湖南省自然科学基金(06JJ4076)
- 作品数：8 被引量：17H指数：3
- 相关作者：骆嘉伟周迎春张惜珍杨莉彭政更多>>
- 相关机构：湖南大学湛江师范学院湖南人文科技学院更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 一种新的RNA二级结构的三维图形表示被引量：1
- 2007年
- 用图形法表示生物分子序列是生物信息学的一个重要研究课题,其中RNA二级结构以廖波提出的三维图形表示法应用比较广泛。在该算法的基础上,对二级结构中的自由基进行进一步划分,划分为假结内自由基和假结外自由基,并以此为基础提出了一种新的RNA二级结构三维图形表示法。将此表示法应用在随机抽取的5种含有假结的RNA分子上,可以有效地计算出它们之间的相似度。
- 单夫一骆嘉伟
- 关键词：RNA二级结构相似度生物信息学
- 一种新的基于3D图形的进化树构造方法被引量：3
- 2007年
- 生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法越来越成熟。基于DNA序列的3D图形表示法,提出一种新的进化树构造方法:将DNA基本序列表示成空间3D图形,并计算与序列相对应的非负实对称矩阵;计算新的特征参数C表征序列特性,并获得相对进化距离;基于可凝聚的层次聚类算法构造不同基因序列的进化树。采用中国不同地区的12组禽流感基因HA(H5N1)序列进行试验,最后获得了相应的进化关系。
- 骆嘉伟张惜珍
- 关键词：DNA序列3D图形层次聚类算法
- 基于快速动态权重匹配的RNA二级结构预测算法被引量：2
- 2008年
- 在动态权重匹配算法的基础上提出了基于快速动态权重匹配的RNA二级结构预测算法。通过引入最大动态权重茎区搜索算法降低时间复杂度和扩大搜索假结的区域提高预测假结的能力,使得快速动态权重匹配算法与动态权重匹配算法相比,不仅具有O(n3)的更加理想的时间复杂度,而且还能预测更多可能存在的假结。
- 骆嘉伟彭政
- 关键词：RNA
- 基于智能蚁群算法的双序列比对方法被引量：1
- 2007年
- 序列比对是生物信息学中一项重要的基础性研究课题。提出了一种基于全新的信息素改变策略的智能蚁群算法,该算法利用历史最优信息来更新信息素,避免出现早熟现象,加速算法的后期收敛。实验表明该方法是有效的和可行的。
- 彭东海骆嘉伟陈斐
- 关键词：蚁群算法
- 基于图形表达的基因序列相似性分析被引量：2
- 2007年
- 提出一种新的基因序列图形表达方法及特征参数Z_Inv,这种图形表达不仅具有良好的非退化特征,而且充分保留了基因序列的生物学特征。通过实验比较分析,特征参数Z_Inv具有计算简单且比其他不变量更接近于矩阵最大特征值不变量λ。最后将这一图形表达及特征参数应用于基因序列的相似性分析中。实验结果表明,利用图形表达及其特征参数的基因序列形似性分析具有较好的合理性。
- 周迎春骆嘉伟张惜珍
- 关键词：矩阵特征值
- 一种改进的BIRCH聚类分析算法及其应用研究被引量：5
- 2009年
- 文中详细分析讨论了BIRCH算法中存在的不足,并针对其不足进行一定的改进,提出了一种基于离差平方和的改进多阈值BIRCH算法,充分利用离差平方和来建立簇与簇的相关性,相对于单纯以簇之间的中心距离来建立相关性有一定的改进,同时在分裂因子的确定上采用了簇中直径的最大值,克服因采用经验值确定分裂因子的缺陷.最后,引入到基因序列图形表达数据聚类分析应用中.
- 周迎春骆嘉伟
- 关键词：BIRCH算法聚类特征
- 基因序列图形表达及聚类分析应用研究被引量：4
- 2007年
- 在基因序列图形表达模型研究的基础上,提出了一种新的非退化的基因图形三维表示方法。该表达方法不仅避免了图形的重叠和交叉,同时还保留了序列的生物学特征。利用该表达方法对H5N1病毒基因序列进行数字特征的提取并引入基于多维PFS判别函数进行模糊聚类分析应用。在聚类分析过程中直接利用数字特征矩阵作为分析数据,分析结果表明:利用文中所给图形表达建立基因序列数字特征矩阵进行的聚类分析具有一定的合理性。
- 周迎春骆嘉伟杨莉
- 关键词：基因序列聚类分析
- 基于图形表达的基因序列模糊聚类应用研究
- 2009年
- 给出了一种新的非退化的基因图形三维表达方法,这一表达方法不仅避免了图形的重叠和交叉,同时还保留了序列的生物学特征。利用这种表达方法对H5N1病毒基因序列进行数字特征的提取,并引入基于多维PFS判别函数进行模糊聚类分析应用。在聚类分析过程中直接利用数字特征作为源数据,分析结果表明,利用该图形表达建立基因序列数字特征矩阵进行的聚类分析具有一定的合理性。
- 周迎春骆嘉伟
- 关键词：聚类分析
