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国家高技术研究发展计划(2012AA020203): 作品数：14 被引量：42H指数：4; 相关作者：应万涛钱小红马成江静王继峰更多>>; 相关机构：军事医学科学院安徽医科大学北京蛋白质组研究中心更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划北京市科技新星计划国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学理学医药卫生化学工程更多>>

代谢光反应交联技术在生物大分子相互作用研究中的应用: 2014年; 具备光反应交联活性的苯甲酮基团、叠氮苯基团以及双吖丙啶基团被广泛应用于对糖、氨基酸等代谢底物的修饰。利用生物自身的代谢机制,引入带有光反应交联基团的底物类似物,可以实现生物大分子间相互作用的原位、实时研究,从而获得更为准确的相互作用复合物的信息。本文将综述代谢光反应交联技术在聚糖-蛋白质、蛋白质-蛋白质相互作用研究中的应用进展。; 王明超应万涛钱小红

超支化聚合物新材料富集糖肽方法的研究被引量：2: 2014年; 目的:将自合成的超支化聚合物固定到氨基硅球上形成一种新型的糖肽富集材料,用于糖肽的高效分离与富集。方法:阴离子开环聚合法合成的超支化聚缩水甘油,经高碘酸氧化成为超支化聚甘油醛(hyperbranched polyglycerol-aldehydes,HPG-ALD)后固定于氨基硅球上,再用己二酸二酰肼修饰得到的酰肼材料应用于糖肽富集。结果:经扫描电镜(Scanning Electron Microscope,SEM)、热重分析(thermogravimetric analysis,TGA)等手段证明材料被成功合成。同时,使用制备成功的新材料来富集标准糖蛋白和糖肽都获得了良好的富集效果。结论:实验证明超支化缩水甘油酰肼材料(hyperpolymer-assisted hydrazide functionalized microspheres,HHMs)可用于低丰度糖蛋白/糖肽的富集。; 邓珊珊王明超曹琦琛白海红彭博应万涛蔡耘; 关键词：糖肽

利用亲水富集策略分析人血浆中N-糖基化蛋白及N-糖类型被引量：5: 2013年; 蛋白质的N-糖基化是最重要的翻译后修饰之一,许多已知的血浆肿瘤诊断标志物及治疗靶标都是N-糖基化蛋白。针对血浆的糖蛋白质组研究有利于发现新的蛋白标志物。然而,血浆蛋白质浓度分布的动态范围非常宽,且同一位点上的糖链存在微观不均一性,影响了血浆中糖蛋白的鉴定效率。本文利用亲水材料ZIC-HILIC制备亲水富集柱分别对人血浆中的N-糖链和N-糖肽进行富集,并结合碱性反相色谱进行肽段的预分离和高准确度质谱分析,最终在健康人的血浆中鉴定到了299个糖基化蛋白、637个糖基化位点,并识别出31种不同的糖型。在这些鉴定到的糖基化位点中,新发现有107个N-糖基化位点(占总位点数的16.8%)。本方法操作简单,可以有效富集N-糖肽和N-糖,为在血浆中寻找糖蛋白和糖链生物标志物提供了可靠的手段。; 马成潘一廷张琪王继峰钱小红应万涛; 关键词：反相色谱

亲水相互作用色谱结合串联质谱多重碎裂模式在完整糖肽研究中的应用被引量：10: 2014年; 蛋白质的糖基化修饰在生理及病理过程中发挥着重要作用。由于技术条件的限制,传统的糖蛋白分析方法中,通常分别鉴定蛋白质和糖链两者的结构,而忽略了蛋白质与糖链的连接关系。本研究旨在以完整糖肽作为检测对象,对糖肽中肽段序列和糖链结构的同步解析。采用亲水相互作用色谱对完整糖肽进行分离纯化,联合生物质谱中碰撞诱导解离(CID)、高能诱导解离(HCD)、电子转移解离(ETD)等裂解模式,对完整糖肽的糖基化位点、糖链结构、肽段序列等进行全方面的解析。结果表明,亲水相互作用色谱中样品与填料比1∶50可有效富集糖肽,采用30%CID能量,主要产生糖苷键断裂的碎片,为糖链的结构组成分析提供了线索;采用25%HCD能量,在低分子量区域提供了糖链的特征离子信息,并产生明确的糖肽Y1特征离子;ETD保留了完整的修饰基团而产生肽段骨架的断裂,可以提供有效的肽段序列信息。本研究结合亲水相互作用色谱与质谱仪中的多种碎裂方式,为完整糖肽的结构解析提供了一种快速、有效的研究方案。; 江静应万涛钱小红; 关键词：亲水作用色谱串联质谱碰撞诱导解离

Response of peptide intensity to concentration in ESI–MS-based proteome被引量：1: 2014年; High-throughput quantification with label-free methods has received considerable attention in electrospray ionization(ESI)-mass spectrometry(MS),but the manner by which MS signals respond to peptide concentration remains unclear in proteomics.We developed a new mathematical formula to describe the intrinsic log-log relationship between the MS intensity response and peptide concentration in an analytical ESI process.Experimental results showed that the calibration curve is fairly fit to the log-log formula with a linear dynamic range of approximate four to five orders of magnitude.However,we found that the ionization of analytical peptides can be severely suppressed by coexisting matrix peptides,such that the calibration curve can be poorly leveled off on both ends.Our study suggests that the interferences from coexisting matrix peptides should be reduced in the ESI process to use the log-log calibration curve successfully for the high-throughput quantification.; LU WenYuanYIN XueFeiLIU XiaoHuiYAN GuoQuanYANG PengYuan; 关键词：ESI-MS 校准曲线

基于超滤辅助样品制备方法的优化被引量：1: 2014年; 目的:基于超滤辅助样品制备(FASP)方法的出现使得使用去污剂(如SDS)的蛋白质提取方法与溶液内酶切方法得以兼容,因此提高了难溶性蛋白的鉴定数量。然而,超滤膜的非特异性吸附作用依然会造成蛋白的损失。我们拟针对该方法存在的问题对其进行改进。方法:对FASP方法进行了蛋白酶切条件、洗脱液选择、洗脱次数的改进;为测试优化方法的有效性和适用范围,选择标准蛋白BSA、鼠肝和鼠脑等3种样品进行考察。结果:相比报道的FASP方法,采用改进后的FASP方法使BSA的回收率提高了20%;经高精度质谱检测,对鼠肝、鼠脑的蛋白质鉴定结果分别比采用未优化的FASP多鉴定到2086和3592条特异肽段。结论:通过对FASP方法的优化,蛋白鉴定数量得到较大提高,该方法为蛋白质组深度覆盖研究提供了可靠的技术手段。; 马成张琪潘一廷覃培斌钱小红应万涛

等电聚焦预分离用于肝癌细胞分泌蛋白质组的分级与鉴定被引量：4: 2013年; 分泌蛋白质组(secretome)是指在特定的时空条件下,细胞、组织等分泌的全部蛋白质。分泌蛋白质组可能包含了大量的疾病诊断生物标志物,因此其相关研究越来越受到重视。分泌蛋白质组的组成高度复杂且浓度范围宽,这对分析方法提出了挑战。建立有效的蛋白质或肽段预分离策略,将有利于分泌蛋白质的高覆盖率鉴定。本研究以肝癌细胞系MHCC97L的无血清培养分泌蛋白质为研究对象,采用一种新型等电聚焦预分离(OFFGEL)系统,考察了肽段水平的分级对蛋白质鉴定结果的影响。结果表明,分离后各馏分中肽段的等电点分布与理论预测基本一致,每个馏分中单独鉴定的肽段比例接近80%,显示了该系统对肽段的高分辨分离能力。结合生物质谱技术,在肝癌细胞分泌系统中鉴定了2 995个蛋白质,显示了该系统在复杂体系蛋白质组研究中的应用潜力。; 李贤煜赵新元应万涛钱小红; 关键词：等电聚焦肝癌细胞

凝集素芯片技术在常见妇科肿瘤诊断中的应用被引量：2: 2013年; 目的探讨人血清糖蛋白的糖链结构信息在常见妇科肿瘤临床诊断中的价值。方法收集123例临床血清样本,其中乳腺癌31例、宫颈癌24例、卵巢癌19例、健康女性体检者49例,通过自制的包含15种不同凝集素的凝集素芯片来测定人血清中糖蛋白的糖链结构信息,利用SPSS 15.0统计软件进行分析,采用逐步判别分析法建立关于样本分组的判别函数方程。结果首先建立用于区分健康者与肿瘤患者的判别函数方程,对健康样本和肿瘤样本的回判正确率分别为85.7%、83.8%,总的判别正确率为84.6%;然后针对肿瘤组再建立用于区分乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的判别函数方程,结果对乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的回判正确率分别为96.8%、75.0%、78.9%,总的判别正确率为85.1%。结论人血清糖蛋白的糖链结构信息与妇科肿瘤存在相关性,基于凝集素芯片检测结果建立的判别函数方程对于临床血清样本的诊断判别具有一定的参考价值。; 裴丽丽肖超强何为; 关键词：妇科肿瘤

一种基于聚酰胺-胺型树枝状聚合物富集糖肽的新策略: 2014年; 目的:提出了一种新型的糖肽富集试剂,将不同代数的含高密度N端的聚酰胺-胺(PAMAM)型树枝状聚合物固定到溴化氰活化的琼脂糖凝胶上用于糖肽的高效分离。方法:先用标准糖蛋白对试剂的富集条件进行优化,包括是否使用还原剂、不同酸度的结合溶液、不同洗脱液、不同试剂比例,将优化后的方法用于鼠脑裂解液糖肽的富集。结果与结论:将优化的方法用于鼠脑糖肽的富集,用第6代PAMAM鉴定到的糖肽数目是采用商业化酰肼材料的3倍,该试剂对糖肽富集的高选择性和高重现性为糖蛋白组学研究提供了新的工具。; 邓珊珊曹琦琛马成白海红任晓君应万涛蔡耘; 关键词：树枝状聚合物糖肽

基于固定化Pronase E酶与质谱的糖链结构分析方法被引量：2: 2016年; 位点特异性糖链结构的解析,是糖蛋白质结构分析面临的巨大挑战。Pronase E蛋白水解酶,能够降解糖蛋白或糖肽中大部分的氨基酸序列,而保留糖链与少量氨基酸的序列,与色谱、质谱分析等联用,可以实现糖链结构的鉴定,同时,保留的氨基酸序列可以辅助实现修饰位点的识别,两者结合,可以获取位点特异性糖链结构的信息。但Pronase E酶解的缺点是,酶解效率较低,常需要较高浓度的蛋白酶。本实验将Pronase E固定化在基质上,固定化后的Pronase E具备较高的局部浓度,从而实现目标糖蛋白的快速高效酶解。采用核糖核酸酶B作为标准糖蛋白,优化了Pronase E酶切的方案,包括酶切时蛋白与酶的用量比、酶切时间、固定化Pronase E酶的有效贮存时间等;同时优化选择了糖链的富集方法,并对于基质辅助激光解吸飞行时间质谱分析中,糖链适合的基质进行对比选择,从而获得更好的糖链谱图及更为丰富的糖链结构信息。; 张曼丽于子翔钱小红应万涛; 关键词：糖蛋白糖链结构

国家高技术研究发展计划(2012AA020203)

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