搜索到5209 篇“ 遗传进化分析 “的相关文章
鸭坦布苏病毒GZSS2022株分离鉴定及其全基因序列遗传 进化 分析 被引量：1 2024年 遗传 变异特点,对该分离病毒进行动物回归实验、PCR扩增及测序其全基因组、在线BLAST比对其全基因组核苷酸同源性并绘制系统发育进化 树后再进行遗传 进化 分析 。结果显示:用该病毒感染SPF雏鸭后临床症状与病理剖检基本符合DTMUV感染特征,且在病理切片中可观察到鸭脑部血管渗出淋巴细胞和单核细胞聚集在血管周围形成“血管袖套”这一典型的DTMUV感染现象。GZSS2022株与NCBI上已上传的其他DTMUV参考毒株全基因组核苷酸同源性均在96%以上,其中与广西分离株GXQZ01-2020同源性最高为99.5%,且同属于中国谱系I群毒株,与多数分离于北方地区的中国谱系II群相比,具有明显流行地域性。本次所分离的DTMUV及其全基因组序列分析 结果以期为坦布苏病毒地域性流行情况与该病毒遗传 变异情况的研究提供参考。关键词：全基因 遗传进化 新疆地区犊牛冠状病毒的病原调查及S基因的遗传 进化 分析 2024年 遗传 进化 分析 。结果显示,BCoV个体核酸阳性率为19.91%(67/421),7~30日龄犊牛阳性率为33.59%(44/131),有临床腹泻症状犊牛的核酸阳性率为18.21%(57/313),伊犁地区最高34.88%(15/43);获得3条S基因序列,全长分别为4092、4092、4093bp,与参考序列核苷酸同源性为98.88%~99.46%;遗传 进化 分析 显示3条S基因与国内四川毒株SWUN/NMG-13(MW711304.1)和BCOVChina/SWUN/LN4(MK095182.1)核苷酸同源性最近,为99.3%~99.4%,均属于GⅡ型;与国内外17株参考毒株相比,所测毒株存在23个氨基酸位点突变,均在I113V、D115A、S501P和T510S位点出现突变。结果表明,新疆地区1~4月龄犊牛普遍存在BCoV感染,且S蛋白存在部分突变。本研究揭示了新疆牛场犊牛BCoV不同月龄和地域流行分布及其S蛋白的变异特征,为BCoV防制提供了依据。关键词：牛冠状病毒 流行病学调查 S基因 遗传进化分析 河南省猪细小病毒2型流行特征和遗传 进化 分析 2024年 遗传 进化 和流行特征,本试验对2021—2022年河南省不同地区猪养殖场送检的759份临床样品进行PCR检测,选取4份不同地区的PPV2阳性样品,对其进行全基因组测序,并与35条国内外PPV2参考序列进行同源性分析 、系统发育分析 和重组分析 。结果显示,送检临床样品PPV2检出率为15.81%(120/759),与猪细小病毒7型(PPV7)、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)和猪圆环病毒2型(PCV2)的混合感染率依次为35.83%、25.00%和20.83%。鉴定的4株PPV2分别命名为PPV2XM-15/2021、PPV2ZMD-20/2021、PPV2ZK-9/2021和PPV2SQ-16/2021。4株PPV2鉴定株的全基因组核苷酸同源性为95.0%~99.7%,处在不同进化 分支,亲缘性较远,与35株PPV2参考株的全基因组核苷酸同源性为93.9%~99.8%、NS基因核苷酸和氨基酸同源性均为92.6%~99.8%、Cap基因核苷酸和氨基酸同源性均为88.7%~100%。PPV2ZMD-20/2021株、PPV2ZK-9/2021株和PPV2SQ-16/2021株可能为重组毒株。结果表明,河南省猪场PPV2检出率较高,且与多种病原混合感染,其中与PPV7混合感染最常见;PPV2遗传 进化 差异较大,存在重组现象,且重组位置不唯一。关键词：全基因组 遗传进化分析 郑州地区犬细小病毒VP2基因遗传 进化 分析 2024年 遗传 变异情况,采集81份2017—2022年郑州市疑似感染CPV犬的粪便或肛门拭子进行PCR检测。随机挑选出21份经PCR检测的CPV阳性样本,扩增其VP2基因,连接至载体并测序,用MegAlign软件对流行株进行同源性和氨基酸变异分析 ,并通过MEGA6.0软件构建基因遗传 进化 树。结果显示:2017—2018年郑州地区CPV流行基因型为New CPV-2a亚型,2019—2022年则以CPV-2c亚型为主导。21株CPV流行株与疫苗株的核苷酸同源性为98.3%~99.0%,其中CPV-79流行株与疫苗株的核苷酸同源性最低,仅为98.3%,且该毒株在VP2蛋白GH环区出现多位点氨基酸突变;部分CPV-2c亚型流行株第5和370位氨基酸出现A到G和Q到R的变异。研究结果表明:郑州地区当前流行基因型为CPV-2c亚型,虽出现多位点氨基酸突变,但未形成明显的国内进化 分支。值得注意的是,New CPV-2a亚型在进化 过程中形成了不同分支且存在抗原突变的风险。本研究丰富了郑州地区CPV的分子流行病学调查数据,也为我国CPV流行疫苗株的研制奠定了基础。关键词：犬细小病毒 VP2基因 遗传进化分析 广东部分地区鹅星状病毒的分离鉴定、全基因组测序及遗传 进化 分析 2024年 遗传 变异情况,阐明其遗传 进化 与全基因组的特征,为GAstV的防控提供理论基础。【方法】使用GAstV特异性引物对2021―2022年广东地区养鹅场内出现疑似痛风的36份鹅病料进行PCR检测,选取4份具有代表性的GAstV强阳性样品,利用鹅细小病毒、坦布苏病毒、禽流感病毒、新城疫病毒的特异性引物进行检测,以排除病料中存在其他常见的外源性病毒;在此基础上利用鹅胚及鸡肝癌细胞系(leghorn male hepatoma, LMH)对4份GAstV样品进行病毒的分离和纯化,使用透射电镜对病毒粒子的形态进行观察;设计7对特异性引物对4株GAstV进行全基因组扩增和测序,运用DNAStar软件对序列进行整理与拼接以获取GAstV的全基因组序列,利用MegAlign软件进行核苷酸相似性比对,并对关键氨基酸位点的变异情况进行分析 ,应用Mega-X软件对全基因及单个ORF基因(ORF1a、ORF1b、ORF2)进行系统进化 树构建。【结果】经PCR鉴定发现被检样品中共有30份是GAstV阳性,选取的4份代表性GAstV阳性样品均不存在其他外源性病毒感染,利用鹅胚及LMH细胞成功分离出了该4株GAstV病毒,并获得了4株全长均为7 131 bp的GAstV基因组序列,包括18 bp的5′-UTR和184 bp的3′-UTR、3个阅读开放框(ORF1a、ORF1b和ORF2基因),其中ORF1a、ORF1b和ORF2基因分别长3 255、1 551和2 115 bp,与报道的GAstV全基因组特征基本一致。相似性分析 显示,4株GAstV之间的核苷酸相似性在99.4%~99.8%之间,与GenBank收录的其他19株GAstV的核苷酸相似在57.6%~99.6%之间。全基因组及3个ORF基因的遗传 进化 分析 显示,获得的4株GAstV均属于GAstV-Ⅱ型。氨基酸序列分析 显示,4株GAstV的氨基酸存在22处位置上的突变,其中ORF1a基因有8处突变,ORF2基因有14处突变。【结论】分离的4株GAstV均为GAstV-Ⅱ型毒株,与中国其他地区流行的基因型基本�关键词：全基因组测序 遗传进化分析 四株水貂肠炎病毒的分离鉴定及遗传 进化 分析 2024年 分析 ,对分离株之间以及与参考毒株的主要蛋白氨基酸序列进行了同源性比较。结果显示分离株之间VP2和NS1蛋白的氨基酸相似性分别为99.5%~99.7%和99%~99.9%,而分离株与GenBank的32株参考序列之间VP2和NS1蛋白的氨基酸相似性分别为96.5%~99.7%和98.4%~99.6%。本研究结果为进一步开展MEV的流行病学调查、疫苗研制以及诊断方法研究奠定了基础。关键词：水貂肠炎病毒 遗传进化分析 2019—2021年华东地区6株禽源H3亚型流感病毒的遗传 进化 分析 2024年 遗传 进化 分析 ,结果显示:HA蛋白裂解位点处均为PEKQTR/GLF,不存在连续碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合位点处均为禽源特征性的226Q和228S,提示其跨种传播至哺乳动物的潜能较低;内部基因片段来源多样化,与H3N8、H4N6、H5N8、H6N1、H7N7、H0N3等众多亚型禽流感病毒的亲缘关系密切;除JS1018/19和JS1094/19的NS基因属于北美谱系以外,其余均属于欧亚谱系的禽源分支,与犬、马、猪、人等哺乳动物源毒株的亲缘关系较远,提示虽然可能存在不同进化 谱系间的基因重组但并未发生从禽到哺乳动物宿主的基因交换。该研究结果丰富了H3亚型禽流感病毒的流行病学数据,为进一步了解我国低致病性禽流感病毒的分布特征提供了参考依据。关键词：禽流感病毒 H3N2 基因组分析 遗传进化 鹅细小病毒强毒株的分离鉴定与遗传 进化 分析 2024年 分析 。结果表明,分离到的病毒株能使12日龄鹅胚在144 h内死亡;血凝性检测未检测出血凝价;动物回归试验,可复制该病,致使5日龄雏鹅在96~144 h内全部死亡;VP3基因PCR扩增条带大约为1 600 bp,与目的条带大小相符;对其进行序列分析 ,判定该分离株为鹅细小病毒毒株,与我室之前分离鉴定的鹅细小病毒HH10强毒株核苷酸同源性为98.17%,与标准B株核苷酸同源性为97.13%。说明鹅细小病毒基因保守。关键词：鹅细小病毒 动物回归试验 遗传进化分析 河北省牛梨形虫流行病学调查及遗传 进化 分析 2024年 遗传 进化 及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化 树分析 其遗传 进化 特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化 树分析 结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析 结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析 了其遗传 进化 特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。关键词：泰勒虫 遗传进化分析 病毒宏基因组学检测猪博卡病毒及其遗传 进化 分析 2024年 分析 和遗传 进化 分析 ,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化 树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。关键词：遗传进化分析
相关作者
刘秀梵 作品数：858 被引量：3,916 H指数：29 供职机构：扬州大学兽医学院 研究主题：新城疫病毒 禽流感病毒 单克隆抗体 重组鸡痘病毒 免疫效力 陈陆 作品数：429 被引量：1,057 H指数：15 供职机构：河南农业大学 研究主题：鸭源鸡杆菌 杆菌 卡氏杆菌 遗传进化分析 猪流行性腹泻病毒 黄伟坚 作品数：305 被引量：986 H指数：15 供职机构：广西大学动物科学技术学院 研究主题：猪圆环病毒2型 星状病毒 原核表达 病毒 猪繁殖与呼吸综合征病毒 常洪涛 作品数：322 被引量：645 H指数：11 供职机构：河南农业大学 研究主题：鸭源鸡杆菌 猪流行性腹泻病毒 病毒 遗传进化分析 猪圆环病毒2型 陈红英 作品数：429 被引量：1,051 H指数：13 供职机构：河南农业大学 研究主题：克隆 猪细小病毒 猪圆环病毒2型 克隆与序列分析 猪伪狂犬病毒
