上海市科学技术委员会科研基金(09411963500)
- 作品数：1 被引量：2H指数：1
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- 结肠癌实质细胞长标签基因表达系列分析文库的建立及应用被引量：2
- 2010年
- 目的:应用长标签基因表达系列分析(long serialan alysis of gene expression,LongSAGE)技术定量分析结肠癌实质细胞转录组,并筛选肿瘤相关基因。方法:应用激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)、RNA提取和线性扩增方法得到结肠癌实质细胞及其相应正常结肠上皮细胞的反义RNA(antisense RNA,aRNA)样品,构建LongSAGE文库;然后应用SAGE2000软件对所得序列文本进行分析,筛选肿瘤相关基因;最后采用RT-PCR方法验证该差异表达基因。结果:结肠癌细胞LongSAGE文库标签体总数为50542个,识别出基因总数为16497个。正常结肠细胞LongSAGE文库标签体总数为50124个,识别出基因总数为16417个。LongSAGE文库筛选出结肠癌差异表达基因705个(P<0.05)。转化生长因子β诱导基因(transforming growth factor β-induced gene,TGFBI)为LongSAGE文库筛选出的结肠癌相关基因,RT-PCR检测验证了其在结肠癌组织标本中表达上调。结论:LCM-LongSAGE是对结肠癌实质细胞进行定量转录组研究的可行流程。
- 樊军卫唐华美严东旺王兆文王晓亮彭志海
- 关键词：结肠肿瘤基因表达谱显微切割基因表达系列分析
