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三个逆境相关的水稻启动子的克隆与瞬时表达分析被引量：8: 2012年; 为了克隆和研究逆境诱导型水稻启动子的功能,根据前期工作所获得的高温条件下水稻幼穗的表达谱数据,结合对GEO数据库中有关水稻逆境芯片数据的检索与分析,选取了3个对高盐和高温显著响应的基因(Os11g0453900,Os09g0526600,Os05g0381400)。基于这3个基因ATG上游1.5kb的启动子序列的生物信息学分析,克隆了这3个启动子中包含有多个ABA、高温、高盐等逆境响应元件的DNA片段,分别命名为Rab16Dp、OsHsfB2cp和PM19p,并通过农杆菌介导转化烟草叶盘进行了瞬时表达分析。结果表明:高温、高盐对Rab16Dp和OsHsfB2cp启动子有较明显的诱导效应,而对PM19p的诱导效果不明显。实验为这3个启动子功能的进一步研究奠定了基础,也将为逆境诱导型水稻启动子的挖掘和鉴定提供重要线索。; 申秋硕陈凤叶青李涛陈信波张先文

高通量基因型分型技术及其在水稻中的应用被引量：4: 2017年; 作物种质资源遗传基础的深入认识与高效利用,对于品种改良和粮食安全具有重要意义。传统系谱考察的方法对指导育种实践发挥了重要作用,随着分子生物学的发展,基因组学和高通量SNP分子标记等基因型分型方法可以更便捷地对种质资源进行鉴定。就基因型分型的主要方法进行了总结,重点论述了以SNP为核心的下一代高通量测序(NGS)分型方法、竞争性等位基因特异性PCR(KASP)和SNP芯片系统,以及当前主流的SNP分析工具和数据库。同时,介绍了高通量SNP分型技术在水稻研究中的进展,并就分型技术在作物育种等领域的应用和发展趋势进行了展望。; 张先文张先文江南邓华凤邓华凤; 关键词：系谱 SNP

水稻TCP家族的全基因组鉴定及表达分析被引量：3: 2022年; TCPs是植物特有的转录调控因子,参与发育和逆境响应等。本研究对水稻Os TCP基因家族进行了全面的生物信息学分析,并对这些基因在水稻非生物胁迫条件下的GEO表达谱数据进行了筛选和表达验证。结果表明:水稻Os TCP家族有27个成员,蛋白分子量在27~117 kD之间,等电点基本都小于5.2。根据蛋白质序列对比和结构域分析表明:27个基因可以分为TCP-P和TCP-C两类,含有TCP结构域。OsTCP基因结构均较为简单,内含子数目较少,大部分基因含有相同的motif 1和motif 2。顺式元件分析发现,水稻TCP家族基因的启动子序列中含多个非生物胁迫响应元件。此外,对GEO数据库的水稻表达谱数据筛选与基于荧光定量PCR技术的表达水平验证结果表明,候选的10个水稻OsTCP基因对高温、低温、盐和镉胁迫有显著的响应,说明其是响应逆境胁迫分子网络机制中的重要调控因子。本研究不仅加深了我们对水稻TCP家族的了解,更为水稻耐逆研究提供了重要的信息。; 关紫微曹希雅张先文周小云; 关键词：水稻非生物胁迫荧光定量PCR

转录因子结合位点共现研究进展被引量：1: 2012年; 在启动子区域中,通常存在多个转录因子结合位点(transcription factor binding site,TFBS)与不同或相同的转录因子结合。这些TFBS,不但将转录因子与目标基因联系起来,还间接提供了转录因子间协同作用的线索。而转录因子间的协同作用,是转录调控网络的重要组成部分。因此,识别在一个启动子区域同时出现的多个TFBS是构建转录调控网络的重要途径。在启动子区域成对出现的TFBS,通常用配对模体(motif pair)来表示。由多个TFBS构成的调控区域则通常被称为顺式调控模块(CRM,cis-regulatory modules)。配对模体与CRM的识别算法利用了它们的保守性、位置与距离偏好性以及调控基因共表达等特性提高识别的准确性。根据TFBS的共现构建转录调控网络仍然具有较大的局限性,多种不同数据来源的整合是未来的研究方向。; 李嘉平张先文陈信波; 关键词：转录因子结合位点转录调控网络

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国家自然科学基金(31000125)