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公益性行业科研专项(201203091)

作品数：1 被引量：24H指数：1
相关作者：陈果杨明磊吴新儒杨帆向小华更多>>
相关机构：云南省烟草公司中国农业科学院烟草研究所中国农业科学院更多>>
发文基金：公益性行业科研专项国家烟草专卖局基金更多>>
相关领域：生物学更多>>

文献类型

  • 1篇中文期刊文章

领域

  • 1篇生物学

主题

  • 1篇烟草
  • 1篇生物信息
  • 1篇生物信息学
  • 1篇普通烟草
  • 1篇转录
  • 1篇转录因子
  • 1篇基因
  • 1篇基因表达
  • 1篇基因家族
  • 1篇WRKY

机构

  • 1篇中国农业科学...
  • 1篇中国农业科学...
  • 1篇云南省烟草公...

作者

  • 1篇王元英
  • 1篇刘贯山
  • 1篇晁江涛
  • 1篇向小华
  • 1篇杨帆
  • 1篇吴新儒
  • 1篇杨明磊
  • 1篇陈果

传媒

  • 1篇遗传

年份

  • 1篇2016
共 1 条 记 录，以下是 1-1
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排序方式：
普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析被引量：24
2016年
WRKY 基因家族编码产物是一类含有 WRKY 保守结构域的转录因子（Transcription factors, TFs），在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前，已在多种植物中鉴定了 WRKY 基因家族，但在普通烟草（Nicotiana tabacum L.）中 WRKY 家族的系统鉴定与分析还未见报道。本研究利用 WRKY 保守域全蛋白序列 PF03106检索普通烟草蛋白序列，获得 WRKY 家族候选序列共164个。利用多种生物信息学软件对该家族成员进行了系统进化树、保守结构域、亚细胞定位预测、染色体定位和组织表达等分析。分组鉴定和进化树分析结果显示，可将164个候选 NtWRKY 蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个亚家族。其中，Ⅱ亚家族又可细分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d 和Ⅱ-e 共5个亚组。WRKY 结构域分析结果显示，多数基因由2~5个外显子组成，各成员间的核心结构域高度保守，含有 WRKY 盒和锌指结构。亚细胞定位预测结果显示，大部分 NtWRKY 成员都定位在细胞核中，参与核基因的转录调控；而第Ⅲ亚家族的大部分成员（74%）定位于细胞质基质中，可能参与细胞质基因的转录调控。染色体定位结果显示，共有154个 NtWRKY 基因能够定位于24条染色体中，且呈不均匀分布，6号染色体上分布最多，含16个候选基因，10号染色体上分布最少，只有1个候选基因。组织表达分析结果显示，大部分 NtWRKY 基因在烟草根、茎、叶中都有表达，但不同基因间的表达模式存在差异，这暗示了烟草 NtWRKY 家族的不同成员在功能上可能具有多样性。研究还发现基因 NtWRKY26、NtWRKY30、NtWRKY32的表达模式受黑胫病原菌（Phytophthora parasitica var. nicotianae）诱导，可能与烟草-黑胫病菌互作机制相关。本研究不仅为研究普通烟草 WRKY 转录因子在调控生长发育过程中的作用奠定了相关理论基础，也为进一步分析普通烟草 WRKY 基因
向小华吴新儒晁江涛杨明磊杨帆陈果刘贯山王元英
关键词：普通烟草WRKY基因家族转录因子生物信息学基因表达
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