学和代谢组学分析粗毛纤孔菌L-1中香豆雌酚和补骨脂素的合成途径及潜在调控因子: 2024年; 香豆雌酚和补骨脂素作为香豆素的重要衍生物,主要存在于植物中,在抗癌和抗炎方面发挥着重要作用,但在真菌中却少有报道。我们成功分离并培养了一株含有大量多糖和黄酮类化合物的粗毛纤孔菌L-1 Inonotus hispidus L-1。通过代谢组学分析,我们发现在粗毛纤孔菌L-1子实体中香豆雌酚和补骨脂素作为主要成分,其含量明显高于菌丝体和原基。基于转录组学和代谢组学联合分析,阐明了香豆雌酚和补骨脂素在粗毛纤孔菌L-1中的合成途径及其调控基因。研究发现粗毛纤孔菌L-1中香豆雌酚和补骨脂素在合成过程中有一个共同的前体L-苯丙氨酸,而L-苯丙氨酸的合成受糖酵解/葡萄糖生成途径和苯丙氨酸途径的共同调控,其含量在原基和子实体中显著升高。而且以L-苯丙氨酸为前体的P-香豆酸合成途径的两条下游合成途径中的代谢物显著升高,分别为异黄酮类生物合成途径中的2,7,4’-三羟基异黄酮和香豆雌酚,以及香豆素类生物合成途径中的7-羟基香豆素和补骨脂素。而香豆雌酚和补骨脂素的下游代谢物未检测到。通过转录组学进一步证实香豆雌酚和补骨脂素在合成过程中受到APL、APL1和ECM4这3个基因的调控。这项研究结果证实了粗毛纤孔菌L-1作为一种有价值的香豆雌酚和补骨脂素来源在营养保健品开发和应用方面的潜力。; 刘艳黄传书杨碧文向舒翔唐露黄越吴均宋志光邢康康; 关键词：转录组学代谢组学类黄酮香豆雌酚补骨脂素

基于转录组学和蛋白质组学的虾夷扇贝响应高温胁迫的分子机制研究: 虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)是我国北方重要的水产养殖贝类之一,具有较高的经济价值。近年来,全球气候变暖导致海水温度升高,还有夏季高温,频繁发生虾夷扇贝大规模死亡现象,造成了虾夷扇贝产业的经济...; 范志越; 关键词：虾夷扇贝高温胁迫蛋白质组学内质网应激

基于代谢组学与转录组学的结直肠癌湿热瘀毒证的代谢特征和分子机制研究: 2024年; 目的:观察湿热瘀毒证结直肠癌患者和健康人代谢轮廓及转录水平的基因差异,探索其潜在的代谢特征及分子机制。方法:本研究共纳入190例湿热瘀毒证结直肠癌患者及50名健康人,采用气相色谱-质谱联用(GC-MS)非靶向代谢组学检测两组间的代谢差异,同时通过有参转录组学技术检测其中10例患者肿瘤组织和正常组织的转录基因差异,进一步联合分析探索结直肠癌湿热瘀毒证的发生发展机制。结果:代谢组学分析结果显示两组代谢轮廓分离趋势较好,共筛选出160种差异代谢物,其中包括氨基酸、脂肪酸及尿素等代谢产物(P<0.05)。对差异代谢物进行KEGG富集分析,结果显示精氨酸-脯氨酸代谢及精氨酸合成等代谢通路在两组间具有显著性差异(P<0.05)。转录组测序结果显示,显著上调的差异基因有1 861个,下调的差异基因有1 271个。差异基因KEGG通路富集分析结果显示精氨酸-脯氨酸代谢通路为显著富集代谢通路(P<0.05)。综合代谢组学和转录组学分析结果,精氨酸-脯氨酸代谢通路为其共同代谢通路,荧光定量PCR结果显示:精氨酸转运蛋白SLC6A14、SLC7A1及该通路中代谢酶NOS1、ODC1在湿热瘀毒证肠癌组织中显著上调(P<0.05),而代谢酶OTC则显著下调(P<0.01)。以上趋势与转录组测序结果一致。为进一步分析这几个基因在湿热瘀毒证肠癌中的诊断价值,分别计算其受试者工作曲线下面积(AUC)的值,结果显示,AUC值均>0.80,具有较高的诊断价值。结论:精氨酸-脯氨酸代谢通路的过度激活可能与结直肠癌湿热瘀毒证的发生发展密切相关,该代谢通路中的关键基因靶点可作为结直肠癌湿热瘀毒证微观辨证的潜在生物标志物。; 张烨范旻旻程海波; 关键词：结直肠癌代谢组学转录组学

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