国家自然科学基金(10572033)
- 作品数：2 被引量：7H指数：1
- 相关作者：康玲王希诚李洪林赵晓宇更多>>
- 相关机构：大连理工大学中国科学院中国科学院上海生命科学研究院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
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- 一种精细药物分子对接模型和优化方法被引量：1
- 2008年
- 首先阐述了分子对接设计的基本原理,然后在蛋白质受体中引入关键残基的概念,建立了一个新的柔性分子对接模型.以配体的中心坐标以及它和受体关键残基的旋转键角为设计变量,以设计变量的尺寸为约束,通过最小化分子间相互作用能得到分子的最优取向和构象.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,较好地平衡了效率与精度之间的关系,从而能够快速而稳定地逼近最优解.在此基础上,发展了新的精细分子对接程序,该程序可以进行受体与配体的柔性对接.药物分子对接实例证明,本文发展的精细药物分子对接算法和程序能够有效地用于药物分子设计.
- 康玲李洪林赵晓宇王希诚
- 关键词：分子对接
- 一种考虑蛋白质柔性的分子对接方法被引量：6
- 2008年
- 分子对接是计算机辅助药物分子优化设计中的一种重要方法,为此建立了基于诱导契合的分子对接优化模型.模型中引入残基基团的概念,将蛋白质划分成若干个残基基团,通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的运动情况,并将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转三部分分量.设计了一个将k-均值聚类和遗传算法相结合的快速迭代格式,并采用多种群遗传策略和信息熵控制的空间减缩搜索技术加速了分子对接设计中的遗传演化进程.在此基础上,开发了一种考虑蛋白质柔性的对接程序FlexGAsDock.数值试验表明,该程序较好地平衡了效率与精度之间的关系,取得了满意的对接结果.
- 康玲李洪林王希诚
- 关键词：分子对接
