国家自然科学基金(31372526) 作品数:8 被引量:43 H指数:3 相关作者: 王庆恒 杜晓东 焦钰 邓岳文 黄荣莲 更多>> 相关机构: 广东海洋大学 湖北医药学院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 广东省科技计划工业攻关项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
miR-210在马氏珠母贝外套膜矿化机制中的结构和功能预测 被引量:3 2016年 为进一步探究Pm-miR-210在马氏珠母贝贝壳形成的作用,利用miR-RACE技术验证Pm-miR-210的成熟体序列并进行序列分析,通过生物信息学分析来获得Pm-miR-210的前体序列,并进行组织定量和靶位点预测。结果表明,Pm-miR-210的miR-RACE结果与高通量测序结果一致,利用转录组数据库与Pm-miR-210成熟体序列比对,获得的前体序列长度为80 bp并具有典型的颈环结构。多序列比对结果显示,Pm-miR-210成熟体序列的种子区域在不同物种间具有极高的保守性。荧光定量结果得出,Pm-miR-210在外套膜边缘膜和中央膜中均有表达,但表达量差异不具统计学意义(P>0.05)。靶向预测分析结果显示,钙调蛋白(calmodulin)、钙调磷酸酶-A亚基(calcineurin A subunit)、N19以及Shematrin-3为Pm-miR-210的候选靶基因。 潘晓艳 郑哲 田荣荣 焦钰 杜晓东关键词:马氏珠母贝 马氏珠母贝细胞周期分裂基因CDC45基因特征、表达量与性状相关分析 2016年 采用RACE技术克隆了马氏珠母贝细胞周期分裂基因45(Pm-CDC45)全长序列,利用荧光定量PCR检测该基因在闭壳肌、鳃、性腺与外套膜组织的表达量,并估计基因表达量与金黄壳色第3代选育群体壳高性状的相关性。结果表明:Pm-CDC45基因序列全长为2 091 bp,5′非编码区(5′UTR)为157 bp,3′非编码区(3′UTR)为34 bp,其中开放阅读框为1 967 bp,编码655个氨基酸;Pm-CDC45在各组织的相对表达量存在显著差异(P<0.05),其中闭壳肌表达量最高,鳃和性腺为其次,外套膜最低;Pm-CDC45基因相对表达量与选育群体壳高性状与存在显著的正相关(r=0.531,P<0.05);马氏珠母贝Pm-CDC45为影响壳高性状基因。 彭慧湃 赵红艳 雷超 王庆恒 焦钰 李俊辉关键词:马氏珠母贝 基因表达量 马氏珠母贝CyPB基因的克隆与表达分析 被引量:3 2015年 为了探究亲环蛋白B(Cy PB)在马氏珠母贝中的作用机制,运用c DNA末端快速扩增(RACE)技术克隆得到马氏珠母贝Cy PB基因(Pm Cy PB)c DNA的全长序列,并且应用实时荧光定量PCR技术对Pm Cy PB基因在马氏珠母贝不同组织中的表达进行检测。结果显示,Pm Cy PB基因序列全长1266 bp,其中开放阅读框(ORF)为678 bp,编码225个氨基酸,5′-UTR为62 bp,3′-UTR为526 bp。预测其相对分子量为24829.3,理论等电点5.77。多序列比对结果显示Pm Cy PB基因与其他物种的Cy PB具有较高的保守性。SMART软件对Pm Cy PB进行蛋白质序列分析,发现它包含亲环蛋白家族典型的肽脯氨酰顺反异构酶的结构域。实时荧光定量PCR数据分析表明,该Pm Cy PB基因在马氏珠母贝闭壳肌、肝胰腺、血细胞、外套膜、足、性腺、鳃这7种组织中均有表达,在外套膜表达量最高,其次是鳃。结果可为进一步阐述Pm Cy PB在马氏珠母贝中的免疫防御机制提供一定的理论基础。 田荣荣 闫芳 杜晓东 焦钰 黄荣莲 王庆恒 邓岳文关键词:马氏珠母贝 CY PB 基因克隆 荧光定量 马氏珠母贝磺基转移酶PmCHST9基因的分子特征与表达分析 被引量:18 2015年 糖胺聚糖在抗病毒、消炎和抗氧化等免疫反应发挥重要作用。磺基转移酶(sulfotransferase)是糖胺聚糖生物合成的关键酶,Carbohydrate sulfotransferase 9(CHST9)可以将磺酸基从3'-磷酸腺苷酰-5'磷酸硫酸盐(PAPS)转移到半乳糖残基非还原末端的4位碳上。为研究CHST9在马氏珠母贝免疫调节中的作用,本研究克隆得到马氏珠母贝CHST9(Pinctada martensii CHST9,Pm CHST9)c DNA全长序列并检测其在不同组织中的表达模式。利用RACE技术,得出Pm CHST9序列全长1 388 bp,其中5'UTR为122 bp,3'UTR为192 bp,开放阅读框(ORF)为1 074 bp,编码357个氨基酸;Pm CHST9氨基酸序列分子量为42 889.2 Da,等电点为9.28,脂溶性系数为81.32,总平均亲水性为-0.493;氨基酸序列分析得出Pm CHST9具有典型的磺基转移酶-2结构域和一个跨膜结构域;多序列比对结果显示Pm CHST9与其它物种的CHST9同源性较低;荧光定量PCR检测结果表明Pm CHST9在鳃中表达量最高,其次是足和肝胰腺。综上所述,Pm CHST9可能参与马氏珠母贝的免疫调节作用,为进一步阐述Pm CHST9在马氏珠母贝中的免疫机制提供基础资料。 郝瑞娟 郑哲 王庆恒 王庆恒 焦钰 邓岳文关键词:马氏珠母贝 分子特征 马氏珠母贝SRF基因的分子特征及组织特异性表达 被引量:11 2015年 血清反应因子(SRF)是一个高度保守的转录因子,在细胞增殖、细胞凋亡以及免疫反应中发挥重要作用。为了探究血清反应因子在马氏珠母贝中的生物学功能,本研究运用c DNA末端快速扩增(RACE)技术克隆得到马氏珠母贝SRF基因(Pm SRF)c DNA的全长序列,并且应用实时荧光定量PCR技术对Pm SRF基因在马氏珠母贝不同组织中的表达进行检测。结果显示,Pm SRF基因序列全长1 758 bp,其中开放阅读框(ORF)为1 440 bp,编码479个氨基酸,5'UTR为65 bp,3'UTR为253 bp,包含29 bp的poly A。预测其相对分子量为50 534.6 Da,理论等电点为7.71。多序列比对结果发现物种间SRF具有较高的保守性。SMART软件分析显示Pm SRF具有典型的MADS结构域。荧光定量PCR数据分析表明,Pm SRF基因在马氏珠母贝闭壳肌、肝胰腺、血细胞、外套膜、性腺、鳃六种组织中均有表达,其中在鳃中表达量最高。本研究可为进一步探究Pm SRF在贝类中的生物学功能提供重要的理论基础和参考价值。 田荣荣 田群莉 杜晓东 焦钰 黄荣莲 王庆恒 邓岳文关键词:马氏珠母贝 SRF 荧光定量PCR 马氏珠母贝Pm-vasa基因的克隆与表达分析 被引量:1 2017年 vasa蛋白是DEAD-box家族蛋白的一员,在真核生物原生殖细胞形成过程中起关键作用。本实验利用RACE技术克隆获得了马氏珠母贝vasa基因(Pm-vasa),并对其结构和组织表达模式进行了分析。结果表明:Pm-vasa c DNA序列全长为1 709 bp,其中开放式阅读框1 431 bp、5'UTR 148 bp、3'UTR 131 bp,共编码476个氨基酸,分子量为52.139 k D,理论等电点为6.24。SMART软件分析显示Pm-vasa蛋白具有典型的DEAD-box结构域,且具DEAD-box家族蛋白9个典型保守基序。多序列比对结果表明Pm-vasa与紫贻贝vasa同源性最高,为74%;系统进化分析发现,Pm-vasa与紫贻贝等软体动物聚为一支。组织表达定量分析发现Pm-vasa基因m RNA在性腺中显著高表达。我们的研究结果表明Pm-vasa可能参与马氏珠母贝的性腺发育。 刘雅 王庆恒 黄荣莲 焦钰 杜晓东关键词:马氏珠母贝 基因克隆 马氏珠母贝STA RDL3基因的克隆与表达性分析 被引量:2 2017年 采用RACE技术克隆获得马氏珠母贝STARDL3基因c DNA全长序列(Pm-STARDL3);利用荧光定量技术检测Pm-STARDL3基因在各个组织中的表达量。结果表明,Pm-STARDL3基因c DNA序列全长3 655 bp,开放阅读框(ORF)长1 491 bp,编码496个氨基酸,5'非翻译区(5'UTR)长110 bp,3'UTR长2 054 bp。PmSTARDL3氨基酸序列同源比对分析显示与华贵类栉孔扇贝(Mimachlamys nobilis)STARDL3的序列的相似度最高。SMART软件分析得出,Pm-STARDL3有STARD类蛋白特有的结构域。荧光定量PCR检测结果表明Pm-STARDL3在肝胰腺中表达量最高,其后依次是外套膜、鳃与闭壳肌,各组织的表达量差异具统计学意义(p<0.05)。 雷超 郑哲 王庆恒 黄荣莲 黄荣莲 杜晓东关键词:马氏珠母贝 基因克隆 基因表达 近交对马氏珠母贝生长性状、遗传多样性及矿化基因表达的影响 被引量:9 2017年 【目的】探讨近交对马氏珠母贝生长性状、遗传结构及矿化基因表达的影响,阐明近交引起子一代性状退化的遗传原理,为贝类品种培育提供参考依据。【方法】以两个黄壳色全同胞家系(M和N)为亲本,按照因子设计构建4个家系组合(F1:M1♀×M1♂;F2:M1♀×N1♂;F3:N1♀×M1♂;F4:N1♀×N1♂),比较4个家系成贝生长性状差异,利用9对SSR引物分析其遗传多样性,并以实时荧光定量PCR检测家系间矿化基因nacrein、pearlin和pif177的表达差异。【结果】4个家系间的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、平均体重和平均壳重存在明显差异,且近交家系(F1和F4)的平均壳长、平均壳高、平均壳宽、平均体重和平均壳重均小于杂交家系(F2和F3),其生长性状退化率(ID)为11.7%~29.4%。家系F1、F2、F3和F4的平均观测杂合度分别为0.2525、0.3116、0.3178和0.2752,平均期望杂合度分别为0.3451、0.3822、0.4005和0.3549,平均多态信息含量(PIC)分别为0.4591、0.5389、0.4878和0.4810。杂交家系(F2和F3)矿化基因nacrein、pearlin和pif177的相对表达量均高于近交家系(F1和F4),且4个家系的生长性状平均值与3个矿化基因的相对表达量存在明显正相关。【结论】近交能导致马氏珠母贝生长性状、遗传多样性及矿化基因表达量明显降低,因此制定马氏珠母贝育种方案时应构建合理的交配组合系统,防止因近交导致性状退化与遗传多样性指标降低而影响育种进程。 李俊辉 罗燕秋 钟雅诗 黄怡 黄荣莲 王庆恒 邓岳文关键词:马氏珠母贝 近交 生长性状