国家高技术研究发展计划(2006AA02Z344)
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
- 相关作者：刘雷陈燕李轩韦雯倩李作峰更多>>
- 相关机构：上海生物信息技术研究中心复旦大学同济大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家基础科学人才培养基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 基于TGG的SBML与其他生物建模语言间的自动转换研究被引量：1
- 2011年
- 基于XSLT技术的SBML与其他生物建模语言之间的转换方法存在无法保证转换结果的确定性、语法正确性及不能满足模型转换的工业化需求等缺陷.针对以上问题,提出了利用图文法定义SBML Schema及其他生物建模语言,并且利用Triple Graph Grammar构造SBML与其他建模语言之间的转换方法.在此基础上,提出了一种基于单路径尝试条件的转换算法,该算法具有多项式时间复杂性,能够保证转换目标对象的确定性与语法正确性,给出了相关证明,并且讨论了该条件在生物模型转换中的适用性.与传统方法相比,该方法利用可视化方法实现转换,简化了定义过程;无需动态检查转换过程,只要转化规则正确即可保证转换结果正确;同时支持扩增传播以及模型间双向转换.最后,通过Petri网与SBML之间的转换例子证实了该算法的正确性与有效性.
- 朱世佳王亚东季春光陶海军
- 关键词：图文法XML
- Protégé文本标注工具在药物知识表示中的应用及其比较被引量：3
- 2009年
- 通过对药物基本信息的特征分析,使用Prot啨g啨软件构建药物本体,分别使用基于Protégé-Frames和Protégé-OWL的文本标注工具Knowtator和iAnnotate对临床药物指南文档进行标注,以达到药物基本信息的结构化,同时比较分析了两个标注工具在生物医学信息学应用中的差异.
- 韦雯倩南蓬陈燕张晓艳李轩刘雷李作峰
- 关键词：PROTÉGÉ文本标注
