河北省教育厅课题(Z2010117)
- 作品数：3 被引量：7H指数：1
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- 5省裂叶荆芥18S rDNA全序列测定与系统发育分析被引量：1
- 2012年
- 采用PCR法从5省栽培裂叶荆芥种子DNA中扩增18S rDNA全序列并测序,采用DNASTAR软件对5省裂叶荆芥进行遗传距离分析;采用ClustalX及MEGA软件进行系统发育分析,NJ法绘制系统发育树。研究结果表明,裂叶荆芥18S rDNA全序列长1 807 bp,5省裂叶荆芥18S rDNA序列一致性达100%。河北裂叶荆芥18S rDNA序列GenBank登录号为JN802671。系统发育树显示,5省裂叶荆芥18S rDNA序列形成单系群。首次获得国内5省裂叶荆芥18S rDNA全序列,一致性及系统发育分析显示5省裂叶荆芥为同一个品种。
- 刘红彬张丹参
- 关键词：测序系统发育分析
- 基于ITS序列的不同产地裂叶荆芥系统发育分析被引量：6
- 2012年
- 采用PCR法扩增来自国内5个不同产地的裂叶荆芥ITS全序列,测序后以产自河北的裂叶荆芥代表中国裂叶荆芥与来自不同国家的裂叶荆芥ITS序列进行比较,构建分子系统发育树,探讨国内5个不同产地及不同国家的裂叶荆芥的亲缘关系和系统进化。结果表明:国内5个不同产地的裂叶荆芥ITS1和ITS2序列均有较高的G/C含量;5个产地的裂叶荆芥的扩增序列长度均为749bp,且序列完全相同;其中ITS1序列长231bp,5.8S序列长168bp,ITS2序列长236bp。中国裂叶荆芥与日本、韩国裂叶荆芥ITS序列一致性为100%,与美国裂叶荆芥ITS序列一致性为99.0%。与美国裂叶荆芥相比,中国裂叶荆芥ITS序列有7个碱基发生变异。来自不同国家的裂叶荆芥形成单系群和2个分支(中、日、韩3国为1个分支,美国单独形成1个分支)。ITS序列的一致性表明国内5个不同产地裂叶荆芥为同一个种。
- 刘红彬顾小龙张海红张丹参
- 关键词：ITSPCR测序系统发育分析
- 绿脓杆菌ATCC9027外毒素PE40基因克隆与系统发育分析被引量：1
- 2013年
- 目的为获得用于构建免疫毒素弹头的毒素蛋白基因,克隆绿脓杆菌外毒素PE40基因。方法 PCR扩增ATCC9027外毒素PE40基因,纯化PCR产物与T载体连接后转染感受态大肠杆菌JM109,蓝白斑筛选阳性克隆,HindⅢ酶切和测序鉴定阳性克隆。将ATCC9027的PE40基因进行blast搜索,以Genbank中所有的绿脓杆菌外毒素PE40基因为内群,以白喉毒素基因为外群进行系统发育分析。结果 PCR产物为1 098 bp。与PA103相比,ATCC9027外毒素PE40基因有14个碱基的突变,导致外毒素蛋白8个氨基酸的突变。系统发育树显示绿脓杆菌外毒素PE40基因形成单系群,ATCC9027和ATCC927853的亲缘关系最近。结论 ATCC9027外毒素关键位点的氨基酸未发生突变,获得了用于构建免疫毒素弹头的毒素蛋白基因PE40。
- 刘红彬顾小龙
