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胡柚新品种01-7的AS-PCR和d CAPS标记开发与应用: 2024年; 【目的】挖掘胡柚新品种01-7和普通胡柚间的差异单核苷酸多态性(SNP),据此开发可区分01-7与其他胡柚的分子标记。【方法】对01-7a和普通胡柚ZZ(祖宗树)进行全基因组重测序,利用生物信息学分析方法挖掘两份材料间的纯合SNP。采用PCR、克隆结合Sanger测序对SNP的正确性进行验证,进而开发等位基因特异PCR(AS-PCR)和衍生酶切扩增多态性(dCAPS)分子标记体系,最后应用12份胡柚材料就AS-PCR和dCAPS分子标记的普适性进行评估。【结果】对01-7a和普通胡柚ZZ重测序原始数据进行过滤,共获得高质量碱基数36.06 Gb。利用生物信息学手段挖掘出一个纯合SNP:Chr1_7111834_G/A。01-7a和普通胡柚ZZ在该SNP位点的基因型分别是A/A和G/G,这一结果得到了经典的基因克隆-Sanger测序确认。基于此SNP开发了AS-PCR和dCAPS分子标记,经对12份胡柚材料测试,表现符合预期:AS-PCR-F1在所有4份01-7中扩增出特异条带,而在其他胡柚材料中无扩增;AS-PCR-F2在01-7中无扩增,在其他胡柚材料(脆红除外)中扩增出特异条带;所有4份01-7材料在dCAPS分析中出现酶切条带,而在其他胡柚材料(脆红除外)中不被酶切。脆红因突变产生天然的酶切识别位点而被酶切。经典的基因克隆-Sanger测序结果确认两种标记正确区分了基因型,并发现脆红有着不同于其他胡柚的分子标记条带是由于它在该SNP位点侧翼还有额外的序列变异。【结论】基于全基因组重测序数据挖掘出01-7a胡柚和普通胡柚ZZ间的一个纯合SNP,据此开发了ASPCR和dCAPS分子标记,该两标记可区分01-7、脆红、夏红和其他胡柚。; 吴伊静张慧艺苗长久汪丽霞杨兴良陈文博徐昌杰陈昆松; 关键词：胡柚 SNP AS-PCR

香菇单核体交配型及杂交后代的等位基因特异性PCR鉴定被引量：1: 2024年; 【背景】食用菌交配型和单单杂交杂合子的鉴定通常采用显微镜检测观察是否具有锁状联合的方式进行,存在耗时长、工作量大且易出现误检等问题。【目的】建立一种鉴定香菇单核体交配型和单单杂交后代的分子辅助育种技术,为提高育种效率提供技术支撑。【方法】利用交配型因子保守序列单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)位点设计分型引物,建立等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术,鉴定香菇L808和YX7的单孢分离株交配型及其杂交后代。【结果】AS-PCR鉴定结果表明,L808的38个单孢分离株中,交配型为A1B1、A2B2、A1B2和A2B1的单核体分别有6、13、8和11个;YX7的45个单孢分离株中,交配型为A3B3、A4B4、A3B4和A4B3的单核体分别有15、8、8和12个,交配型为A3A4B3B4的异核体2个;12个单单杂交菌株中,10个为真正的杂合子,2个为非杂合子。传统方法与AS-PCR分子鉴定结果完全一致,但前者容易将异核体误判为单核体。【结论】基于SNP位点的AS-PCR技术能有效鉴别香菇单核体交配型和单单杂交后代,区分单核体与异核体,具有精准、高效的特点,是一种香菇分子辅助育种的理想工具。; 张芳芳陈雪凤张雯龙刘增亮赵承刚吴圣进; 关键词：香菇交配型杂交后代

一种AS-PCR分子探针及其检测方法与应用: 本发明提供了一种检测小麦条形柄锈菌对三唑类杀菌剂抗药性的AS‑PCR分子探针，包括正向引物F和反向引物R；还提供了检测方法：提取小麦的条形柄锈菌的基因组DNA，得到待检测基因组DNA，用AS‑PCR分子探针对所述待检测基...; 詹刚明周爱红纪凡康振生

一种用于甜菜夜蛾抗药性检测的AS-PCR引物组: 本发明公开了一种用于甜菜夜蛾抗药性检测的AS‑PCR引物组，属于分子生物学技术领域。本发明公开了一种用于甜菜夜蛾抗药性检测的AS‑PCR引物组，其由野生型引物组和抗药型引物组构成，采用所述野生型引物组对甜菜夜蛾的基因组D...; 左亚运余梦琪胡兆农

一个鉴别01-7胡柚的AS-PCR标记及其应用: 本发明提供一个鉴别‘01‑7’胡柚的AS‑PCR标记及其应用，其序列如SEQ ID NO：1‑2所示。本发明以胡柚主栽品种为对象，开展了基因组重测序，通过生物信息学分析挖掘出一个在‘01‑7’胡柚和其他胡柚品种间存在差异...; 徐昌杰吴伊静陈文博张慧艺陈昆松

G-四链体与As-PCR联用可视化检测沙门氏菌被引量：1: 2023年; 沙门氏菌是食源性病原菌,常在食品媒介中传播,因此快速检测是控制该病原菌的关键。本研究用沙门氏菌基因组DNA作模板,通过对不对称PCR(As-PCR)扩增条件的优化,证明当非限制性引物HF终浓度0.4μmol/L,与限制性引物GR终浓度比10∶1、退火温度58℃,扩增40个循环时可获得最大浓度的单链DNA(ssDNA)产物。带有G-四链体序列的ssDNA与40μmol/L氯化血红素作用60 min时,G-四链体显示出最高的过氧化物酶活性。在此基础上,将As-PCR和G-四链体联用,实现了可视化检测沙门氏菌invH基因,在2 pg/μL~258 ng/μL的质量浓度区间,质量浓度对数与吸光值A421nm呈线性关系(y=0.0691x+0.3085,R2=0.9729)。对污染的牛奶样品检测,检出灵敏度高,为35 CFU/mL,且操作便捷,为病原微生物检测提供了新技术支撑。; 刘健慧张先舟张蕴哲王红静李雪瑶耿凤珍檀建新; 关键词：沙门氏菌

基于AS-PCR技术pfdhps耐药位点快速检测平台的建立及评价: 2023年; 目的磺胺多辛-乙胺嘧啶(SP)是WHO推荐的非洲地区间歇性预防治疗孕妇及儿童疟疾的主要药物。SP耐药性(SPR)的出现及传播给疟疾防控带来严峻挑战。恶性疟原虫二氢叶酸还原酶基因(pfdhfr)和二氢蝶酸合酶基因(pfdhps)作为SP耐药分子标记被广泛用于SPR监测。本研究旨在建立一种快速、低成本的pfdhps检测平台,为疟疾精准防控提供新的分子检测方法。方法基于等位基因特异性PCR(AS-PCR)原理,针对每个单核苷酸多态性(SNPs)位点设计野生型及突变型引物,对引物的倒数第三个碱基增加人工错配及硫代修饰。以人工构建的pfdhps重组质粒为模板,筛选最佳PCR体系及反应条件,建立pfdhps快速检测平台,以琼脂糖凝胶显影的方式呈现基因型检测结果。以梯度稀释的质粒为扩增模板,评估检测方法的灵敏度和特异性。结果针对pfdhps的不同位点,表现出不同的检测灵敏度及特异性,其中突变率最高的437位点质粒DNA灵敏度达10^(3)拷贝/μL,无非特异性扩增;540位点检测灵敏度为10^(4)拷贝/μL,但在质粒浓度大于10^(8)拷贝/μL时出现非特异性扩增;581位点检测灵敏度为10^(6)拷贝/μL,特异性良好。结论基于AS-PCR技术、辅以人工碱基错配及硫代修饰建立的快速基因分型检测方法具有较高的检测灵敏度及特异性,该方法不仅限于抗疟药物耐药基因检测,还可扩展至其他传染病的快速诊断以及遗传性疾病、肿瘤的快速诊断。; 朱辉银朱辉银李芸宋晓楠程唯佳李健; 关键词：磺胺多辛单核苷酸多态性恶性疟原虫耐药性

水稻抽穗期调控基因Hd6的AS-PCR分子标记开发及应用: 本发明公开水稻抽穗期调控基因Hd6的AS‑PCR分子标记开发及应用，以水稻Kasalath和Nipponbare的Hd6等位基因的SNP位点为引物的3’端，并在3’端引入1个强错配碱基设计基于PCR的功能标记上游引物，如...; 陈智慧杨杰陶亚军许扬王芳权范方军蒋彦婕李文奇朱建平李霞

用于马立克氏病病毒疫苗株与野毒株的AS-PCR分型检测引物: 本发明提供了用于马立克氏病病毒疫苗株与野毒株的AS‑PCR分型检测引物及其应用，属于生物制品技术领域。所述引物包括马立克氏病病毒疫苗株与野毒株的扩增引物，其中，所述马立克氏病病毒疫苗株的引物序列如SEQ ID NO.1和...; 王友吕钊冯敬敬牛登云段宝敏

辽宁口岸淡色库蚊拟除虫菊酯击倒抗性基因的AS-PCR检测和分子进化分析: 2023年; 对辽宁地区大连、丹东、朝阳3个国境口岸淡色库蚊击倒抗性(Knockdown resistance, kdr)情况进行检测分析,了解其分子进化关系,评估其对拟除虫菊酯类杀虫剂的抗性风险。采用AS-PCR扩增技术检测淡色库蚊的kdr等位基因突变频率,对敏感型和抗性型淡色库蚊的特异性基因片段进行多序列比对及分子进化分析。在检测的300只淡色库蚊中,大连、丹东、朝阳国境口岸淡色库蚊的kdr等位基因突变频率分别为13.00%、19.50%、18.80%。多序列比对确定口岸抗性型淡色库蚊钠通道基因L1014位点碱基由“A”突变为“T”。系统进化树显示3个国境口岸淡色库蚊亲缘关系较近。大连、丹东和朝阳3个国境口岸的淡色库蚊对拟除虫菊酯类杀虫剂在不同程度上已产生了一定的抗药性,因此应合理使用拟除虫菊酯类杀虫剂,加强国境口岸媒介生物抗药性的监测,延缓抗性的快速发展,为建立辽宁口岸病媒生物抗药性数据库和蚊媒有针对性监管提供依据。; 曲世超毕秀欣李晶程晓兰麻丽丹徐文英齐欣; 关键词：淡色库蚊分子进化分析国境口岸

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