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白鼠尾草叶绿体基因组序列特征与系统进化分析: 2024年; 白鼠尾草(Salvia apiana Jepson)是唇形科鼠尾草属多年生亚灌木植物,具有悠久的药用历史。本研究采用PacBio HiFi三代测序技术对白鼠尾草叶绿体基因组进行了测序,完成了物理图谱绘制,对其基因组序列结构特征、密码子偏好性和重复序列进行了分析,并与同属近缘物种进行了系统进化和叶绿体基因组比较分析。白鼠尾草叶绿体基因组序列长度为151701 bp(GenBank登录号:OR389048),包含典型的四分体结构,GC含量为38.06%。共注释得到132个基因,包括87个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因,其中17个基因含有内含子,18个基因为双拷贝基因。密码子偏好性分析显示,白鼠尾草密码子偏好使用A或U结尾的密码子。白鼠尾草叶绿体重复结构分析共检测得到170个简单重复序列(SSR)位点和65条散在重复序列,大部分SSR位点由A和T碱基组成。与同属21个药用植物的叶绿体全基因组系统进化分析显示,白鼠尾草与西班牙鼠尾草(Salvia hispanica Ettling.ex Willk.&Lange)、墨西哥鼠尾草(Salvia leucantha Cav.)和椴叶鼠尾草(Salvia tiliifolia Vahl)亲缘关系最近。叶绿体基因组比较分析显示,白鼠尾草的反向重复区域(IR)边界存在轻微的收缩和扩张情况,且叶绿体基因组序列中存在多处高遗传变异区。本研究建立了一种适用于利用三代测序数据组装白鼠尾草叶绿体基因组的方法,首次对白鼠尾草叶绿体基因组进行了较为全面和深入的解析,为白鼠尾草叶绿体基因工程、遗传多样性分析、分子育种及物种鉴定等研究提供了理论依据。; 房振西季倩胡佳栋陈万生李卿; 关键词：叶绿体基因组密码子偏好性系统进化

东方蜜蜂微孢子虫RRDRP的分子特性及系统进化分析: 2024年; 【目的】通过对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的Rad18-like重组与DNA修复蛋白(Rad18-like recombination and DNA repair protein,RRDRP)进行系统进化分析,为进一步研究其功能提供理论依据。【方法】利用Protparam、ProtScale和SWISS-model等软件分析RRDRP的理化性质、亲水性和三级结构。利用SignalP 4.1 Server、NetPhos 3.1 Server、TMHMM和SOPMA等软件预测RRDRP的信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域及二级结构。使用PSORTⅡ软件预测RRDRP蛋白的亚细胞定位。使用MEME软件预测东方蜜蜂微孢子虫和其他物种RRDRP的保守基序。通过Mega 11.0软件对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的RRDRP进行氨基酸序列多重比对,并采用邻接法构建系统进化树。【结果】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP基因含有2928个核苷酸,可编码975个氨基酸,分子质量约11.50 ku,脂溶系数93.58,等电点6.63,分子式C_(5135)H_(8253)N_(1377)O_(1545)S_(34),平均亲水系数为-0.627,可同时定位于细胞核、细胞质、过氧化物酶体和细胞骨架;RRDRP包含55个磷酸化位点、678个α-螺旋、99条延长链、22个β-转角及176个无规则卷曲;RRDRP不含信号肽与跨膜结构域。东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫、颗粒病微粒子虫等11个物种的RRDRP中均含有5个相同的保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3、Motif 4和Motif 5)。东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微粒子虫在进化树上聚为一支,同源性较高。【结论】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP是潜在的亲水性蛋白和胞内蛋白,在东方蜜蜂微孢子虫以及其他微孢子虫和真菌中高度保守。【目的】通过对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的Rad18-like重组与DNA修复蛋白(Rad18-like recombination and DNA repair protein, RRDRP)进行系统进化分析,为进一步研究其功能提供理论依据。【方法】利用Protparam、ProtScale和SWISS-model等软件分析RRDRP的理化性质、亲水性和三级结构。利用SignalP 4.1 Server、NetPhos; 张凯遥冯佩林宓诗雨郭思佳张艺琼荆欣陈大福郭睿郭睿; 关键词：分子特性系统进化

河八王叶绿体基因组的结构特征与系统进化分析: 2024年; 河八王具有分蘖力强、抗倒伏、抗病能力强等优良性状,是甘蔗杂交育种的优良亲本。为了分析河八王在禾本科中的系统进化地位,采用第二代高通量测定技术对河八王的叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析其结构特征和系统进化关系。结果显示,河八王叶绿体基因组全长141218 bp,NCBI注册号为ON807673;具有2个反向重复序列IRA和IRB(22794 bp)、长单拷贝区(LSC,83095 bp)和短单拷贝区(SSC,12535 bp);具有103个蛋白质编码基因、8个r RNA和38个t RNA;具有114个SSR位点,三核苷酸重复类型最多,五核苷酸重复最少;系统进化表明,河八王与甘蔗属的甘蔗和甜根子草的亲缘关系最近。本研究结果为河八王种质鉴定和谱系地理分析提供了理论依据。; 苗小荣李娟云黎东海韩聪颖牛俊奇; 关键词：叶绿体基因 SSR 系统进化

25株猪肠道无毒力且不耐药大肠杆菌的分离鉴定、生长特性及遗传进化分析: 2024年; 该研究旨在从猪肠道中分离出无毒力基因且无耐药性的大肠杆菌菌株,分析其生长性能和遗传进化关系,进行致病性大肠杆菌常见的13个毒力基因的PCR检测和7类(14种)抗生素敏感性试验。测定无毒力且不耐药菌株的生长曲线,构建16S rRNA基因系统进化树。结果显示,该研究共分离鉴定出206株大肠杆菌,107株大肠杆菌不含13种常规毒力基因,其中25株对7类(14种)抗生素敏感,这25株无毒力且不耐药大肠杆菌的生长曲线与3株典型大肠杆菌相似。16S rRNA进化树分析显示,有4株大肠杆菌与典型益生菌菌株的进化关系接近。综合生长曲线和16S rRNA进化树的结果,4株大肠杆菌可能是优质的猪肠道原生大肠杆菌菌株,具有研究潜力。; 区炳明李清青陈晓洁萧碧扬林雪钟炜楠张敏瑜; 关键词：大肠杆菌毒力基因耐药性进化

河南省猪细小病毒2型流行特征和遗传进化分析: 2024年; 为了解河南省猪细小病毒2型(PPV2)的遗传进化和流行特征,本试验对2021—2022年河南省不同地区猪养殖场送检的759份临床样品进行PCR检测,选取4份不同地区的PPV2阳性样品,对其进行全基因组测序,并与35条国内外PPV2参考序列进行同源性分析、系统发育分析和重组分析。结果显示,送检临床样品PPV2检出率为15.81%(120/759),与猪细小病毒7型(PPV7)、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)和猪圆环病毒2型(PCV2)的混合感染率依次为35.83%、25.00%和20.83%。鉴定的4株PPV2分别命名为PPV2XM-15/2021、PPV2ZMD-20/2021、PPV2ZK-9/2021和PPV2SQ-16/2021。4株PPV2鉴定株的全基因组核苷酸同源性为95.0%~99.7%,处在不同进化分支,亲缘性较远,与35株PPV2参考株的全基因组核苷酸同源性为93.9%~99.8%、NS基因核苷酸和氨基酸同源性均为92.6%~99.8%、Cap基因核苷酸和氨基酸同源性均为88.7%~100%。PPV2ZMD-20/2021株、PPV2ZK-9/2021株和PPV2SQ-16/2021株可能为重组毒株。结果表明,河南省猪场PPV2检出率较高,且与多种病原混合感染,其中与PPV7混合感染最常见;PPV2遗传进化差异较大,存在重组现象,且重组位置不唯一。; 许夕雅韩紫薇杨寒高冬生王永生陈陆; 关键词：全基因组遗传进化分析

广东部分地区鹅星状病毒的分离鉴定、全基因组测序及遗传进化分析: 2024年; 【目的】了解鹅星状病毒(Goose astrovirus, GAstV)在广东部分地区的流行及遗传变异情况,阐明其遗传进化与全基因组的特征,为GAstV的防控提供理论基础。【方法】使用GAstV特异性引物对2021―2022年广东地区养鹅场内出现疑似痛风的36份鹅病料进行PCR检测,选取4份具有代表性的GAstV强阳性样品,利用鹅细小病毒、坦布苏病毒、禽流感病毒、新城疫病毒的特异性引物进行检测,以排除病料中存在其他常见的外源性病毒;在此基础上利用鹅胚及鸡肝癌细胞系(leghorn male hepatoma, LMH)对4份GAstV样品进行病毒的分离和纯化,使用透射电镜对病毒粒子的形态进行观察;设计7对特异性引物对4株GAstV进行全基因组扩增和测序,运用DNAStar软件对序列进行整理与拼接以获取GAstV的全基因组序列,利用MegAlign软件进行核苷酸相似性比对,并对关键氨基酸位点的变异情况进行分析,应用Mega-X软件对全基因及单个ORF基因(ORF1a、ORF1b、ORF2)进行系统进化树构建。【结果】经PCR鉴定发现被检样品中共有30份是GAstV阳性,选取的4份代表性GAstV阳性样品均不存在其他外源性病毒感染,利用鹅胚及LMH细胞成功分离出了该4株GAstV病毒,并获得了4株全长均为7 131 bp的GAstV基因组序列,包括18 bp的5′-UTR和184 bp的3′-UTR、3个阅读开放框(ORF1a、ORF1b和ORF2基因),其中ORF1a、ORF1b和ORF2基因分别长3 255、1 551和2 115 bp,与报道的GAstV全基因组特征基本一致。相似性分析显示,4株GAstV之间的核苷酸相似性在99.4%~99.8%之间,与GenBank收录的其他19株GAstV的核苷酸相似在57.6%~99.6%之间。全基因组及3个ORF基因的遗传进化分析显示,获得的4株GAstV均属于GAstV-Ⅱ型。氨基酸序列分析显示,4株GAstV的氨基酸存在22处位置上的突变,其中ORF1a基因有8处突变,ORF2基因有14处突变。【结论】分离的4株GAstV均为GAstV-Ⅱ型毒株,与中国其他地区流行的基因型基本�; 喻复心吴斯宇余界石张晓爱俞婷董博李建波王蕾魏文康; 关键词：全基因组测序遗传进化分析

2019—2021年华东地区6株禽源H3亚型流感病毒的遗传进化分析: 2024年; H3亚型流感病毒在自然界广泛存在,可感染人、猪、马、犬、禽等众多宿主并能发生跨种间传播,危害不容忽视。本研究于2019—2021年在华东地区活禽市场采集表观健康的家禽喉头与泄殖腔棉拭,通过血清学试验鉴定、筛选出6株代表性水禽源H3亚型流感病毒,并经RT-PCR试验确定5株为H3N2亚型、1株为H3N1亚型。进一步对6株分离株进行全基因组测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示:HA蛋白裂解位点处均为PEKQTR/GLF,不存在连续碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合位点处均为禽源特征性的226Q和228S,提示其跨种传播至哺乳动物的潜能较低;内部基因片段来源多样化,与H3N8、H4N6、H5N8、H6N1、H7N7、H0N3等众多亚型禽流感病毒的亲缘关系密切;除JS1018/19和JS1094/19的NS基因属于北美谱系以外,其余均属于欧亚谱系的禽源分支,与犬、马、猪、人等哺乳动物源毒株的亲缘关系较远,提示虽然可能存在不同进化谱系间的基因重组但并未发生从禽到哺乳动物宿主的基因交换。该研究结果丰富了H3亚型禽流感病毒的流行病学数据,为进一步了解我国低致病性禽流感病毒的分布特征提供了参考依据。; 赵婉宸李扬才天宇葛志闯高如一王晓泉王晓泉刘秀梵; 关键词：禽流感病毒 H3N2 基因组分析遗传进化

郑州地区犬细小病毒VP2基因遗传进化分析: 2024年; 为了解郑州地区犬细小病毒(CPV)的流行特征及遗传变异情况,采集81份2017—2022年郑州市疑似感染CPV犬的粪便或肛门拭子进行PCR检测。随机挑选出21份经PCR检测的CPV阳性样本,扩增其VP2基因,连接至载体并测序,用MegAlign软件对流行株进行同源性和氨基酸变异分析,并通过MEGA6.0软件构建基因遗传进化树。结果显示:2017—2018年郑州地区CPV流行基因型为New CPV-2a亚型,2019—2022年则以CPV-2c亚型为主导。21株CPV流行株与疫苗株的核苷酸同源性为98.3%~99.0%,其中CPV-79流行株与疫苗株的核苷酸同源性最低,仅为98.3%,且该毒株在VP2蛋白GH环区出现多位点氨基酸突变;部分CPV-2c亚型流行株第5和370位氨基酸出现A到G和Q到R的变异。研究结果表明:郑州地区当前流行基因型为CPV-2c亚型,虽出现多位点氨基酸突变,但未形成明显的国内进化分支。值得注意的是,New CPV-2a亚型在进化过程中形成了不同分支且存在抗原突变的风险。本研究丰富了郑州地区CPV的分子流行病学调查数据,也为我国CPV流行疫苗株的研制奠定了基础。; 张爱国温良海陈廷毅王艺格胡梦真马琰君靳双星黄啟雪张瑶宋超; 关键词：犬细小病毒 VP2基因遗传进化分析

侵染甘肃茉莉的茉莉T病毒鉴定及分子进化分析: 2024年; 以表现黄色环纹症状的8份茉莉叶片为试材,采用RT-PCR方法,研究了待测茉莉的病毒种类及茉莉T病毒(jasmine virus T,JaVT)外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列遗传多样性,以期为茉莉病毒病的防治提供参考依据。结果表明:4份样品中检测到JaVT,并扩增出4条JaVT的外壳蛋白(CP)基因序列。4个JaVT分离物CP基因间核苷酸序列的一致性为92.20%~95.20%,与NCBI已发表的4个JaVT CP基因核苷酸序列一致性为91.40%~94.00%。基于8个JaVT CP基因全长序列进行系统发育分析,结果表明该研究中的4个JaVT分离物与来自中国的JaVT-MZ962345聚集在一起。8条JaVT全长CP基因序列中检测到3个重组事件。这是甘肃省首次报道茉莉T病毒。; 陈雅寒路云爽何志兰王骆凡; 关键词：茉莉病毒检测 CP 分子进化分析

四株水貂肠炎病毒的分离鉴定及遗传进化分析: 2024年; 为了调查我国水貂肠炎病毒(mink enteritis virus,MEV)的流行情况,本研究以山东某水貂养殖场疑似发生水貂病毒性肠炎的病貂为材料,对其进行剖检以及病原检测。将PCR检测为MEV阳性的水貂肠道内容物处理后用F81细胞进行病毒分离培养,通过电镜形态学观察、血清学、分子生物学等方法证实,分离出的4株病毒为MEV毒株,分别将其命名为MEV SD-1、MEV SD-4、MEV SD-5和MEV SD-6。完成了这4株病毒的近全基因组序列测定分析,对分离株之间以及与参考毒株的主要蛋白氨基酸序列进行了同源性比较。结果显示分离株之间VP2和NS1蛋白的氨基酸相似性分别为99.5%~99.7%和99%~99.9%,而分离株与GenBank的32株参考序列之间VP2和NS1蛋白的氨基酸相似性分别为96.5%~99.7%和98.4%~99.6%。本研究结果为进一步开展MEV的流行病学调查、疫苗研制以及诊断方法研究奠定了基础。; 孟祥书陈汉郭杰姚梦凡和彦良陈超阳孙见李丽敏刘聚祥程悦宁王建科; 关键词：水貂肠炎病毒遗传进化分析

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