国家自然科学基金(31372158)
- 作品数：6 被引量：8H指数：2
- 相关作者：尤平陈涛王佳贺怀亚杨敏更多>>
- 相关机构：陕西师范大学桂林理工大学西北大学更多>>
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- 相关领域：生物学农业科学医药卫生更多>>
- 星斑蛾蚋全线粒体基因组序列测定及分析被引量：1
- 2017年
- [目的]蝇蛆病分布广泛,是一类主要由双翅目昆虫的幼虫引发的寄生虫病。蛾蚋幼虫是毛蠓科昆虫中可引发人体蝇蛆病的最常见物种之一。星斑蛾蚋Psychoda alternata线粒体基因组全序列对研究这类致病昆虫的系统地位具有重要的意义,也为预防和治疗蝇蛆病提供理论基础。[方法]本文利用DNA测序和克隆技术,对星斑蛾蚋的线粒体基因组进行了初步研究。[结果]研究表明:星斑蛾蚋线粒体基因组全长15 908bp,由蛋白质编码基因、tRNA基因、rRNA基因和非编码A+T富含区构成。两条链(J链和N链)共编码了37个基因。全序列碱基百分含量为39.6%A,40.3%T,11.8%C,8.3%G,全基因组序列的A+T含量为79.9%。[结论]星斑蛾蚋线粒体基因组组成和排序与典型的昆虫mtDNA一致。分布于J链的蛋白质基因有9种,而N链上有4种,其碱基含量在两条链上呈不对称现象不明显。基于线粒体13种蛋白质编码基因的26种双翅目昆虫系统发育分析表明毛蠓科与伪蚊科为姐妹群。
- 闫俊陈汕贾俊清尤平
- 关键词：双翅目毛蠓科线粒体基因组系统发育分析
- 红尾副鳅线粒体基因组序列测定与分析被引量：1
- 2014年
- 采用长PCR和嵌套PCR相结合的方法测定并注释了红尾副鳅Paracobitis variegatus(Dabry de Thiersant,1874)线粒体基因组全序列.结果表明:红尾副鳅线粒体基因组全长16 571bp,A+T含量55.6%,基因构成及排列与其他硬骨鱼基本相同,包含37个基因和1个控制区(D-loop区).基因组结构紧密,除控制区外基因间仅存在63bp的间隔,33bp的重叠.13个蛋白质编码基因中,除了COI基因以GTG作为起始密码子,COII、COIII和Cyt b以不完整的T,ND4基因以不完整的TA作为终止密码子外,大都以典型的ATG作为起始密码子,以TAA或TAG作为终止密码子.22个tRNA基因的二级结构中,除了tRNASer(AGN)外,其余21个都可以折叠成典型的三叶草结构,tRNASer(AGN)缺失了DHU臂,在相应位置上只形成一个环.预测了rRNA的二级结构,其中12SrRNA包含43个茎环结构,16SrRNA包含6个结构域,53个茎环结构.控制区包含1个终止相关序列TAS1、3个中央保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-E)、2个保守序列区(CSB-2、CSB-3).
- 史妍茹邢连喜陈涛杨敏尤平
- 关键词：线粒体基因组控制区
- 黄杨绢野螟和四目扇野螟全线粒体基因组的测定与分析
- 2017年
- 通过PCR结合引物步移法测定了黄杨绢野螟Diaphaniaperspectalis(Walker,1859)和四目扇野螟Pleuroptya inferior(Hampson,1898)的全线粒体基因组序列,并对二者进行了初步分析。结果显示:黄杨绢野螟和四目扇野螟线粒体基因组全长分别是15 249bp和15 348bp,基因的组成和排列与其他已公布的螟蛾总科昆虫相同,均由13个蛋白质编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因(tRNA)、2个核糖体RNA基因(rRNA)和1个长度可变的A+T富集区组成。13个蛋白质编码基因除COⅠ以CGA作为起始密码子外,其余均以ATN作为起始密码子。对于终止密码子的使用,除COⅠ、COⅡ、ND5存在不完全终止密码子T或TA外,其他均为完全终止密码子TAA。21个tRNA基因均可形成典型的三叶草二级结构,只有tRNASer(AGN)比较特殊,其二级结构缺失DHU臂,在该位置形成了一个环。黄杨绢野螟和四目扇野螟线粒体基因组的A+T富集区位于12S rRNA和tRNAMet之间,长度分别为344bp和366bp,A+T含量明显高于线粒体基因组中37个编码基因。此外,A+T富集区还存在一些保守序列、poly-T和poly-A结构以及串联重复序列。基于13个蛋白质编码基因采用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)对螟蛾总科10个亚科进行初步的系统进化分析,两种结果均符合以往形态学和分子数据的研究结果。
- 陈汕张欢欢吴思佳尤平
- 关键词：黄杨绢野螟螟蛾总科线粒体基因组
- 棒花鱼(鲤形目,鲤科)全线粒体基因组测定与分析被引量：3
- 2013年
- 采用长聚合酶链式反应（L-PCR），以L-PCR扩增产物为模板，用30对短PCR引物进行2次PCR（Sub—PCR）扩增，测定并注释了棒花鱼全线粒体基因组。结果表明：棒花鱼线粒体基因组全长16597bp，A＋T含量55．7％，基因组成及排列顺序与其它硬骨鱼类一致，包括13个蛋白质编码基因，22个tR-NA基因，2个rRNA基因和1个控制区（D-100p）。L链编码1个蛋白质编码基因（ND6）和8个tRNA基因（tRNA—Gin，tRNA·Ala，tRNA-Cys．tRNA-Asn，tRNA．Tyr，tRNA-Ser，tRNA-Glu，tRNA-Pro），其余基因由H链编码。棒花鱼线粒体基因排列紧密，基因间隔12处60bp，间隔长度1—31bp不等；基因重叠区7处24bp，重叠区碱基覆盖数在1—7bp之间。13个蛋白质编码基因中，除COI的起始密码子为GTG外，其余均为ATG；8个蛋白质编码基因的3’端为完全终止密码子TAG（NDl、ND2、ND6）和n认（CoI、ATP8、ATP6、ND4L、ND5），其余5个基因均为不完全终止密码子TA（ND3、ND4）和T（COⅡ、COⅢ、Cyb）。除tRNA-Ser（AGY）基因外，其余21个tRNA基因二级结构均为典型的三叶草型。控制区（D．100p）位于tRNA-Pro和tRNA—Phe基因之间，长928bp，控制区有3个结构区：终止序列区（TASs），中央保守区（GSBs）和保守序列区（CSB-1、CSB·2、CSB-3）。
- 贺怀亚王佳尤平
- 关键词：线粒体基因组长PCR鲤科
- 三种斑野螟全线粒体基因组及螟蛾总科系统发育分析被引量：1
- 2017年
- [目的]草螟科昆虫大多是重要的农林害虫,深入研究草螟科昆虫的系统进化关系,对这类农林害虫的防治以及了解其生物多样性有重要意义。[方法]本文通过PCR结合引物步移法测定了桃多斑野螟Conogethes punctiferalis、白蜡绢须野螟Palpita nigropunctali和豹纹卷野螟Pycnarmon pantherata的全线粒体基因组序列并对其进行了初步的分析。[结果]桃多斑野螟、白蜡绢须野螟、豹纹卷野螟线粒体基因组全长分别是15 325、15 226、15 545 bp,由13个蛋白质编码基因(PCGs),22个转运RNA基因(tRNA),2个核糖体RNA基因(rRNA)和1个长度可变的控制区构成。13个蛋白编码基因除COⅠ以CGA作为起始密码子外,其余均以ATN作为起始密码子。对于终止密码子的使用,除COⅠ、COⅡ、ND5存在不完全终止密码子TA或T外,其它都为完全终止密码子TAA。豹纹卷野螟是已测螟蛾总科线粒体基因组序列最大的一个物种,其线粒体基因组序列长度差异主要存在于控制区。[结论]3种斑野螟全线粒体基因组中基因的相对位置和排序、碱基组成和密码子使用、tRNA二级结构、以及非编码区序列结构等都符合螟蛾总科昆虫的线粒体基因组特点。基于13个蛋白质编码基因采用最大似然法和贝叶斯法对螟蛾总科8个亚科进行初步的系统进化分析,两种结果均符合以往形态学和分子数据的研究结果。
- 陈汕李粉红兰旭娥尤平
- 关键词：螟蛾总科线粒体基因组
- 秦岭拉氏（鱼岁）（鲤形目：鲤科）及其寄生柯氏三代虫（三代虫目：三代虫科）的谱系地理学研究
- 拉氏(?)Rhynchocypris lagowskii Dybowski,1869作为一种小型冷水性鱼类,广泛分布于东亚,扩散能力较差,是研究鱼类谱系地理学合适类群,能准确反映秦岭地质运动和气候变化对种群分布的影响。目...
- 陈涛
- 关键词：谱系地理学
- 鱼类三代虫生物学和分类学研究进展被引量：2
- 2018年
- 三代虫科属扁形动物门、单殖吸虫纲、多钩亚纲、三代虫目[1],是一类常见的鱼类体外寄生虫,主要寄生在200种硬骨鱼及少数软体类和两栖类的体表[3-4]。全世界记录的三代虫已超过450种,潜在总物种数可能超过20000种[5-8]。三代虫科国内记录了3属60种[9-12],其中三代虫属(Gyrodacty-lus)共58种、薄片吸虫属(Lamiwiscus)和拟三代虫属(Paragymiactylus)各1种。三代虫的繁殖方式为独特的超胎生,即母体中已孕育子代,子代中又孕育第三代,甚至第四代,而其他单殖吸虫为卵生[13-14]。三代虫主要通过宿主间相互接触传播,短期内快速增殖,给宿主造成极大危害[15]。
- 陈涛
- 关键词：三代虫分类学分子标记病害防治
