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一种基于卷积码模型的遗传序列分析方法被引量：1: 2010年; 【目的】研究通信纠错编码理论在生物学领域研究中的应用。【方法】基于纠错编码理论,将卷积码模型分析方法用于遗传序列的分析,结合密码子简并性以及碱基关联短程为主的特性,对卷积码模型的生成矩阵、编码长度和约束长度等参数进行讨论。对2种原核生物(Escherichia colistr.K-12 substr.MG1655和Staphylococcus epidermidisATCC 12228)与2种真核生物(Arabidopsis thaliana chromosome 4和Oryza sativa(japonica cultivar-group)chromosome 10)DNA序列翻译起始及终止的特征进行分析,并通过对不同卷积码模型的比较,确定合适的分析模型。【结果】在适当的分析模型下,分析结果在开放阅读框(ORF)起始端和终止端附近,显示出与起始密码子和终止密码子位置紧密关联的明显码距变化,而不适当的分析模型则使分析结果与生物意义的对应关系下降;分析方法对2种原核生物和2种真核生物具有较好的统一性。【结论】通信纠错编码模型与蕴含纠错机制的生物序列编码特性可以较好地结合,这对将纠错编码理论与生物学研究相结合具有一定的指导意义。; 刘晓田逢春李素芳王世元; 关键词：纠错编码卷积码密码子

纠错编码理论在生物信息处理领域的应用被引量：1: 2010年; 根据生物系统中存在信息传递并且需要高度稳定性的特性,现代通信工程中的纠错编码理论被应用于生物遗传序列的研究和测试系统的设计。该文介绍其分析基础和现有应用并对未来研究展望。; 刘晓田逢春李素芳; 关键词：纠错编码遗传信息信息处理

基于分组码模型的DNA序列编码特性分析被引量：2: 2009年; 基于差错控制原理,将遗传信息中由海量碱基构成的DNA序列看作经过编码而获得的具有某种编码特性的编码序列。在此基础上,将编码理论中分组码的分析方法用于对DNA序列进行分析,选用了(6,3)分组码对三种原核生物和两种真核生物DNA序列进行分析,在ORF起始端和结束端观察到明显的码间距离变化。证明该方法对DNA序列分析有较好的指导作用。; 刘晓田逢春李素芳; 关键词：生物遗传信息分组码

最小汉明距离译码的原核生物DNA表达效率分析: 2008年; 鉴于通信系统结构,将分子生物的信息传递过程用通信模型描述,采用最小汉明距离译码算法,分析核糖体16S rRNA的突变对原核生物DNA翻译效率表达的影响,仿真结果表明原核生物以16S rRNA作为一个标准的差错校验码对DNA全序列进行纠错,证明了运用通信编码理论分析原核生物的遗传信息传递的可行性。; 冯文江初春龙红梅; 关键词：核糖体RNA 基因表达基因突变

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国家教育部博士点基金(20050611022)