国家自然科学基金(31072009)
- 作品数：6 被引量：17H指数：3
- 相关作者：樊斌杨松柏韩立强褚贝贝朱河水更多>>
- 相关机构：华中农业大学河南农业大学中国农业科学院北京畜牧兽医研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 利用紧缩线性模型和贝叶斯模型对猪总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联研究被引量：6
- 2012年
- 全基因组关联分析策略已逐渐成为家畜重要经济性状研究的强有力工具。文章使用猪60K SNP芯片对一个具多胎繁殖性状记录的商业母猪群(n=820)进行分型检测,共计57 814个SNP通过设定质控标准。主成分分析显示群体内不存在显著的群体分层现象,而后分别运用两种统计模型Compressed Mixed Linear Model(GAPIT程序包)、Bayes CPi(GenSel软件)进行第1和第2胎次总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联分析。从两种分析方法所得结果中各取最显著的50个SNP位点进行比较:对于第1胎次总产仔数,两种方法分析结果存在31个重合SNP位点,对于第1胎次产活仔数,有20个重合SNP位点;且两种统计分析结果中最显著的SNP位点都在另一方法中得到验证。与第1胎次总产仔数显著关联的SNP位于1、2、3、7、13、16和18号染色体,与第1胎次产活仔数显著关联的SNP位于1、3、4、13和16号染色体上的11个区域内。在1、3、13和16染色体上共有5个区域同时与这两个性状显著关联。与第2胎次总产仔数和产活仔数显著关联的区域主要位于7、10、12、13、14和16号染色体的6个重叠区域内。
- 刘小磊杨松柏Max F RothschildZHANG Zhi-Wu樊斌
- 关键词：总产仔数产活仔数
- 大白猪和通城猪全基因组选择性清扫分析被引量：6
- 2012年
- 长期的人工选择使猪的生产性能得到显著提高,与选择相关的基因组区域也随之发生特定遗传变异表征(选择信号)。不同类型品种所受到选择强度不一,选择信号亦不相同,选择性清扫分析已逐渐成为选择信号的主要检测手段。文章基于商用型大白猪(n=45)和地方猪品种通城猪(n=45)的猪60K SNP芯片分型数据,借助遗传分化系数Fst法进行选择信号检测分析。利用gPLINK软件设定质控标准,共计34 304个SNPs被筛选出用于统计分析。使用Genepop软件包计算两个猪品种之间的遗传分化参数Fst,所得Fst平均值为0.3209。选取Fst>0.7036(即占总Fst值数目的 1%),共计344个SNPs被选择出来。SNP位置注释显示这些位点涉及到79个候选基因(Sus scrofa Build 9)。利用在线软件Ingenuity Pathway Analysis对候选基因的生物学通路进行网络分析,发现它们多与生长繁殖及免疫应答有关,如NCOA6、ERBB4、RUNX2和APOB等基因。研究结果为进行猪产肉、抗病等性状候选基因和致因突变深入挖掘提供了有益参考。
- 李秀领杨松柏唐中林李奎刘榜樊斌
- 关键词：网络分析
- 奶牛SREBP1蛋白在乳腺上皮细胞的表达定位及对SCD1基因启动子的转录调控被引量：3
- 2016年
- 【目的】固醇调节元件结合蛋白1(SREBP1)作为核转录因子,对于细胞脂肪合成酶基因的表达发挥着重要的调控作用。论文旨在奶牛乳腺上皮细胞中研究SREBP1对于SCD1基因启动子的转录调控作用,为进一步明确SREBP1对于靶基因的转录调控机制提供理论基础。【方法】以荷斯坦奶牛乳腺组织的c DNA为模板,采用分段克隆的方法获得SREBP1基因的编码序列,通过重组酶与pc DNA3.1载体进行重组环化构建pc DNA3.1-SREBP1表达载体,将构建的载体测序验证后提取质粒,转染奶牛乳腺上皮细胞。以EIF3K基因为内参基因,采用荧光定量PCR检测SREBP1基因m RNA的表达差异;采用免疫荧光的方法对SREBP1进行标记,以DAPI复染细胞核,激光共聚焦观察SREBP1蛋白的亚细胞定位;转染含有不同调控元件的SCD基因启动子,同时转染1.0μg pc DNA3.1-SREBP1作为处理,荧光素酶报告基因系统分析启动子活性;分别转染0.25、0.5和1μg的pc DNA3.1-SREBP1载体,分析p GL3-SCD 2和p GL3-SCD3启动子活性与SREBP1之间的量效关系。【结果】分段克隆得到的PCR产物分别为1 170、1 116、363和900 bp的片段,经过与pc DNA3.1载体重组后获得pc DNA3.1-SREBP1表达载体,经酶切和测序验证,发现除1个无义突变外,与标准序列完全相同,整个序列长度达到3 510bp;将pc DNA3.1-SREBP1载体转染乳腺上皮细胞后,Real-time PCR检测发现与转染空载体的对照组相比,SREBP1基因的m RNA表达倍数增强130.4倍(P<0.001);激光共聚焦观察发现,DAPI染色的细胞核呈蓝色,免疫荧光标记的SREBP1呈绿色,二者融合后呈现青色,共定位在乳腺上皮细胞核中;启动子活性检测发现,与p GL3-SCD1、p GL3SCD 2相比,SREBP1处理能够极显著增加p GL3-SCD3、p GL3-CD4启动子的活性(P<0.001),分别比对照组提高了1.0倍和0.7倍,进一步分析发现,在用0.25—1μg的pc DNA3.1-SREBP1处理后,与p GL3-SCD2的启动子活性持续下降相比,p GL3-SCD3的启动子活�
- 韩立强王月影王林枫朱河水钟凯褚贝贝杨国宇
- 关键词：奶牛乳腺上皮细胞转录调控
- 奶牛胰岛素诱导基因1的克隆、组织分布及稳定表达细胞系的建立被引量：2
- 2016年
- 为研究奶牛INSIG1基因的功能,本研究检测了8个组织中INSIG1基因的分布情况,PCR扩增得到INSIG1基因的编码区序列,采用嘌呤霉素筛选稳定表达INSIG1的肝脏细胞系并进行鉴定,结果表明INSIG1基因在奶牛肝脏、小肠、肌肉和脂肪组织的表达丰度较高,将构建的INSIG1-C31真核载体与phi C31整合酶共转染肝脏细胞,经过4μg/m L嘌呤霉素筛选后,获得完全表达绿色荧光蛋白的肝脏细胞系,鉴定表明INSIG1基因已经整合到细胞基因组中。本研究获得了稳定表达INSIG1基因的肝脏细胞系,为深入研究INSIG1基因功能提供了材料。
- 庞坤石科杨亮韩立强
- 关键词：奶牛细胞系
- 使用phiC31整合酶构建奶牛INSIG1基因乳腺恒定表达细胞系被引量：1
- 2016年
- 为了使用phiC31整合酶建立奶牛胰岛素诱导基因1(INSIG1)的稳定表达乳腺细胞系,首先从奶牛乳腺组织中克隆得到INSIG1基因的编码区,然后将克隆片段与phiC31载体进行BamHⅠ和KpnⅠ双酶切构建INSIG1-C31真核表达质粒;将其与phiC31整合酶质粒共同转染到小鼠乳腺细胞中,采用嘌呤霉素筛选细胞,荧光显微镜观察细胞绿色荧光蛋白的表达,PCR鉴定细胞基因组中INSIG1基因的表达,荧光定量PCR检测细胞中INSIG1基因的表达。结果表明,试验成功构建INSIG1-C31真核载体,与phiC31整合酶共转染小鼠乳腺细胞,经过8mg/L嘌呤霉素筛选后获得完全表达绿色荧光蛋白的乳腺细胞系;对细胞系鉴定表明INSIG1基因已经整合到细胞基因组中,与对照组相比,INSIG1基因的mRNA表达丰度增加了597.98倍(P<0.001)。本研究获得了稳定表达奶牛INSIG1基因的乳腺细胞系,为深入研究INSIG1基因功能打下基础。
- 韩立强王林枫王月影朱河水王江褚贝贝郑悦亭张超杨国宇
- 关键词：奶牛乳腺细胞
