江苏省自然科学基金(BK20131450)
- 作品数：13 被引量：71H指数：5
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- 1株H5N6亚型禽流感病毒分子特征分析被引量：3
- 2016年
- 目的 对从某活禽市场环境中分离出的1株H5N6亚型禽流感病毒（A/environment/Zhenjiang/C13/2013,en/c13）进行全基因组序列测定,以揭示其基因起源和分子遗传特征.方法 采用二代测序技术对该分离株进行全基因组测序,MEGA6.0软件进行序列比对和构建系统发生树.结果 分离株NA基因与近年来中国禽类中流行的H6N6亚型禽流感的NA基因处于同一进化分支,其他7个基因（PB2、PB1、PA、HA、NP、M和NS）都与近年来东亚地区流行的H5N1亚型禽流感的相应基因处于同一进化分支,分离株en/c13的HA蛋白裂解位点为PLREKRRKR ↓ GLF,是高致病性禽流感病毒的典型分子特征序列.HA蛋白上关键受体结合位点226和228位（按照H3亚型的HA蛋白序列排序）氨基酸分别是Gln和Gly,是典型的禽流感病毒受体结合特征.结论 奉研究从环境中分离到一株新的基因重配禽流感病毒,其中NA基因来源于H6N6禽流感病毒,而其他7个基因则来源于H5N1禽流感病毒.结果提示我国禽流感病毒基因重配频繁,进化活跃,需要加强对禽流感病毒的持续监测.
- 余慧燕邓斐王慎骄霍翔戴启刚祁贤
- 关键词：禽流感病毒基因重配
- 一例混合感染中H3N2和H7N9流感病毒的分子遗传特性被引量：4
- 2015年
- 【目的】揭示一例混合感染中H3N2和N7N9流感病毒的分子遗传特性。【方法】通过荧光定量PCR法对标本进行流感病毒分型检测。通过二代测序技术对病毒分离物进行全基因组测序分析。【结果】2013年4月在南京市检测到一例人季节性H3N2流感病毒和禽流感H7N9病毒混合感染,混合病毒分别命名为A/Nanjing/M1/2013(H3N2)(M1-H3N2)和A/Nanjing/M2/2013(H7N9)(M2-H7N9)。分离株M2-H7N9 HA蛋白的Q226L位点和PB2蛋白E627K位点发生突变,增强了病毒对人体的感染能力。【结论】报道了一起人混合感染H3N2和N7N9流感病毒病例,提示人可能成为流感病毒基因"混合器",应高度关注H7N9病毒与人季节性流感病毒的基因重配现象。
- 杜雪飞丁洁祁贤崔仑标石利民
- 关键词：甲型流感病毒H3N2亚型
- 甲型H7N9流感病毒多重PCR-酶联免疫吸附检测方法的建立及应用被引量：7
- 2016年
- 目的建立一种快捷灵敏的禽流感病毒PCR-ELISA检测技术。方法针对禽流感病毒M基因（M）、H7基因（H7）、N9基因（N9）3个基因片段的保守序列,通过生物素与地高辛的特异性标记,最后通过酶联免疫吸附反应判断PCR扩增的有无。结果M、H7、N9 3个基因片段所能检测的最低拷贝数分别为1.43×103copy/μl、1.04×102copy/μl、8.80×103copy/μl,其敏感度比普通PCR扩增提高了10倍~100倍,且不同流感病毒亚型之间、不同种属病毒之间均不存在交叉反应现象。另外还检测了114份临床标本,结果与鸡胚培养匹配率达100.0%。结论本文通过特异性和敏感性实验显示此方法灵敏度高、特异性强,且操作简单,可以广泛地应用于流感病毒的实验室检测。
- 章倩云焦永军刘丹丹祁贤宋勇春
- 关键词：禽流感病毒
- 江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析被引量：14
- 2015年
- 目的 ：分析江苏省2013年甲型H1N1（09pdm）流感病毒血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）变异情况,分析其遗传进化特征。方法 ：按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培养及亚型鉴定。选取2013年不同时间段、不同地区具有代表性的14株甲型H1N1（09pdm）阳性毒株,利用特异性引物扩增HA、NA基因,测序并分析其遗传进化特征。结果 ：14株分离毒株与疫苗株A/California/07/2009（H1N1）的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~98.4%和96.5%~98.0%。NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.9%和97.0%~98.5%。遗传进化分析表明,14株分离株HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为HA氨基酸序列出现D114N、K300E、E516K的变异,NA分子特征表现为N44S位点变异。从2013年左右开始甲型H1N1（09pdm）流感基因多样性增加;通过FEL模型得到一个正向压力选择HA氨基酸位点310,一个正向压力选择NA氨基酸位点4,通过REL模型得到9个正向压力选择HA氨基酸位点179、180、239、301、303、310、311、312、313（含位点310）,5个正向压力选择NA氨基酸位点4、23、52、287、374（含位点4）。HA蛋白具有9个潜在糖基化位点,7个位于HA1上,2个位于HA2上;NA蛋白共有9个潜在糖基化位点。14株分离毒株在NA蛋白酶活性中心及周围辅助位点上均未发现变异。结论：2013年江苏省甲型H1N1（09pdm）流感HA、NA基因变异加快,遗传多样性增加,未来的遗传进化值得进一步关注。
- 资海荣郭艳邓斐余慧燕王慎骄汤奋扬祁贤卫平民
- 关键词：血凝素神经氨酸酶分子特征
- 人季节性流感病毒H1、H3、B型PCR-ELISA分型检测方法的建立及应用被引量：5
- 2016年
- 目的 建立快捷灵敏的季节性流感病毒PCR-ELISA检测技术.方法 根据甲型流感病毒M基因（M）、H1和H3亚型的HA基因（H1-HA、H3-HA）、乙型流感病毒的NS基因（B-NS）保守序列设计引物探针,通过生物素与地高辛的特异性标记,最后通过酶联免疫吸附试验（ELISA）判断PCR扩增的有无.结果 M、H1、H3、B-NS四个基因片段所能检测的最低拷贝数分别为：1.43×103、8.67×102、3.86×103、5.45×103拷贝/μl,其敏感度比普通PCR扩增提高了10倍,且不同流感病毒亚型之间、不同种属病毒之间均不存在交叉反应现象.另外还检测了104份临床标本,本文所建立的PCR-ELISA方法的检测结果与细胞培养完全一致.结论 本文通过特异性和敏感性实验显示此方法灵敏度高,特异性强,且操作简单,可以广泛地应用于流感病毒的实验室检测.
- 章倩云刘丹丹焦永军祁贤宋勇春
- 关键词：流感病毒
- 南京市2011-2014年度流感流行特征的分析被引量：7
- 2015年
- 目的：了解南京市2010-2014年流感流行趋势及病毒株变化,为流感防控提供科学依据。方法：对2010-2014年南京市3家流感哨点医院流感样病例用实时荧光定量PCR检测进行核酸检测,核酸阳性标本采用MDCK细胞进行病毒分离培养,对流感毒株型别、年龄段及性别分布等特征进行比较。结果：2010-2014年共采集流感样病例9823例。其中核酸阳性病例1277例,阳性率13.00%。其中A型各亚型共874例,B型各亚型共403例。男女阳性标本比例1.15∶1,两者阳性率比较差异无统计学意义（P〉0.05）。25岁~年龄段流感样病例数最高。结论：监测结果提示流感流行包括多种型别流感病毒交替和混合流行,不同年份不同季节呈现一种或多种不同优势株,每年基本有两个流行高峰,即冬春季和夏季高峰。
- 王燕石利民何敏王璇乔梦凯
- 关键词：流感病毒流感样病例
- 2013—2014年南京市流感病毒H3N2亚型血凝素分子遗传特性分析被引量：2
- 2016年
- 2013-2014年南京市流感病原监测系统分离到31株流感病毒H3N2亚型毒株,通过提取病毒RNA,反转录―聚合酶链反应（reverse transcriptase―polymerase chain reaction,RT―PCR）扩增血凝素（hemagglutinin,HA）基因片段,进行PCR产物纯化、测序并分析其遗传进化特征.结果显示,31株分离株与疫苗株A/Texas/50/2012之间的核苷酸和氨基酸进化距离分别为0.0102和0.0121,核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.9%~99.6%和97.2%~99.3%.遗传进化分析表明,分离株的HA基因分属不同的进化分支,3株2013年分离株属3B基因型,3株2014年分离株属3C.1基因型,2株2014年分离株属3C.2b基因型,其余23株属3C.3a基因型.与疫苗株相比,分离株的分子特征表现为发生N128A/T和P198S/A（去信号肽排列）氨基酸位点变异,均位于抗原决定簇B;分离株抗原决定簇上发生变异的位点共计24个;7株分离株出现126 NWT糖基化位点,3株分离株糖基化位点45NSS和144NNS消失.结果提示,2013-2014年南京市流感病毒H3N2亚型的HA基因较疫苗株发生了较大变异,疫苗对病毒的预防效果需重新评估.
- 杜雪飞葛以跃祁贤
- 关键词：血凝素分子特征
- 1968-2014年中国甲型H3N2流感病毒PB1基因进化分析被引量：4
- 2016年
- 【目的】分析季节性H3N2流感病毒PB1基因序列的变异情况,揭示H3N2流感病毒PB1基因的分子特征与进化趋势。【方法】对1968-2014年中国地区82株人H3N2毒株、2012-2014年江苏省分离的81株甲型H3N2流感病毒、6株SIV和4株AIV H3N2亚型PB1、PB1-F2基因进行分子进化分析。【结果】1968-2014年中国H3N2流感毒株PB1核苷酸和氨基酸相似性分别为90.91%-100%和96.91%-100%。系统进化树分析,1968-2014年共173株H3N2流感病毒总体上分为4个分支,2002-2014年分离毒株位于第IV分支上,1968-1994年分离毒株位于第II和III分支;猪源H3N2亚型分布于第I、II、IV分支上;分子特征显示PB1氨基酸52、113、179、216、576、586、619、621、709位在2002年以后发生适应性改变,替换了原来的氨基酸;PB1-F2基因编码截断型蛋白长度有52、34、25、24、11 aa(猪源),PB1-F2蛋白毒力关键位点上未出现高致病性特征突变。【结论】自1968年起H3N2亚型PB1基因变异逐步趋于稳定,且PB1-F2截断型毒株正逐渐成为一类新的进化特征,但PB1基因与其他亚型之间发生重配以及关键毒力位点的变异仍应是监测的重点。
- 郭艳颜文娟邓斐余慧燕王慎骄汤奋扬祁贤卫平民
- 关键词：进化分析
- 甲型流感病毒广谱中和抗体研究进展被引量：7
- 2017年
- 甲型流感病毒是威胁人类健康和公共安全的重要病原体,接种疫苗为最有效的防病手段。但因其基因变异程度较高,疫苗株如与流行株匹配程度较差,则疫苗的保护力较弱。近年来,对其广谱中和抗体的深入研究,为流感防治提供了新的思路。本文就近年来甲型流感病毒血凝素的广谱中和抗体的研究进展做一综述。
- 陈雪晴祁贤焦永军
- 关键词：甲型流感病毒血凝素神经氨酸酶中和抗体
- 发热伴血小板减少综合征病毒中和抗体酶联免疫吸附试验方法的建立及应用
- 2016年
- 本文旨在对发热伴血小板减少综合征(severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS)患者中和抗体进行定性和效价评估,建立中和抗体酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)。用96孔微量培养板培养非洲绿猴肾细胞(Vero-E6)并接种发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus,SFTSV),以抗核衣壳蛋白(nucleocapsid protein,NP)单克隆抗体为一抗,使用间接ELISA检测SFTSV NP,根据光密度(optical density,OD)判断阳性孔数,采用ReedMuench方法计算病毒半数组织培养感染剂量(50%tissue culture infective dose,TCID_(50)),以反映SFTSV在Vero-E6细胞中的复制水平。ELISA检测中和抗体作用后的病毒残余量,可间接反映中和抗体的作用效果并进行定量。应用以上建立的微量中和-ELISA对10例SFTS患者的双份血清进行中和抗体效价测定,8例患者恢复期血清效价较急性期增高4倍以上,7份患者恢复期血清效价达1∶1 280,急性期血清效价最高为1∶640。结果提示,本研究建立的ELISA操作简便,结果判定客观,所需时间短,可用于临床血清抗体诊断,也可用于血清流行病学调查和疫苗效果临床评价等。
- 刘丹丹焦永军章倩云李志锋祁贤宋勇春
- 关键词：酶联免疫吸附试验中和抗体
