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一种基于16S rDNA序列的菌种鉴定方法: 本发明公开了一种基于16S rDNA序列的菌种鉴定方法，步骤包括：将参考16S rDNA序列按照引物序列确定参考序列方向；根据预定长度将确定方向后的参考序列进行k‑mer切分；将含有一定数量的简并碱基序列进行展开，构建参...; 王庭璋刘淑艳马云婷郑小玲王美霞钟啸萍陶巧凤方序

基于16S rDNA序列分析胃肠外营养相关性胆汁淤积症早产儿肠道微生态和肠-肝轴的研究: 2024年; 目的旨在研究胃肠外营养相关性胆汁淤积症(PNAC)早产儿的肠道微生态特征和肠-肝轴在PNAC发病中的作用。方法采用前瞻性研究收集2020年5月1日至2022年12月31日在中山市人民医院新生儿监护室收治的早产儿,住院期间曾接收14d以上的胃肠外营养治疗。实验组为13例患有PNAC的早产儿,对照组为24例未患PNAC的早产儿。对两组患儿不同日龄的粪便中肠道菌群的DNA情况采用16S rDNA序列分析技术进行测定。同时检测两组早产儿不同日龄血清血炎症细胞因子包括降钙素原(PCT)、白细胞介素6(IL-6)水平和肝胆生化变化,通过统计学分析组间差异。结果实验组与对照组生后第1、7和14d的肠道菌门构成比的差异无统计学意义(χ_(D1)^(2)=0,χ_(D7)^(2)=1.06,χ_(D14)^(2)=6.98,P均>0.05),生后第30d的肠道菌门构成比的差异有统计学意义(χ_(D30)^(2)=16.29,P<0.05);对比两组出生后不同日龄肠道菌门的相对丰度,结果显示两组在生后第7d厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门相对丰度的差异无统计学意义(t值分别为0.69、2.00、2.00,P均>0.05);两组在生后第14d厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门相对丰度的差异均有统计学意义(t值分别为15.41、24.74、6.64,P均<0.05),两组在生后第30d厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和放线菌门相对丰度的差异有统计学意义(t值分别为37.88、25.88、34.63、33.36,P均<0.05),提示在生后第14d和第30d实验组厚壁菌门相对丰度低于对照组,实验组拟杆菌门、变形菌门的相对丰度均高于对照组。对比两组动态的肝胆生化和炎症指标,结果显示,血清谷丙转氨酶(ALT)、总胆红素(T-BIL)、直接胆红素(D-BIL)、总胆汁酸(TBA)、γ-谷氨酰转肽酶(γ-GT)水平上,实验组在生后第14d、第30d和第60d血清ALT、T-BIL、D-BIL、TBA、γ-GT水平高于对照组,通过统计学分析,我们发现组间差异具有统计学意义(P均<0.05);实验组血清PCT、IL-6水平在�; 杨秀芳曾柳钰郑铠军邹梅玲陈康施尚文丁俊彩杨仙姬; 关键词：炎症指标早产儿胃肠外营养胆汁淤积

基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根真菌分子鉴定方法比较: 2023年; 【目的】比较基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根(AM)真菌分子鉴定方法,为提高AM真菌在种水平分子鉴定的准确性提供参考。【方法】对从柑橘和甘蔗等广西地区主要作物的根际土壤中分离出的AM真菌菌株(编号为A6、B3和GY3-1)进行形态学鉴定,再通过巢式PCR分别扩增AM真菌的18S rDNA、28S rDNA及含ITS1、5.8S rDNA和ITS2的序列(简写为ITS1+5.8S+ITS2),分别将其测序结果与GenBank数据库进行比对,并构建系统发育进化树,再结合形态学鉴定结果比较基于3个rDNA序列分析分子鉴定方法的准确性。【结果】菌株A6、B3和GY3-1的形态特征分别与幼套近明球囊霉(Claroideoglomus etunicatum)、黏质隔球囊霉(Septoglomus viscosum)和摩西斗管囊霉(Funnelifor-mis mosseae)一致。基于18S rDNA序列,将菌株A6鉴定为近明球囊霉属(Claroideoglomus),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.viscosum)。基于28S rDNA序列,将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.viscosum),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae)。基于ITS1+5.8S+ITS2序列,将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.visco-sum),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae)。而综合3种分子鉴定结果,菌株A6、B3和GY3-1分别鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum)、黏质隔球囊霉(S.viscosum)和摩西斗管囊霉(F.mosseae)。【结论】3种方式均可用于AM真菌的在种水平上的分子鉴定,以18S rDNA与28S rDNA为主的鉴定方法相对简单且快速,更适用于对AM真菌在属水平的鉴定;以ITS1+5.8S+ITS2为主的鉴定方法步骤较繁琐,但鉴定至种水平的准确性较高。3种方法的分析结果在一定程度上可互相补充,加强对AM真菌分子鉴定结果的准确性。; 农颖杰卢昱帆许诗萍高日芳宋娟张金莲韦翔华陈廷速; 关键词：丛枝菌根真菌 RDNA 分子鉴定

紫芝基因组rDNA序列特征及ITS2二级结构比较: 2023年; 紫芝栽培品种‘紫芝S2’(武芝2号)的ITS序列与NCBI数据库中5个紫芝菌株/分离株相似度高达99.79%-100%,在系统进化树上相聚成一类。本研究预测‘紫芝S2’基因组与参考基因组中的rRNA基因簇,分析rDNA结构及各构件序列间的多态性。从高质量‘紫芝S2’基因组中挖掘得到完整rDNA,序列全长40.377kb,由4组串联重复的(18S、5.8S、28S、5S)rRNA基因簇组成,并含有完整的基因内间隔区(ITS1、ITS2)和基因间间隔区(IGS1、IGS2)。在紫芝S2的rDNA中,高度保守的28S rRNA基因间出现3个SNP和2个插入(1 bp,10 bp)位点;虽然第4条ITS2中有1个SNP位点,但紫芝S2的4条ITS2在二级结构上的分子形态高度一致,与ITS2数据库中其他紫芝菌株仅存在螺旋区间夹角的微小差异。由‘紫芝S2’基因组rDNA的ITS2生成的DNA条形码与二维码,可以作为该栽培品种鉴定与同源物种其他菌株鉴别的分子标记。; 陈体强徐晓兰石林春应正河钟礼义; 关键词：基因组

一种基于16S rDNA序列的菌种鉴定方法: 本发明公开了一种基于16S rDNA序列的菌种鉴定方法，步骤包括：将参考16S rDNA序列按照引物序列确定参考序列方向；根据预定长度将确定方向后的参考序列进行k‑mer切分；将含有一定数量的简并碱基序列进行展开，构建参...; 王庭璋刘淑艳马云婷郑小玲王美霞钟啸萍陶巧凤方序; 文献传递

马源肠道芽孢杆菌的16S rDNA序列测定及系统进化分析被引量：1: 2022年; 研究旨在对马源肠道芽孢杆菌进行16S rDNA测序和系统进化分析。采集5匹成年马的新鲜粪便,经划线分离、纯化镜检、生化鉴定后获得5株菌,分别命名为QM、BM、Y1M、Y2M、Z2M,采用16S rDNA扩增通用引物,进行序列测定,测序结果与GenBank DNA数据库的序列比对,并构建进化树。结果显示:QM、BM、Y1M均为蜡样芽孢杆菌,Y2M为解淀粉芽孢杆菌,Z2M为赖氨酸芽孢杆菌。研究表明,马肠道内含有丰富的芽孢杆菌,可为马源益生菌提供天然菌种,促进马属动物肠道健康。; 向双云周珍辉; 关键词：芽孢杆菌纯化生化鉴定

基于16S rDNA序列测序的川楝子肝毒性机制研究被引量：1: 2022年; 目的通过观察川楝子对大鼠肠道菌群的影响,初步探讨川楝子肝毒性机制。方法以大鼠为研究对象,川楝子组灌胃川楝子溶液,连续给予21 d,末次给药后收集粪便样本,抽提粪便DNA,于Illumina MiSeq分析平台进行16S rDNA测序。结果川楝子显著提高血清谷草转氨酶(aspartateaminotransferase,AST)、谷丙转氨酶(alanineaminotransferase,ALT)含量(P<0.05),降低总胆固醇(total cholesterol,CHO)、总蛋白(total protein,TP)含量(P<0.05)。菌群多样性分析和差异分析结果显示,川楝子降低大鼠肠道菌群多样性,可升高肠道厚壁菌门、放线菌门、杆菌、丹毒丝菌、乳杆菌属丰度;可显著降低梭菌、拟杆菌、瘤胃球菌属丰度。关联性分析显示,ALT和AST含量与双歧杆菌属、瘤胃球菌、粪球菌、脱硫弧菌、罗氏菌、梭菌、拟杆菌丰度显著相关;CHO、TP与普雷沃菌、密螺旋体、气球菌丰度显著相关。结论川楝子能明显降低肠道菌群的多样性,其肝脏毒性机制可能与增加Allobaculum和丹毒丝菌的表达有关。; 乌日汉毕力格丽丽陈玉花肖田梅斯日古楞韩晓静白梅荣; 关键词：肠道菌群川楝子肝毒性

基于SSU rDNA序列的网状车轮虫群体遗传结构及多样性研究被引量：1: 2022年; 基于SSU rDNA序列对当前分布于我国的网状车轮虫(Trichodina reticulata Hirschman&Partsch,1955)的群体遗传结构与多样性进行了研究。遗传结构研究结果表明:20个样本共检测到9个单倍型,含4个共享单倍型与5个特有单倍型,其中鲫来源的Hap3是最大的共享单倍型;草鱼来源的Hap8和小黄黝鱼来源的Hap9暂被视为湖北武汉和西藏地区各自特有的单倍型;同时推测鲫来源的单倍型Hap1为祖先单倍型。结合ML系统发育树分析推测,在多宿主的进化历程中,鲫寄生的网状车轮虫可能是分化最早的群体,且草鱼寄生的网状车轮虫在起源上来自于鲫。遗传多样性结果显示,所有群体均呈现较高的单倍型多样性(Hd≥0.5)与较低的核苷酸多样性(P_(i)<0.005),且鲫来源的单倍型多样性显著高于草鱼来源,但核苷酸多样性(P_(i))明显低于后者。遗传分化(F_(st))与基因流(N_(m))研究结果表明,Group A(鲫来源)与Group B(草鱼来源)群体间相对独立且已经达到了极度分化程度,群体内基因层面的交流较少。综合中性检验与核苷酸单倍型错配分析认为,Group A(鲫来源)未发生过种群扩张,Group B(草鱼来源)则存在过早期的种群扩张历史。; 许治祥唐发辉赵元莙; 关键词：遗传分化基因流

基于16S rDNA序列、MALDI-TOF-MS和VITEK的沙门氏菌和金黄色葡萄球菌的鉴定被引量：16: 2021年; 沙门氏菌和金黄色葡萄球菌广泛存在于食品及环境中,对食品安全造成一定的威胁。在食源性致病菌检测过程中,选择合适的方法不仅可以缩短时间,节省人力物力,还能更好地溯源。选取210株沙门氏菌和18株金黄色葡萄球菌,使用16S rDNA序列测定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和VITEK全自动细菌鉴定系统对其鉴定,使用R软件包(v3.6.1)对鉴定结果进行统计和相关性分析,比较3种方法的鉴定水平和效率。结果表明:3种方法均可将210株沙门氏菌(100.0%)鉴定到属水平;16S rDNA序列测定方法可将18株(100.0%)金黄色葡萄球菌鉴定到属水平,可将其中15株(83.3%)菌鉴定到种水平;MALDI-TOF-MS和VITEK可将18株金黄色葡萄球菌(100.0%)鉴定到种水平。除16S rDNA序列测定方法外,其余2种方法对金黄色葡萄球菌和沙门氏菌的鉴定水平相同,而MALDI-TOF-MS鉴定所需时间最短、效率最高。; 孟令缘牛沁雅廉鲁昕黄巾凌崔生辉闫韶飞李凤琴杨保伟; 关键词：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱微生物鉴定

猪链球菌的分离鉴定及16S rDNA序列分析被引量：4: 2021年; 为明确导致新疆某猪场猪急性死亡的病原菌,试验对采集的猪病变淋巴结、肺脏进行病原菌分离培养、形态观察、16S rDNA测定、生化鉴定、药敏试验以及PCR血清型鉴定。将该分离株与国内外13株分离株构建系统进化树进行比对分析。结果显示:分离菌株镜检观察为革兰氏阳性长链状球菌,具有β溶血性,可发酵大多数糖类,符合猪链球菌的生化特性;分离菌株16S rDNA序列与猪链球菌标准菌株ATCC 43765 (GenBank登录号:NR_115737.1)同源性为100%;采用PCR方法对分离菌株进行血清型鉴定扩增出约390 bp的荚膜血清9型特异性条带。分离菌株对林可霉素、多西环素、青霉素钠、环丙沙星、头孢噻呋、氟苯尼考、替米考星、氧氟沙星、磺胺嘧啶钠、硫酸黏菌素、氨苄西林钠11种药物敏感,对四环素、庆大霉素、阿莫西林表现耐药。研究表明,分离株为猪链球菌,荚膜血清9型,命名为XJS9。; 周婷婷李媛任立松侯凤贺笋张飞; 关键词：猪链球菌

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