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基于转录组测序的候选膀胱尿路上皮癌分子标记的识别: 目的:探讨基于Illumina平台的转录测序筛选出的膀胱癌的候选分子标记物在临床诊断中的可能应用价值。方法:对中南大学湘雅医学院附属海口医院2011年至2013年31例膀胱尿路上皮癌和对应的正常组织,采用实时荧光定量PC...; 肖四方张应爱肖敬川曹卉张淑芳; 关键词：膀胱癌转录组测序分子标记物实时荧光定量PCR

环状RNA在肿瘤中的研究进展被引量：3: 2016年; 环状RNA（circRNA）是一类具有特殊闭合环状结构的RNA，在多种生物细胞中稳定表达，曾一度被认为是转录后的剪接中间产物、副产物或偶然的剪接错误。随着新一代高通量测序技术的发展以及相应的生物信息学分析方法的完善，对circRNA产生了新的认识，circRNA受到越来越多的关注，circRNA的神秘面纱也逐渐被揭开。circRNA可通过多种途径调控基因表达，影响疾病的发生、发展，其对肿瘤的影响也初见端倪。; 郑文雯张淑芳; 关键词：RNA 基因表达调控肿瘤

DDX46基因慢病毒载体的构建及其在人膀胱癌细胞中的表达被引量：3: 2018年; 目的构建DDX46基因低表达慢病毒载体,并检测其在人膀胱癌细胞中的表达效果,为DDX46基因在人膀胱癌细胞中的研究奠定基础。方法应用实时荧光定量检测5637细胞和T24细胞中DDX46 m RNA表达水平,以寻找合适的细胞系进行实验。分别以DDX46基因序列和普适型阴性序列为模板,设计合成靶点序列,并合成寡核苷酸双链,定向克隆到慢病毒质粒GV115,合成重组质粒sh DDX46和sh RNA,分别称之为实验组和对照组。将不同重组质粒与pHelper 1.0和pHelper 2.0分别转染293T细胞以包装成慢病毒颗粒后感染5637细胞和T24细胞。应用实时荧光PCR定量检测重组慢病毒感染5637细胞和T24细胞后DDX46 m RNA表达水平,判断其干扰效率。结果 5637细胞和T24细胞均高丰度表达DDX46m RNA,其结果(用ΔCt值表示)分别为(6.53±0.08)和(8.48±0.11);重组慢病毒感染膀胱癌细胞后,在5637细胞中,实验组DDX46 m RNA的表达水平(用ΔCt值表示)为(0.32±0.01),低于对照组(1.00±0.10),差异有统计学意义(P<0.05),其敲减效率为67.70%;在T24细胞中,实验组DDX46 m RNA的表达水平(用ΔCt值表示)为(0.11±0.01),低于对照组(1.00±0.03),差异有统计学意义(P<0.05),其敲减效率为89.00%。结论成功构建DDX46基因低表达慢病毒载体,为研究DDX46基因在膀胱癌细胞中的作用奠定了基础。; 刘熹张冲黄邓高曹卉高元慧张淑芳彭大为; 关键词：短发夹RNA 慢病毒载体人膀胱癌细胞

长链非编码RNA在膀胱癌中的研究进展被引量：4: 2015年; 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)起初被认为是基因组转录的"噪音"或"转录垃圾"。随着研究的深入和测序技术的发展,越来越多的lncRNA被发现,虽然lncRNA不编码蛋白质,但可在多层面、通过多途径调控基因表达,从而影响疾病的发生、发展,尤其与肿瘤的发生、发展密不可分。膀胱癌是泌尿系统最常见的恶性肿瘤,其高发病率和高复发率一直是泌尿外科医生和膀胱癌患者的困扰,且病因尚不十分明确。lncRNA与膀胱癌的关系也逐渐受到关注,本文以几个lncRNA(H19,UCA1/UCA1a,MALAT-1,HOTAIR,ncRAN,MEG3)为代表,阐述了lncRNA与膀胱癌的发生、发展与复发的密切关系,并预测通过lncRNA诊断和治疗膀胱癌的临床前景。; 郑文雯张淑芳; 关键词：膀胱癌长链非编码RNA 肿瘤复发

基于转录组测序的候选膀胱尿路上皮癌分子标记的识别: 目的:探讨基于Illumina平台的转录测序筛选出的膀胱癌的候选分子标记物在临床诊断中的可能应用价值。方法:对中南大学湘雅医学院附属海口医院2011年至2013年31例膀胱尿路上皮癌和对应的正常组织,采用实时荧光定量PC...; 肖四方张应爱肖敬川曹卉张淑芳; 关键词：膀胱癌转录组测序分子标记物实时荧光定量PCR; 文献传递

转录组差异表达初步筛选膀胱尿路上皮癌分子标记: 2014年; 目的通过转录组测序初步筛选膀胱尿路上皮癌候选基因。方法对复发的膀胱癌尿路上皮癌患者（T2b N0M0）的肿瘤组织和正常组织进行-50倍覆盖度的高通量转录组测序,筛选得到了和肿瘤密切相关的多种差异表达基因,并对差异表达基因进行基因注释（gene ontology,GO）和KEGG pathway（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）的富集分析。结果在肿瘤组织和正常组织中分别检测到14 520和14 199表达的基因,发现了1 879个重要的差异表达基因,GO和KEGG分析这些基因主要富集在22条生物通路。通路大多和免疫反应、细胞连接、细胞生长发育和迁移有关。筛选得到的和膀胱肿瘤密切相关的基因包括VEGFA、CDH1、PTPRF、CLDN7和MMP2。结论提供了膀胱尿路上皮癌和癌旁非肿瘤膀胱组织的转录本信息,获得了膀胱尿路上皮癌发病密切相关的潜在候选基因,为膀胱癌的早期诊断和个性化治疗提供候选的分子标志物提供理论基础。; 肖四方张冲野丽莉谈顺张应爱郑文雯张淑芳; 关键词：膀胱癌转录组测序差异表达基因分子标记

基于转录组测序的候选膀胱尿路上皮癌分子标记的识别: 2014年; 目的:探讨基于Illumina平台的转录测序筛选出的膀胱癌的候选分子标记物在临床诊断中的可能应用价值。方法:对中南大学湘雅医学院附属海口医院2011-2013年31例膀胱尿路上皮癌和对应的正常组织,采用实时荧光定量PCR对转录组测序筛选出的候选基因进行验证。结果:筛选出的4个候选基因,CDH1、CLDN7、VEGFA和PTPRF在转录组测序患者肿瘤组织相对于正常组织表达上调;实时荧光定量PCR对更多的患者验证发现,CDH1、VEGFA、PTPRF和CLDN7中,VEGFA相对表达水平上调,差异有统计意义(P<0.05),VEGFA和PTPRF表达相对上调,但差异无统计学意义(P>0.05);PTPRF和肿瘤的初发和复发关系比较密切(P=0.002),其预测敏感度和特异度分别为90.0%和83.3%。结论:VEGFA在膀胱尿路上皮癌的发生发展中起重要作用,有望成为膀胱尿路上皮癌的分子标志物,PTPRF有望作为预测膀胱肿瘤复发的分子参考指标。; 肖四方张应爱肖敬川曹卉张淑芳; 关键词：膀胱肿瘤转录组测序分子标记物实时荧光定量PCR

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海南省自然科学基金(813256)

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