国家自然科学基金(31201163)
- 作品数：6 被引量：10H指数：2
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- 相关机构：黑龙江八一农垦大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金黑龙江省教育厅科学技术研究项目国家级大学生创新创业训练计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学更多>>
- 大豆DNA去甲基化酶IDM1基因5'调控区生物信息学分析
- 2014年
- 利用生物信息学方法分析了IDM1基因在大豆中的存在状况及其5’调控区的启动子序列、甲基化位点及转录因子结合位点的分布情况。结果表明：IDM1基因在大豆中存在2个拷贝Glyma12g35760和Glyma13g34641,并且在表达时存在选择性剪接。对5’端的-2 000~200 bp序列分析发现,Glyma12g35760存在1段可能的启动子序列,1个CpG岛,大小为133 bp,位于495~627核酸序列之间,存在5个可能的转录因子结合位点,转录因子有SBF-1和athb-1两种;Glyma13g34641存在8段可能的启动子序列,无CpG岛,存在6个可能的转录因子结合位点,转录因子有P,SBF-1,MYB.Ph。该分析结果可为IDM1基因在大豆中的试验研究提供有价值的参考。
- 方淑梅韩毅强张文慧洪艳华李丹丹范金辉梁喜龙
- 关键词：大豆生物信息学
- 植物细胞吸水方式的教学研究
- 2016年
- 关于植物细胞的吸水方式,传统分类方法为渗透吸水、吸胀吸水和代谢性吸水。而目前在新版教材中出现了新的分类方式:扩散、集流与渗透作用。对新旧两种分类方式之间的内在关联与区别进行总结,以便于加深学生对植物细胞吸水机制的理解,有利于教师全方位的教学。
- 梁喜龙鞠世杰王伟梁晓艳冯乃杰方淑梅
- 关键词：植物细胞植物生理学教学
- 大豆DNA甲基化酶生物信息学分析被引量：5
- 2013年
- 植物DNA甲基化酶对建立与维持基因组甲基化,调控基因表达,确保植物快速应对多种逆境具有重要作用。本研究利用多种生物信息学网站和软件初步明确了大豆中四类DNA甲基化酶蛋白及相应基因序列,并分析了进化关系和基因拷贝数,确定了基因在染色体上的物理位置及酶蛋白的理化性质与亚细胞定位,同时揭示了大豆DNA甲基化酶蛋白的结构域和组织表达部位特异性。这些研究结果有助于全面认知大豆DNA甲基化酶蛋白的特征对从遗传学上展开深入研究和剖析具有重要的理论指导作用。
- 方淑梅梁喜龙纪伟波胡百兴郑殿峰
- 关键词：大豆基因组DNA甲基化酶进化关系
- 大豆DNA脱甲基化酶相关基因的克隆及连作胁迫应答
- 2021年
- 利用大豆基因组数据库Phytozome v12.1.6获得大豆DNA脱甲基化相关基因Glyma03g34860和Glyma10g07601的CDS序列,以大豆叶片RNA为模板,RT-PCR克隆获得Glyma03g34860基因大小为5226 bp,Glyma10g07601基因大小为6045 bp。利用STRING在线软件预测这两个转录本的互作蛋白质完全一致,主要互作蛋白8个,包括一个AP位点裂解酶和2个RNA聚合酶亚基;采用qRT-PCR分析他们对大豆连作综合逆境胁迫的响应。结果表明:连作综合逆境胁迫使Glyma03g34860和Glyma10g07601的表达均不同程度上调,其中,Glyma10g07601基因在大豆品种安达农家、黑大豆、绥农14和黑农40达显著水平(P<0.05),分别增加1.37、1.22、1.98倍和1.67倍;Glyma03g34860基因在大豆品种垦丰16、绥农14达显著水平(P<0.05),分别增加1.62倍和1.65倍,因此推测他们可能通过使基因组DNA脱甲基化而参与大豆连作综合逆境胁迫的响应。
- 方淑梅侯雪邱草威韩蓓胡俊杰梁喜龙
- 关键词：基因克隆大豆
- 稻瘟病菌重金属抗性蛋白的生物信息学分析被引量：3
- 2015年
- 稻瘟病菌重金属抗性蛋白是稻瘟病菌在进化过程中产生的分泌型抗性蛋白,其可能对该病原菌在高浓度重金属环境中的生长、繁殖及生活史完成具有重要作用。为了明确稻瘟病菌重金属抗性蛋白的生物信息学特性,本研究利用多种生物信息学网站与软件对获得的3种重金属抗性蛋白的理化性质、结构域、三级结构、亚细胞定位等进行分析,并构建了系统进化树,同时预测了蛋白的组织表达特异性。该研究结果可为从遗传学方面深入了解重金属抗性蛋白在稻瘟病菌生长发育、繁殖和致病过程中的真正功能奠定基础。
- 方淑梅王伟杜冲晓赵东磊李超梁喜龙
- 关键词：生物信息学稻瘟病菌理化特性
- 大豆去乙酰化酶Sir2的生物信息学分析被引量：2
- 2015年
- 为研究大豆细胞衰老机制,利用拟南芥、Phytozome、NCBI等数据库及ClustalX 2.0、MEGA 5.0、ExPASy、Smart、DomainDraw等软件对大豆中的Sir2基因进行定位,绘制系统进化树,并对其蛋白的理化特性、组织表达特异性及发挥作用的功能结构域进行预测和分析。结果表明:大豆SRT1和SRT2基因均含2个拷贝,SRT1基因分别位于18号和8号染色体,SRT2基因分别位于4号和6号染色体;SRT1与SRT2蛋白理化性质相近,均为稳定的碱性疏水性蛋白,不含信号肽,均含有Pfam:SIR2结构域,而位于18号染色体的SRT2蛋白含有2个Pfam:SIR2结构域,表明该蛋白的活性可能更高;SRT1仅在胚中表达,而SRT2不仅在胚中表达,还表达于花、下胚轴、叶、根和茎中,表明SRT2在大豆体内的表达更广泛;系统进化树显示,大豆SRT1和SRT2蛋白与菜豆亲缘关系最近,而在双子叶植物中与番茄关系最远。
- 方淑梅冯乃杰梁喜龙
- 关键词：大豆去乙酰化酶SIR2SRT生物信息学
