济南市科技发展计划项目(201201063)
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
- 相关作者：王世富张乐海任倩吴丹李春苗更多>>
- 相关机构：山东大学泰山医学院更多>>
- 发文基金：济南市科技发展计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 柯萨奇病毒A10型VP1蛋白生物信息学分析被引量：1
- 2016年
- 目的 对手足口病柯萨奇病毒A10型（CVA10） VP1蛋白进行生物信息学分析.方法 利用生物信息学软件对分离的毒株与CVA10其他基因型进行同源性比对,并构建系统进化树;预测和分析VP1蛋白的理化特性、二级结构和三级结构以及该蛋白的B细胞抗原表位.结果 JN-C10与CVA10 D型基因组同源性最高,核苷酸和氨基酸的同源性分别为91.0％-97.6％和90.4％-98.6％,属于D亚型.JN-C10 VP1基因全长为732个核苷酸,理论相对分子质量为60 580道尔顿,理论等电点为5.10,其二级结构中以无规则卷曲为主,属于胞外蛋白.以已知结构的蛋白质3vbhA为模板,构建JN-C10株VP1蛋白三级结构模型.综合多种抗原表位分析方法得出,JN-C10株VP1蛋白的B细胞抗原表位可能是13-22、101-108、120-127、169-180、213-230 5个区段等区域.结论 JN-C10毒株VP1蛋白多个可能B细胞抗原表位的预测,将为CVA10有效免疫疫苗的制备、特异性诊断系统的发展提供重要的参考依据.
- 任倩王世富李春苗吴丹李扬张乐海
- 关键词：VP1蛋白B细胞抗原表位A10VP1
- 柯萨奇病毒A16型VP1区基因变异和进化分析被引量：1
- 2013年
- 目的分析2010～2011年本院分离的2株柯萨奇病毒A16(Cox16)VP1区核苷酸(氨基酸)变异和进化特征,探讨CoxA16基因变异与临床特征的相关性。方法选取CoxA16所导致的手足口病患儿的咽拭子标本,采用RT-PCR法扩增其VP1区3’-端核苷酸序列(约400bp),所得序列与近几年中国内地和1951～2010年世界范围流行的CoxA16分离株进行核苷酸序列比对,并分析VP1区氨基酸的变异。结果本研究中2例患儿均有典型的手足口病表现:发热,双手、足红色皮疹和口腔黏膜散在的疱疹,其中分离出JN2011-B11的患儿有轻微肝功能损害。此2株CoxA16均属于B1b基因型,与2008年中国株(QH0549T)的同源性最高,核苷酸和氨基酸的同源性分别为96.0%和99.1%。近11年中国内地CoxA16VP1区C-端氨基酸序列变异很小,仅在225、235和266三个位点出现。资料显示世界范围内2001年后的流行株以B1a和B1b为主。结论近11年来,中国内地CoxA16毒株VP1区基因的变异程度较低,核苷酸变异率为4%～12.7%。本研究所分离的2株Cox-A16毒株核苷酸和氨基酸同源性均较高,达97.7%和96.8%。该病毒基因变异与临床特征的相关性尚有待于进一步验证。
- 任倩王世富张忠于爱莲张乐海
- 关键词：柯萨奇病毒A16型VP1区进化
