福建省自然科学基金(2010J01229)
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
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- 简单异尖线虫D-天冬氨酸蛋白酶基因的克隆和表达
- 2012年
- 目的克隆简单异尖线虫Ⅲ期幼虫(L3)的D-天冬氨酸蛋白酶基因(AsAP)全长,研究其表达蛋白的特性。方法根据GenBank中简单异尖线虫D-天冬氨酸蛋白酶基因表达序列标签的部分信息,设计特异引物并用cDNA末端快速扩增技术得到AsAP全长序列,分析推导的蛋白序列特征,并预测其三级结构。用RT-PCR扩增简单异尖线虫L3的AsAP基因编码序列,产物用EcoRⅠ和SalⅠ双酶切,连入表达载体pET32а(+),转化大肠埃希菌(E.coli)BL21(DE3),以异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,表达产物经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)检测。结果简单异尖线虫L3的AsAP基因全长1 753 bp,编码453个氨基酸,与锡兰钩虫(Ancylostoma ceylanicum)的D-天冬氨酸蛋白酶相似性达65%。该蛋白具有两个保守的催化域,1个活性中心翼环,S2和S3亚位点各1个;具有由20个氨基酸组成的N端信号肽,构成疏水性强的跨膜域。不同浓度的IPTG(0.2～1.6 mmol/L)诱导对AsAP表达的影响较小,1.0 mmol/LIPTG诱导2 h后表达量达到最高水平。结论克隆并表达了简单异尖线虫的D-天冬氨酸蛋白酶。
- 倪芳徐世三王逸难余长茂罗大民
- 关键词：简单异尖线虫克隆原核表达
- 向HelmCoP数据库直系同源组添加古菌序列
- 2014年
- 含有古菌序列的直系同源组可以在很大程度上便利各种基于HelmCoP数据的研究,但是目前HelmCoP直系同源组不含有任何古菌序列.为了向HelmCoP直系同源组添加古菌序列,以1个OrthoMCL-DB网站工具的分配方法为依据,我们将29种古菌物种模式菌株的蛋白质组数据,通过BLAST比对和OrthoMCL分析,逐步添加至各个HelmCoP直系同源组中.结果显示,21 326条古菌序列被成功地分配给了1 954个HelmCoP直系同源组中,而其他2 821条古菌序列被归类至NO_GROUP类别.这些分配结果得到了良好BLAST匹配数据的支持.一些自由生活物种包括Caenorhabditis japonica、大豆和拟南芥在研究中也受到了关注,因为这些物种相当多的基因在古菌物种内有同源基因.
- 杨一子罗大民
- 关键词：古菌BLAST
