国家自然科学基金(31000549)
- 作品数：3 被引量：4H指数：1
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- 相关机构：同济大学上海交通大学医学院附属新华医院第二军医大学更多>>
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- 格特隐球菌交配型的多重PCR鉴定
- 2014年
- 【目的】建立一种基于格特隐球菌α交配型位点内SXI1α基因和a交配型位点内SXI2a基因的多重PCR分析,用于快速鉴定格特隐球菌的交配型。【方法】设计针对格特隐球菌α交配型位点内SXI1α基因部分片段和格特隐球菌a交配型位点内SXI2a基因部分片段的特异性引物,用于多重PCR鉴定格特隐球菌的交配型;并与交配试验以及已报道的扩增α交配型位点的引物MFα、STE12α,及扩增a交配型位点的引物STE20a、STE3a进行扩增效果的比较。【结果】基于SXI1α基因和SXI2a基因的多重PCR分析,准确鉴定所有受试格特隐球菌(包括VGI、VGII、VGIII和VGIV基因型)的交配型,引物STE12α、STE20a和STE3a在常规PCR鉴定中不能鉴定部分菌株的交配型;66.7%的受试菌株不能发生交配,交配试验无法鉴定其交配型。【结论】建立的多重PCR方法明显优于常规PCR或交配试验鉴定。
- 冯晓博凌波付小花王磊廖万清姚志荣
- 关键词：基因型交配型聚合酶链式反应
- 格特隐球菌核基因、交配型位点和线粒体基因的多位点序列分型及重组分析被引量：1
- 2013年
- 研究格特隐球菌VGI和VGII基因型菌株间线粒体基因重组与核基因、交配型位点重组间的关系。采用分子鉴定区分受试格特隐球菌的血清型、基因型和交配型;选取包含核基因和线粒体基因10个位点的多位点序列分型(MLST)进行基因型和系统发育分析;采用同质性检验评价基因系谱间的一致性。多位点的序列和系统发育分析结合同质性检验表明,受试位点中,仅ATP6位点发现VGI和VGII菌株间基因的杂交和重组,该基因系谱与其余位点的基因系谱呈现不一致性。结果显示,受试的部分VGI菌株中的ATP6位点含有VGII菌株的基因序列,表明VGI和VGII菌株间线粒体基因的重组;没有发现核基因及交配型位点中两者间的重组,提示VGI和VGII菌株间线粒体基因的重组现象与交配行为无关。
- 冯晓博凌波付小花王磊廖万清姚志荣
- 关键词：基因型系统发育分析
- 新生隐球菌格鲁比变种、新生变种和格特隐球菌的多重聚合酶链反应鉴定被引量：3
- 2012年
- 目的建立一种基于核糖体基因内间隔区（IGS）的多重聚合酶链反应（PCR），用于快速鉴定新生隐球菌新生变种、格鲁比变种和格特隐球菌。方法选取新生隐球菌和格特隐球菌IGS中变异度最高的I区（IGSl）为靶点，经clustalw2多重比对，并结合Oligo 6软件在不同序列位点设计针对新生隐球菌新生变种、格鲁比变种和格特隐球菌的引物用于多重PCR分析。通过51株新生隐球菌（VNI—VNIV和VNB基因型）和41株格特隐球菌（VGI—VGIV基因型）对该方法进行验证，并将该方法与已报道的CGB显色培养和采用特异性引物GPAlA、CLA4D和SODlgattii扩增格鲁比变种、新生变种和格特隐球菌的单一引物PCR方法进行比较。结果基于IGS的多重PCR分析成功鉴定所有92株新生隐球菌和格特隐球菌，对其他常见致病酵母的扩增均阴性，显示所设计引物较高的特异性；已报道的基于GPAlA和CLA4D引物PCR分别在鉴定2株和1株格特隐球菌时出现假阳性结果；CGB培养基在鉴定1株格鲁比变种和1株新生变种时出现假阳性结果。上述方法在鉴定时均未出现假阴性结果。结论建立的多重PCR可快速准确地鉴定新生隐球菌新生变种、格鲁比变种、AD杂合子和格特隐球菌，且优于已报道的单一引物PCR或CGB显色培养法。
- 冯晓博凌波付小花王磊任大明姚志荣
- 关键词：隐球菌属聚合酶链反应基因型
