江苏省高校自然科学研究项目(12KJB230003)
- 作品数：13 被引量：38H指数：4
- 相关作者：张跟喜王金玉张涛樊庆灿唐莹更多>>
- 相关机构：扬州大学山西省农业科学院江苏京海禽业集团有限公司更多>>
- 发文基金：江苏省高校自然科学研究项目国家肉鸡产业技术体系建设专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 边鸡Myf-3基因与生长性状的关联分析
- 2014年
- 本实验采用PCR-SSCP技术检测边鸡生肌决定因子3(Myf-3)的多态性,并分析其对边鸡生长性状的遗传效应。结果表明:在P3位点上发现C576T的突变;在P4位点上发现C1837T和G1846A的突变。P3和P4位点均属于低度多态,其中P3位点处于哈代-温伯格平衡(P>0.05);P4位点偏离了哈代-温伯格平衡(P<0.05)。利用PHASE软件对其进行单倍型分析后结果显示,共产生4种单倍型H1(TCG)、H2(TTA)、H3(CCG)、H4(CTA)。经关联分析发现,单倍型组合H1H1型和H2H2型对所测定的边鸡各周龄体重具有显著或极显著影响。由此推测,边鸡Myf-3基因的多态性对其生长性状有一定影响,但是否可以作为影响边鸡生长性状的遗传标记仍需进一步研究。
- 魏岳张跟喜王金玉樊庆灿唐莹丁馥香张丽
- 关键词：SNPS生长性状边鸡
- 京海黄鸡钠氢离子交换泵1基因实时荧光定量PCR标准曲线的建立
- 2014年
- 为阐明钠氢离子交换泵1(Na+/H+exchanger 1,NHE1)基因在京海黄鸡组织表达和生理功能,依据GenBank登录的NHE1基因的核苷酸序列(登录号:DQ256198)设计特异性引物,经RT-PCR技术从京海黄鸡组织样中扩增和克隆了上述因子的204bp核苷酸片段。测序鉴定后,将重组质粒10倍系列稀释后作为标准模板,通过实时荧光定量PCR方法,建立了它们各自的标准曲线及直线回归方程,得到了相关系数R2=0.9903、回归方程为y=-3.4643x+35.9000的标准曲线,成功构建了NHE1基因的标准质粒和标准曲线,为京海黄鸡组织中NHE1mRNA水平的定量检测提供了必要的技术手段。
- 陈学森王金玉张跟喜张涛唐莹施会强
- 关键词：京海黄鸡重组质粒实时荧光定量PCR
- 肌细胞生成素基因多态性对京海黄鸡繁殖性状的遗传效应研究被引量：1
- 2014年
- 本研究旨在探讨肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因多态性与鸡繁殖性状间的相关性。以378只京海黄鸡为研究对象,采用PCR-SSCP技术研究MyoG基因外显子的多态性。运用最小二乘法分析这些突变位点形成的基因型与京海黄鸡繁殖性状间的相关性。结果表明,MyoG基因外显子1上存在1个G102A突变,外显子3上存在1个T36C突变,分别形成基因型AA、AB、BB和CC、CD、DD。关联分析结果显示,基因型AA、AB和BB在京海黄鸡繁殖性状上无显著差异(P>0.05);基因型CC和DD在京海黄鸡开产体重上存在显著差异(P<0.05),在其余性状上各基因型差异均不显著(P>0.05)。因此,推测MyoG基因对京海黄鸡的繁殖性状无显著影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。
- 唐莹王金玉张跟喜葛莹薛倩王亚男王永娟
- 关键词：肌细胞生成素基因多态性京海黄鸡繁殖性状
- 京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的全基因组关联分析
- 2015年
- 旨在寻找影响京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的SNP位点。本研究采用简化基因组测序的方法,检测京海黄鸡基因组的SNP位点,并对这些位点与新城疫和传染性支气管炎性状进行关联分析。结果表明:在基因组水平上有1个与京海黄鸡新城疫抗病性状显著相关的SNP位点,7个与该性状潜在显著的SNPs位点,并将这些位点定位到5个基因上,分别为EEA1、CARS2、SCML2、GRP20以及TOMIL2基因,这些基因均可能影响或调控机体的抗病及免疫能力,可以考虑作为京海黄鸡新城疫抗病性状的候选基因作为后续研究。没有发现与京海黄鸡传染性支气管炎显著相关的SNP位点,该性状可能是复杂性状,受到多种因素的影响。因此,本研究发现的几个标记位点可能对京海黄鸡的新城疫抗病性状存在一定的影响,可以作为候选基因,为京海黄鸡抗病育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。
- 王文浩张涛王金玉张跟喜樊庆灿陈学森韩鲲鹏王永娟
- 关键词：京海黄鸡抗病性状SNPS
- 京海黄鸡GnRHR基因克隆、生物信息学及组织表达分析被引量：3
- 2014年
- 旨在根据GenBank上公布的原鸡GnRHR基因序列设计2对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆GnRHR基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GnRHR基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构、三级结构等。同时为GnRHR基因和β-actin基因各设计1对引物,采用RT-qPCR的方法研究GnRHR基因在京海黄鸡12个组织和器官中的表达情况。最终成功克隆了京海黄鸡GnRHR基因完整的编码区序列和部分侧翼序列,Blast结果显示,京海黄鸡GnRHR基因与原鸡、番鸭、藏羚羊、野猪、马、小鼠、大鼠、家兔、绵羊、人、牛、黑猩猩和斑马鱼的同源性分别为99.7%,86.7%,55.7%,54.6%,52%,51.6%,50.8%,50%,49.9%,49.6%,49.4%,47.4%和39.3%,并成功构建系统发育树。蛋白质结构分析显示,GnRHR蛋白分子量为45.432 kDa,理论等电点为9.55,包含20种氨基酸,其中,亮氨酸含量最高,占13.8%,赖氨酸含量最低,占0.7%;不稳定系数为65.35,显示该蛋白不稳定;脂溶指数为95.54,总平均疏水指数为0.312,为非水溶性蛋白;该蛋白不属于分泌型蛋白,主要存在于胞膜上,没有信号肽结构,存在16个潜在磷酸化位点和11个糖基化位点;保守结构域分析显示存在2个低复杂度序列和7段跨膜结构,跨膜分析显示该蛋白为7次跨膜蛋白,二级结构预测结果显示,在GnRHR二级结构中,α-螺旋占29.83%,β-折叠占17.18%,无规则卷曲占52.98%,GnRHR蛋白三级结构为复杂的7次跨膜螺旋结构,且为单链蛋白。组织表达分析显示,GnRHR基因主要在垂体中高表达,表达量显著高于其他组织,在其他11个组织和器官中表达量较低。
- 张涛张跟喜王金玉樊庆灿王文浩韩昆鹏王永娟
- 关键词：京海黄鸡克隆生物信息学分析
- 边鸡MyoG基因与生长和屠体性状的关联分析被引量：5
- 2014年
- 本实验将肌细胞生成素(MyoG)基因作为研究边鸡生长和屠体性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术对边鸡的MyoG基因进行SNPs检测,并利用荧光定量PCR技术探讨MyoG基因的多态性与边鸡生长和屠体性状之间的关系。结果表明:在MyoG基因上发现2处同义突变,MyoG基因多态位点对边鸡生长和屠体性状有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);MyoG基因在胸肌中的表达量极显著高于腿肌中的表达量(P<0.01)。由此推测,边鸡MyoG基因的多态性对其生长和屠体性状有一定影响,对肌纤维的生长发育存在调控机制,但是否可以作为影响边鸡生产性状的遗传标记需进一步研究。
- 魏岳张跟喜王金玉张涛唐莹樊庆灿薛倩王亚男丁馥香张丽
- 关键词：MYOG基因SNPS生长性状屠体性状实时荧光定量PCR边鸡
- 运用四种线性模型对京海黄鸡上市体重进行全基因组关联分析被引量：3
- 2014年
- 旨在使用4种模型对京海黄鸡的16周龄体重进行全基因组关联分析(GWAS)。试验以京海黄鸡母鸡为试验材料,通过60KSNP芯片分型,并使用2种线性回归模型和广义线性模型(GLM)、混合线性模型(MLM)4种模型对基因型数据和京海黄鸡16周龄体重进行关联分析。结果表明,虽然4种模型识别出的显著SNPs(P<0.05)数目不同,但各有优缺点。此外,本研究共识别20个与京海黄鸡上市体重关联显著的SNPs(P<0.05)。这些SNPs主要分布于1、4、19、25和Z染色体上,其中,1号染色体50.6~53.6Mb和Z染色体33.6~44.8Mb区域是显著SNPs(P<0.05)分布较为集中的区域。另外还有部分显著SNPs(P<0.05)位于之前报道的影响鸡生长性状的QTL内。最后,本研究还找到了17个候选基因,同时还探讨了FAM184B、NCAPG和NLK的功能,所有的这些结果将促进鸡生长性状标记的研究。
- 樊庆灿王金玉张跟喜唐莹张涛顾玉萍施会强
- 关键词：京海黄鸡GWASGLM
- MyoG基因外显子1多态性与京海黄鸡生长性状的相关性分析被引量：6
- 2013年
- 本研究旨在探讨MyoG基因与鸡生长性状之间的关联性。本实验以379只京海黄鸡群体为研究对象,采用PCR-SSCP技术研究该群体MyoG基因的部分外显子单核苷酸多态性(SNPs),研究各基因型与京海黄鸡生长性状的遗传相关性。结果表明:MyoG基因第1外显子102 bp处存在1个G-A突变位点,形成3种基因型,其中A等位基因频率为0.1346,B等位基因频率为0.8654;MyoG基因BB型个体2、4、6周龄体重显著高于AB型个体(P<0.05),BB型个体8周龄体重显著高于AA型个体(P<0.05);在整个生长过程中,BB型个体为优势个体。因此,推测MyoG基因对京海黄鸡的生长尤其是早期生长有一定的影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。
- 唐莹王金玉张跟喜施会强张涛
- 关键词：MYOG基因多态性京海黄鸡
- 京海黄鸡BMP-4基因突变位点的发现及其对生长和繁殖性状的遗传效应
- 2014年
- 本研究采用DNA池直接测序法寻找京海黄鸡BMP-4基因外显子4区域的多态位点,用PCR-SSCP技术检测发现的多态位点在京海黄鸡中的单核苷酸多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性状的遗传效应。结果表明:在外显子4区域检测到2个突变位点(C701T,A967G);C701T位点经PCR-SSCP分析显示2种基因型(AA和AB),其中AA型为优势基因型。最小二乘分析表明,C701T位点对京海黄鸡的生长和繁殖性状均无显著影响(P>0.05)。
- 张跟喜邢世宇钮广林胡东胜张向前王金玉
- 关键词：骨形态发生蛋白-4多态性京海黄鸡
- 京海黄鸡Myf5基因表达谱及表达规律被引量：4
- 2016年
- 为了探究Myf5基因的表达谱和表达规律,研究其可能的作用机理,本研究根据GenBank上的原鸡(Gallus gallus)Myf5基因cDNA序列,跨内含子设计1对荧光定量引物,采用实时荧光定量PCR技术检测Myf5基因在不同组织的表达情况,绘制其组织表达谱;并选取4个时间点,检测在高表达组织中的表达情况,以研究其表达规律。结果显示,无论是在公鸡还是母鸡中,Myf5基因均在胸肌和腿肌中的表达量最高。在公鸡的其他组织中表达量很低或几乎不表达,母鸡中,除在卵巢中有少量表达外,其他组织中表达量很低或几乎不表达。无论是在公鸡腿肌和胸肌中,还是在母鸡腿肌和胸肌中,Myf5基因的表达量总体呈下降趋势,在16周龄接近体成熟时表达量最低。本研究揭示了京海黄鸡(Gallus gallus)Myf5基因的表达谱以及随肌肉生长发育的表达规律,为进一步研究Myf5基因的作用机理、表达调控以及与MyoG基因相互作用机理奠定基础。
- 张涛张向前董新龙张跟喜王金玉樊庆灿王文浩王永娟
- 关键词：MYF5京海黄鸡表达谱
