国家自然科学基金(11147175)
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- 甲基苯并唑衍生物与HIV-1逆转录酶相互作用的分子模拟研究
- 2012年
- 对HIV-1逆转录酶(RT)与二氟甲基苯并唑甲基嘧啶硫醚(DFMMT)及甲基苯并唑甲基嘧啶硫醚(MMT)两个甲基苯并唑衍生物的复合物进行了分子动力学模拟,从分子整体、结合模式优化和水分子作用3个角度详细分析了甲基苯并唑衍生物与HIV-1 RT相互识别的机制。结果表明,DFMMT和MMT在RT中的结合位点几乎一致;但DFMMT与RT的π-π堆积作用更强。另外,RT的DFMMT结合口袋中有3个稳定的水分子存在,而MMT结合则没有水分子参与。3个水分子的协同使得DFMMT与RT的相互作用强于MMT,这可能是双氟促进抑制活性的作用机制之一。
- 胡建平唐典勇孙国峰成英常珊
- 关键词：HIV-1逆转录酶分子动力学模拟抑制活性
- 二酮酸化合物与HIV-1整合酶识别的分子模拟研究
- 2016年
- 目的研究二酮酸类化合物（diketoacids，DKAs）与HIV-1整合酶（integrase，IN）的分子识别机制和二者复合物的构象变化，为预测同类化合物抑制活性提供理论支持。方法使用AutoDock程序包将10个二酮酸类化合物与整合酶进行了分子对接，得到一系列对接复合物模型。选取其中两个抑制活性有明显差异的复合物进行了15ns的分子动力学模拟，并从能量和氢键的角度分析了二者与HIV-1整合酶识别的关键残基。结果二者特异性识别主要依靠与DDE基序形成的氢键，结合在由1141～M154，W61-L63和V77构成的口袋中，与实验数据吻合。基于分子动力学模拟轨迹做了结合自由能分解，其中范德华能项与IgIC50有较高的线性相关，结果表明该方程可用于此类化合物的活性预测。结论氢键是抑制剂维持活性及复合物稳定的重要作用力。结合自由能中的疏水作用与抑制活性有明确的相关性。对后续HIV-1整合酶抑制剂设计具有一定的指导意义。
- 杜文义胡建平左柯代田洋刘嵬梁立苟小军
- 关键词：HIV-1整合酶分子对接分子动力学模拟
- 谷氨酰胺结合蛋白结合底物前后的运动差异性研究
- 2012年
- 分别对谷氨酰胺结合蛋白单体及结合底物谷氨酰胺的复合物进行了10uns的分子动力学模拟,从分子整体,结构成簇,门距和门角等方面研究了该蛋白在结合底物前后的运动差异性。结果表明,单体的稳定性弱于复合物,单体大小结构域的开合运动幅度远大于复合物。该研究有助于揭示细胞外液结合蛋白的底物转运机制。
- 胡建平王延云毛丹
- 关键词：分子动力学模拟转运机制
- 羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究
- 2016年
- 为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用Auto Dock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟。基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力,通过分析氢键以及构象的变化,发现氨基酸残基N155与D64之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的DDE基序结构稳定的关键。另外,氨基酸残基Y143所在的loop区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体-配体识别的过程中具有重要的作用。
- 杜文义胡建平左柯刘嵬梁立代田洋
- 关键词：分子对接HIV-1整合酶构象分析
