刘静
作品数: 43被引量:33H指数:3
  • 所属机构:江苏省农业科学院
  • 所在地区:江苏省 南京市
  • 研究方向:农业科学
  • 发文基金:江苏省农业科技自主创新基金

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陈龙正
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一种苦瓜白粉病菌单孢的分离方法
本发明公开了一种苦瓜白粉病菌单孢的分离方法,该方法包括以下步骤:将经过消毒处理的新鲜苦瓜叶片置于甘露醇培养基上,通过病叶上的白粉病菌病斑对新鲜苦瓜叶片进行侵染并培养;收集培养的白粉病菌分生孢子于无菌水中得到孢子悬浮液;将...
刘之洋刘静夏彭飞宁宇袁希汉徐海宋波陈龙正
文献传递
大豆HGm1 helitron转座元件的鉴定与生物信息学分析
2016年
[目的]helitron转座元件是近年来发现的一种结构新颖和转座方式独特的DNA转座子。我们从全基因组水平上对大豆基因组中拷贝数最多的helitron HGm1家族进行深入分析,旨在为后续进一步明确helitron转座元件在大豆及其近缘种基因和基因组演化中所起的作用提供帮助。[方法]利用基因组学和生物信息学的研究手段,我们对大豆HGm1家族的数量、结构特征、染色体分布、插入基因情况,基因片段的捕获及表达模式等进行了详细的研究。[结果]从公开发表的大豆基因组序列中共鉴定出254个HGm1转座元件。这些元件的3'末端十分保守,主要由GC含量较高的碱基组成。HGm1元件主要分布在AT丰富的区域,并在重组受到显著抑制的异染色质区域富集。研究还发现,68个元件被83个外源的转座元件插入;64个元件插入到编码蛋白的基因附近(<2 kb);115个元件携带154个完整的外源基因;52个元件有潜在的转录活性,在根、茎、叶、花和种子中,以及干旱胁迫和组织培养条件都有所表达。[结论]与玉米中有关helitron的研究结果相似,HGm1家族在大豆基因组中经常以巢式的结构存在,具有频繁插入到基因附近和捕获基因的现象,并且部分成员具有潜在的转录活性。而与玉米helitron不同的是,大豆HGm1 helitron家族主要分布在基因贫乏的异染色质区域。因此,HGm1家族在改变大豆基因结构和调节基因表达以及影响大豆基因组的演化过程中具有较为重要的作用。
彭珍刘静郭月李英杜建厂
关键词:大豆捕获转录
一种批量检测植物基因组LTR-反转座子的方法
本发明公开了一种批量检测植物基因组LTR-反转座子的方法。本发明所提供的检测植物基因组LTR-反转座子的方法综合运用了基于结构特征从头寻找的LTR_STRUC程序,基于同源搜索的CROSS_MATCH程序,基于序列相似性...
杜建厂刘静徐珍珍倪万潮
文献传递
基于转录组测序的苦瓜皂苷合成相关基因的鉴定和分析
2024年
【目的】皂苷是苦瓜果实苦味的主要来源,具有降血糖、抗癌等多种药用价值。鉴定和挖掘参与调控苦瓜皂苷生物合成的代谢通路及基因,为进一步深入解析苦瓜皂苷形成的分子机制提供参考。【方法】以苦瓜高代自交系GK24为试验材料,分别在子房期(T1)、幼果期(T2)、商品果期(T3)和完全成熟期(T4)取果实组织,通过香草醛-冰醋酸法测定不同时期的苦瓜皂苷含量,利用转录组测序的方法鉴定差异表达基因。【结果】从T1到T4,苦瓜内源皂苷含量随着果实发育而呈现显著下降的趋势。转录组测序共鉴定到17 504个基因,在T1-vs-T2、T2-vs-T3和T3-vs-T4三组比较中,下调表达基因数量均高于上调表达基因数量。GO富集分析表明含磷复合物代谢过程、驱动蛋白复合体和2-琥珀酰-6-羟基-环己二烯-1-羧酸合成酶活性分别是生物过程、细胞组分及分子功能模块最显著富集的条目。KEGG分析显示全局与概述图谱、碳水化合物代谢和氨基酸代谢是3组比较中共同的最显著富集的代谢通路。根据表达模式可将基因划分为20个模块,其中profile 0中基因的表达量从T1到T4逐渐降低,与苦瓜果实发育过程中皂苷含量变化规律一致。从profile 0中鉴定出与苦瓜皂苷生物合成相关的基因14个,包括萜类骨架生物合成通路上的基因AAT1、HMG1、MVK、PMK、MVD2和FPS1,倍半萜与三萜生物合成途径中的基因SS12、SQE1和CPQ及后修饰酶基因CYP97A3、CYP71AN24、UGT94E5及UGT73C6。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果与RNA-seq结果一致。【结论】苦瓜果实中皂苷含量随着果实不断成熟而逐渐降低。苦瓜皂苷生物合成首先通过上游的萜类骨架生物合成(ko00900)代谢途径完成萜类皂苷骨架的积累,随后通过倍半萜与三萜生物合成(ko00909)代谢途径以及下游的氧化还原酶、糖基转移酶的修饰最终生成皂苷,本研究通过转录组测序共鉴定到14个与苦�
戚仁洁宁宇刘静刘之洋徐海罗志丹陈龙正
关键词:苦瓜转录组差异表达基因皂苷
油菜杂交种宁杂21号及其双亲苗期在盐胁迫条件下差异表达基因分析被引量:2
2020年
为了解甘蓝型油菜杂种优势在盐胁迫中的表现,遏制减产,以油菜强优势杂交种宁杂21号及其亲本为材料,通过转录组测序,筛选鉴定得到1078个芽苗期差异表达基因(DEG)与耐盐杂种优势密切相关,并能被已有盐胁迫相关QTL注释,部分基因的表达能被荧光定量PCR验证,说明所得DEG具有可靠性,有潜在的油菜耐盐育种价值。杂交组合中耐盐杂种优势相关DEG表达模式与母本更为类似,大部分表现为正调控,功能倾向于生物合成的同化作用,而表达模式类似父本的DEG其功能倾向于氧化还原等调节作用。本研究还对耐盐性杂种优势特异的SNP位点进行了预测和注释,以期为杂交油菜耐盐分子标记的开发以及耐盐育种提供理论依据。
郭月郭月龙卫华龙卫华杜建厂刘静付丽浦惠明张洁夫高建芹袁娜胡琼
关键词:甘蓝型油菜杂种优势
一种批量计算基因组直系同源基因进化速率的方法
本发明公开了一种批量计算基因组直系同源基因进化速率的方法。本发明所提供的计算基因组直系同源基因进化速率的方法综合运用了基于Blast成对比对结果后进行聚类搜索直系同源基因的InParanoid程序,基于多序列比对分析的M...
郭月刘静杜建厂
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一种与不结球白菜VC含量相关的KASP标记及其应用
本发明公开了一种与不结球白菜VC含量相关的KASP分子标记及其应用。该分子标记位于不结球白菜基因组A03号染色体上的527509位,在527509位发生C向T的点突变;其中,用于扩增所述分子标记的KASP引物组包括正向引...
徐海刘静刘之洋陈龙正宁宇
一种非组培方式的不结球白菜再生方法
本发明公开了一种非组培方式的不结球白菜再生方法,该方法包括以下步骤:将经过催芽处理的不结球白菜种子置于穴盘内生长;在幼苗长至子叶展开期或两叶一心期时,将幼苗顶端分生组织用新刀片切去,确保子叶一并切去,仅留有下胚轴,将农杆...
刘之洋刘静宁宇徐海陈龙正晋晨夏彭飞袁希汉
一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法
本发明公开了一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法。本发明所提供的批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法综合运用了基于多序列比对分析的MUSCLE程序,并结合多个Perl脚本语言编程的方法。实验证明,...
郭月刘静胡茂龙浦惠明张洁夫龙卫华张维周晓婴孙程明
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郭月刘静杜建厂
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