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基于全基因组比较的SARS冠状病毒种系进化分析被引量：4: 2003年; SARS(severe acute respiratory syndrome)冠状病毒已被世界卫生组织确认为SARS传染病的病原体,它的全基因组测序工作分别由中国、加拿大、美国等国的研究小组完成。然而它的起源仍是一个谜为了探寻SARS冠状病毒的来源,基于FDOD(function of degree of disagreement)方法,对12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒进行了全基因组比较,构造出种系进化无根树。结果表明,这两类病毒(分别由12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒构成)虽然都来自冠状病毒属,但它们位于两个不同的进化分支上。冠状病毒属中的3个组被准确地重构。根据得到的结果,推测SARS冠状病毒更类似于第一组中的冠状病毒。根据种系进化树的拓扑结构和各SARS冠状病毒分离株与造成香港Metropole饭店疫情的SARS冠状病毒株之间的联系,推测各SARS冠状病毒分离株分别位于进化树上两个大的分支,这为SARS的流行病学研究提供了辅助信息。; 齐震狐昱李蔚陈燕俊张治华张治华孙世伟卢宏超张京芬卜东波凌伦奖; 关键词：SARS冠状病毒传染途径

在中国北方汉族人群中血管紧张素转换酶基因I/D多态与G蛋白beta3亚基基因C825T多态对原发性高血压的联合作用(英文)被引量：8: 2007年; 原发性高血压是一种复杂的多基因疾病,被认为是多个变异了的基因遗传交互以及环境因素共同作用的结果.证据表明,血管紧张素转换酶基因和G蛋白beta3亚基基因各自都是重要的原发性高血压的易感基因,并且可能存在共同的通路来导致高血压疾病的发展.为了探索这两个基因在中国北方汉族人群中是否对高血压有影响,挑选血管紧张素转换酶基因I/D多态与G蛋白beta3亚基基因C825T多态,在一个包含502个高血压病例和490个健康对照的样本中做了关联研究.连锁不平衡分析揭示,仅仅在男性中有显著性的非随机性分布,表明血管紧张素转换酶基因与G蛋白beta3亚基基因倾向在男性中造成高血压.调整了的单位点的多变量逐步回归分析展示,在男性显性模型中DD/ID对Ⅱ的比值比达到显著性水平(OR1.57;95%CI,1.09～2.27;P=0.016).在对性别进行分层后的联合分析中,在男性中经过调整后的比值比具有弱显著性水平:在血管紧张素转换酶基因的DD基因型中,TT对CC的比值比是0.11;95%CI,0.01～0.99;P=0.049;在G蛋白beta3亚基基因的CC+CT基因型中,DD/ID对Ⅱ的比值比是1.52;95%CI,1.01～2.29;P=0.047.结果暗示,血管紧张素转换酶基因或附近的某个基因是具有男性性别倾向的高血压易感侯选基因,同时,在血管紧张素转换酶基因基因的D等位基因和G蛋白beta3亚基基因的825C等位基因之间,可能存在具有上位效应的基因-基因相互作用.; 黄文涛于鸿江鲁向锋赵维燕王月兰顾东风陈润生; 关键词：血管紧张素转换酶相互作用高血压

蛋白复合物与相互作用谱和表达谱的相关性分析被引量：1: 2003年; 蛋白相互作用是指细胞内蛋白-蛋白间的物理相互作用,通过酵母双杂交系统和基于质谱的蛋白吸附沉淀技术,在酵母细胞中获得了大规模的蛋白相互作用数据.收集了文献报道的共2617个酵母蛋白的11855条相互作用.通过分析酵母细胞的大规模基因表达谱数据,获得不同基因间表达的相关性.蛋白复合物数据也可以获得,并能转换成蛋白两两关系数据.综合分析蛋白复合物、蛋白相互作用数据和基因表达数据可以发现三者之间的相关性.结果显示,有相互作用或表达谱相似的蛋白都比随机抽取的蛋白同属一蛋白复合物的几率高;并且,有相互作用且表达谱相似的蛋白同属一蛋白复合物的几率更高.这一研究表明,对现有的大规模蛋白复合物数据、蛋白相互作用数据和基因表达谱数据进行整合、分析,可以揭示它们之间的关联性,并且有助于获得这些数据蕴含的公共信息.这种研究方法对于其他的大规模数据,如蛋白组数据、表达谱数据、蛋白的细胞定位数据和表型数据的综合分析有很好的借鉴意义.; 蔡伦薛宏卢宏超赵屹朱小蓬卜东波凌伦奖陈润生; 关键词：蛋白复合物细胞表达谱基因

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中国科学院知识创新工程(KSCX2-2-07)

文献类型

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