北京市自然科学基金(6062009)
- 作品数：3 被引量：6H指数：2
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- 相关机构：江西农业大学新疆农业大学北京市农林科学院畜牧兽医研究所更多>>
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- 口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报被引量：3
- 2008年
- 为建立口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)不同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条。对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型。用生物学软件BioSun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针。共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针。以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度。对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标。
- 相磊陈小玲李伍举梁之昶章振华王学文胡国良徐福洲石岗
- 关键词：口蹄疫病毒血清型VP1基因基因芯片寡核苷酸探针
- 三株口蹄疫病毒的克隆和基因型鉴定被引量：1
- 2007年
- 目的:将O、A、Asia-Ⅰ型等3株口蹄疫病毒(FMDV)VP3-VP1-2A区域的一个片段克隆到pMD18-T载体上,构建阳性重组质粒,并且鉴定3株病毒所属的基因型。方法:将从中国农业科学院兰州兽医研究所获得的O、A、Asia-Ⅰ型灭活FMDV提取RNA作为模板,采用RT-PCR技术扩增了VP3-VP1-2A区域的一个约1 070 bp的片段,包含了全部的VP1序列;将其克隆到pMD18-T载体上,鉴定后得到阳性重组质粒;将目的片段进行序列测定、分析、绘制系统发育树,进而确定各灭活病毒的基因型。结果与结论:经鉴定,O型灭活FMDV属Cathay基因型,它与该基因型3条参考毒株序列的相似性在87%以上;A型灭活FMDV与参考株的相似性差异较大,但在系统发育树上可以看出该毒株属于Asia基因型;Asia-Ⅰ型FMDV只有1个基因型,将测序结果在NCBI网站上BLAST,证实该灭活病毒为Asia-Ⅰ型。
- 相磊梁之昶章振华王学文胡国良徐福洲石岗陈小玲
- 关键词：口蹄疫病毒VP1基因克隆系统发育树基因型
- 口蹄疫分型诊断芯片探针设计初报
- 对O型FMDV8个基因型、A型FMDV3个基因型和AsiaⅠ型口蹄疫病毒(Foot-and-Mouth DiseaseVirus,FMDV)设计出基因型特异性探针,使其不但能够将同一血清型内的不同基因型FMDV序列区分开...
- 相磊陈小玲李伍举梁之昶章振华胡国良徐福洲石岗
- 关键词：FMDVVP1基因基因芯片寡核苷酸探针
- 文献传递
- O型口蹄疫病毒VP1基因区序列系统发育树分型被引量：3
- 2007年
- 从GenBank和世界口蹄疫参考实验室基因库(WRLFMD)下载O型FMDV全VP1序列共210条,其中23条为已知基因型序列,其他为未知基因型序列。利用分子生物学软件DNA Star中的Clust-alW和Tree View工具,以已知基因型的VP1区序列构建系统发育树,验证分型结果与已知基因型是否一致。然后以已知基因型序列作为参照,将未知基因型序列与已知基因型序列一起构建系统发育树,以已知基因型序列在系统发育树中所处的位置,来判断未知基因型序列的归属,从而明确它们归属于何种基因型。结果表明,采用此种分型方法获得Cathay型74条、SEA型24条、EA型4条、WA型4条、Euro-SA型21条、ME-SA型68条、ISA-1型3条、ISA-2型2条,未能分型序列10条。
- 相磊章振华胡国良陈小玲梁之昶徐福洲石岗
- 关键词：O型口蹄疫病毒系统发育树VP1基因
