博士科研启动基金(1791)
- 作品数：4 被引量：16H指数：3
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- 柑橘类植物SOD基因片段的克隆和SNP分析被引量：5
- 2010年
- [目的]对柑橘类植物遗传多样性进行精确分析研究。[方法]根据已报道的各种植物Mn/Fe-SOD基因的氨基酸序列上前后2个保守区设计1对简并引物,采用RT-PCR技术,分别从岭南沙田柚、柠檬等6种柑橘类植物中克隆得到长426bp的Mn/Fe-SOD基因片段,并对所得序列进行了SNP分析。[结果]柑橘类植物核苷酸同源性高达97.2%,与其他植物Mn/Fe-SOD基因核苷酸序列的同源性都在77.7%以上;经过氨基酸序列推导,每个基因片段分别编码142个氨基酸,6个基因片段的氨基酸同源性为97.9%,与其他植物Mn/Fe-SOD基因的氨基酸序列同源性在79.0%以上。在Mn/Fe-SOD基因片段中有18个核苷酸位点存在SNPs,导致3个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/23.7bp,核苷酸变异度为4.23%,氨基酸变异度为2.38%。[结论]该研究为丰富构建柑橘类植物基因图谱标记和抗逆性状的遗传标记奠定了基础。
- 吴波刘勇
- 关键词：SOD基因克隆SNP
- 柑橘类植物和其它植物的GPAT和SOD基因分子进化分析被引量：1
- 2011年
- 甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAT)基因和超氧化物歧化酶(SOD)基因是与植物抗寒和抗逆密切相关的2个基因。为了研究柑橘类植物之间以及和其它植物之间上述两基因的分子进化的异同,已经获得的数种柑橘类植物的GPAT基因、SOD基因氨基酸序列和通过检索GenBank数据库获得的相关序列为试验数据,使用PAUP4.0软件,通过最大简约法,分别构建GPAT基因、Fe/Mn-SOD基因、Cu/Zn-SOD基因和总SOD基因的分子系统进化树。GPAT基因分子系统进化树分析结果表明,GPAT基因在单子叶和双子叶植物中的进化差异不大,在柑橘类植物中的进化差异较大;Fe/Mn-SOD基因分子系统进化树分析结果表明,该基因分子进化与植物自身的抗逆能力有密切关系;Cu/Zn-SOD基因分子系统进化树分析结果表明,该基因在进化上是相当保守的。总SOD基因分子系统进化树分析结果表明,SOD基因的进化和聚类并不是以植物的科属是否相同或相近为依据的,而是以该基因所结合的金属离子的不同来分类的;Cu/Zn-SOD基因和Fe/Mn-SOD基因来源于不同的祖先基因,前者较后者保守。
- 吴波刘勇
- 关键词：SOD分子进化分析
- 柑橘类植物GPAT基因片段克隆和SNP分析被引量：10
- 2010年
- 甘油-3-磷酸酰基转移酶基因是与植物抗冷性强弱密切相关的基因。根据已报道的各种植物GPAT基因的氨基酸序列上前后两个保守区设计1对简并引物,采用RT-PCR技术,分别从琯溪蜜柚、马家柚、莽山野橘等8种柑橘类植物中克隆得到315bp的GPAT基因片段。使用DNA Star5.0软件对8个片段序列进行同源性比较,8个片段的核苷酸同源性高达97.8%,与其它植物GPAT基因核苷酸序列的同源性都在72.5%以上;经过氨基酸序列推导,每个GPAT基因片段分别编码105个氨基酸,8个片段的氨基酸同源性为95.2%,与其它植物GPAT基因的氨基酸序列同源性在68.9%以上。试验克隆所得8种柑橘类植物GPAT基因片段序列存在明显的单核苷酸变异,在14个核苷酸位点存在SNPs(single nucleotide polymorphisms),导致6个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/22.5bp,核苷酸变异度为4.45%,氨基酸变异度为5.71%。采用NJ聚类法对克隆片段的核苷酸序列进行了遗传多样性分析。
- 吴波刘勇
- 关键词：基因克隆SNP
- 新干特早柚GPAT基因5’端克隆及序列分析被引量：4
- 2009年
- 采用5’-RACE技术从新干特早柚(Citrus grandiscv.Xingantezaoyou)叶片中克隆出一条长832 bp的GPAT基因5’端cDNA片段(GenBank登录号:DQ193970)。序列分析结果表明:该cDNA片段序列与其它科属植物的GPAT基因序列的同源性差异较大,除与同类植物——温州蜜柑(Citrus unshiu)的同源性高达98.9%,与红花(Carthamus tinctorius)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、非洲油棕榈(Elaeis guineensis)、豌豆(Pisum sati-vum)、蚕豆(Vicia faba)的同源性分别为62.5%、54.6%、48.2%、47.4%、46.9%;其所编码的氨基酸序列与红花、拟南芥、非洲油棕榈、豌豆、辣椒的同源性分别为51.6%、60%、45.1%、48%、52.3%,与细菌(Bacillusamyloliquefaciens)的同源性仅为18.9%,说明GPAT基因的氨基酸序列具有种属特异性。
- 吴波刘勇
- 关键词：RACE基因克隆
