广东省高校优秀青年创新人才培养计划项目(LYM10088)
- 作品数：7 被引量：37H指数：5
- 相关作者：吴仁协刘静郭刘军柳淑芳庄志猛更多>>
- 相关机构：广东海洋大学中国科学院中国水产科学研究院黄海水产研究所更多>>
- 发文基金：广东省高校优秀青年创新人才培养计划项目国家自然科学基金广东省大学生创新实验项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 珠带鱼和带鱼未定种Trichiurus sp.2的分子系统进化关系被引量：3
- 2012年
- 针对南海大型带鱼新种——珠带鱼(Trichiurus margarites Li,1992)与日本产带鱼未定种T.sp.2(sensu Nakabo,2002)之间的系统进化关系及分类地位不明确问题,本研究通过测定采自海南岛西岸珠带鱼的线粒体16S rRNA基因部分序列,结合已报道的T.sp.2及其近缘种的同源序列,对其16S rRNA基因序列变异进行分析。基于Kimura双参数模型计算,海南岛西岸珠带鱼与日本九州、海南岛东岸及印度洋T.sp.2间的净遗传距离(0.000～0.006)远低于属内其他种间的净遗传距离(0.037～0.061),表明二者的遗传分化程度处于种内水平。邻接法(NJ)和最大似然法(ML)构建的分子系统树显示,珠带鱼与T.sp.2以极高的置信度(NJ 100%,ML 96%)聚为一支单系,并与其他带鱼形成姐妹群。根据所得分子数据并结合形态学研究资料,可以确定日本产带鱼未定种即是珠带鱼,它广泛分布于印度西太平洋。综合3种带鱼属鱼类在西北太平洋的种间分化事件,对珠带鱼的起源及演化进行了初步推测。
- 郭刘军吴仁协刘静
- 关键词：RRNA序列系统进化
- 中国近海带鱼Trichiurus japonicus的命名和分类学地位研究被引量：6
- 2018年
- 带鱼属（Trichiurus）鱼类是中国最重要的海洋渔业捕捞对象之一。然而,有关中国南北沿海均有分布的这种带鱼（简称中国近海带鱼）应取何名、属于何种及其系统进化过程等问题仍未有统一的认识和定论。本研究通过测定中国近海带鱼14个群体共计166个个体的线粒体16S r RNA基因序列,分析该物种与中国近海其他3种带鱼属鱼类的序列变异,比较该种带鱼与世界其他带鱼属有效种的形态差异,综合探讨其命名、分类地位及系统进化过程。基于Kimura双参数模型计算,中国近海带鱼（Tsp-CH）与台湾（Tj-WT）及日本（Tj-JP）的带鱼（Trichiurus japonicus）的组间净遗传距离（0.000 7-0.002 1）远低于带鱼属内其他种间的净遗传距离（0.065 6-0.082 0）,也明显低于高鳍带鱼（Trichiurus lepturus）地理群体间的遗传距离（0.010-0.016）;分子变异分析（AMOVA）和FST分析均表明这三组带鱼组间遗传分化不显著。结果表明,中国近海带鱼与来自台湾及日本的带鱼（T.japonicus）的遗传分化处于种内水平。采用邻接法构建的分子系统树显示,不同地理来源的带鱼（T.japonicus）（即包括Tsp-CH,Tj-WT,Tj-JP）与高鳍带鱼（T.lepturus）、南海带鱼（Trichiurus nanhaiensis）、短带鱼（Trichiurus brevis）等3种带鱼属鱼类互为单系,在属内各自形成独立的进化分支。结合分子数据和形态学比较研究资料,本研究确认中国南北沿海均有分布的这种带鱼是Trichiurus japonicus Temminck et Schlegel,1844,它在种的分化、形成、分布及形态上与世界其他带鱼属鱼类存在系列差异。
- 吴仁协张浩冉郭刘军孙贝刘静庄志猛柳淑芳牛素芳梁镇邦
- 关键词：带鱼中国近海RRNA基因系统进化
- 基于SLAF-seq技术的沙带鱼(Lepturacanthus savala)微卫星标记开发以及在近缘种中的通用性被引量：9
- 2018年
- 沙带鱼是带鱼科中一种重要的海洋经济鱼类,广泛分布于印度-西太平洋海域。近年来,过度捕捞和渔业生态环境变化使沙带鱼的自然资源和种群结构受到了严重影响。因此,为了制定出科学合理的资源保护和管理措施,急需开发出大量多态的沙带鱼微卫星位点以促进其种群遗传学研究。本研究采用SLAF-seq技术,首次在沙带鱼基因组DNA中筛选出28个多态性微卫星位点。每个位点的等位基因数为2~18,平均值9.11;观测杂合度和期望杂合度分别为0.077~0.871（平均值0.634）和0.151~0.942（平均值0.711）;各位点多态信息含量为0.137~0.919,平均值0.670。经过Bonferroni校正后,有3个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡（HWE）,并显示出较高的近交系数和无效等位基因频率,其余25个位点均符合HWE。这些多态性微卫星DNA标记可为沙带鱼的种群遗传资源研究提供有效的分子标记和技术支撑。此外,跨物种扩增结果表明,有19个微卫星标记在4种带鱼属鱼类中具有较好的通用性,这些标记可为阐明带鱼科属间或种间的系统进化关系提供新的研究手段和视角。
- 张浩冉梁镇邦吴仁协牛素芳梁炎王权韦欢肖瑶孙贝
- 关键词：微卫星标记高通量测序
- 南海鸢乌贼资源评估新方法
- 本研究利用建立在灯光罩网船上的北斗星通渔业信息采集网络搜集的南海鸢乌贼生产数据,创建光诱资源量评估模型,采取克里金插值法首次绘制出南海鸢乌贼的分布密度图,估计了总资源量和年可捕量。鸢乌贼在南海有广泛的分布,110.5°～...
- 冯波张宇美卢伙胜
- 关键词：鸢乌贼
- 文献传递
- 中国近海银鲳线粒体COⅠ基因序列变异分析被引量：10
- 2012年
- 对采自黄海、东海和南海的7个银鲳群体的线粒体COⅠ基因序列变异进行分析,研究银鲳的遗传多样性、遗传结构和群体历史动态。在所分析的111个个体中检测到16个单倍型。7个群体呈现出高的单倍型多样性（h=0.564～0.688） 和低的核苷酸多样性（π=0.001～0.003）。单倍型遗传学关系、两两群体间的FST值和分子方差分析均表明中国近海7个银鲳群体间的遗传分化不显著。中性检验和核苷酸不配对分析均表明中国近海银鲳经历了晚更新世的群体扩张事件,扩张时间约为6.0×104～1.04×105 年前。研究结果表明,银鲳的卵和幼体具有较强的扩散能力、中国近海的海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成中国近海银鲳群体在线粒体COⅠ基因序列上存在较高的遗传同质性的原因。
- 吴仁协梁秀何庄志猛柳淑芳
- 关键词：银鲳
- 高鳍带鱼遗传变异及与近缘种间的系统进化关系被引量：5
- 2011年
- 高鳍带鱼Trichiurus lepturusLinnaeus,1758分布广泛、形态多变,与近缘种间辨别困难,在其种群鉴别、物种分类及系统进化上争议较大。本项研究通过测定采自海南三亚外海高鳍带鱼疑似种11个个体的线粒体16S rRNA基因部分序列,结合已报道的该物种其它地理种群及其近缘种的同源序列,采用生物软件对碱基组成和序列变异进行分析,计算Kimura双参数净遗传距离和分歧时间,进行分子变异分析(AMOVA)和分化固定指数(FST)计算,并以小带鱼Eupleurogrammus muticus为外群构建NJ、ML系统树,综合探讨世界范围内高鳍带鱼的遗传变异及与近缘种间的系统进化关系。根据所得分子数据并结合形态学研究结果得出如下结论:1)采自海南三亚外海的带鱼是高鳍带鱼T.lepturusLinnaeus,1758,该物种在中国南海和东海南部有分布;2)海南三亚外海、非洲西岸和大西洋西岸的高鳍带鱼是同一个物种的3个地理种群,彼此间遗传分化显著;3)高鳍带鱼是带鱼属中最新演化的种类,与日本带鱼T.japonicus、带鱼未定种Trichiurussp.2具有较近的亲缘关系;短带鱼T.brevis则是比它们原始的种类。
- 吴仁协郭刘军刘静
- 关键词：线粒体16SRRNA系统进化
- 鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系被引量：6
- 2013年
- 为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析。结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2%、C 24.5%、A 30.0%、G 23.3%;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009～0.125,种间遗传距离为0.000～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类。结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先分化的原始单系群;无齿鲳科和方尾鲳科为单系群,它们与非单系群的双鳍鲳科有较近的亲缘关系;鲳科为并系群,内部存在与地理区系相对应的2个分支,提示了该科鱼类早期的分化模式。同时,也对16S rRNA基因在鲳亚目鱼类系统进化研究中的适用性进行了剖析。
- 吴仁协李超刘静
- 关键词：线粒体16S系统进化
- 利用SLAF-seq技术开发带鱼(Trichiurus japonicus)微卫星标记以及跨物种扩增检测被引量：6
- 2019年
- 带鱼(Trichiurus japonicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层鱼类,长期位居我国单鱼种渔获量第一位。自上世纪70年代以来,持续过度捕捞和海洋环境变化导致中国近海带鱼资源基础和遗传多样性受到严重影响,但有关带鱼种群的微卫星DNA标记研究却较为缺乏,不利于该物种遗传资源评估和保护。为此,本研究采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,从带鱼的195 308个SLAF标签中识别出25 704个二至六碱基重复微卫星位点。经过引物扩增验证,最终筛选出36个具有多态性的微卫星标记。各位点等位基因数4～35,均值14.47。观测杂合度0.214～1.000,期望杂合度0.456～0.979,均值分别为0.620和0.803。所有位点的多态信息含量值均大于0.25。经Bonferroni校正,21个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡。这21个多态性微卫星标记可为带鱼的种群遗传资源研究提供新的有效分子标记和技术支撑。Bottleneck分析结果表明,宁波近海带鱼群体未检测到近期的遗传瓶颈效应,这可能与目前东海区带鱼野生群体数量还比较庞大、遗传变异仍然较为丰富有关。跨物种扩增结果显示,分别有12、16、4和3个带鱼微卫星标记在带鱼属(Trichiurus)、沙带鱼(Lepturacanthus savala)、窄颅带鱼(Tentoriceps cristatus)及小带鱼(Eupleurogrammus muticus)中具有较好的通用性,这些微卫星标记为今后带鱼科相应属、种的系统进化关系研究提供新的分析手段和契机。
- 张浩冉梁镇邦吴仁协牛素芳柯宗宇宿帅韦欢王权孙贝
- 关键词：微卫星DNA标记
