四川省教育厅自然科学科研项目(08ZA076)
- 作品数：9 被引量：24H指数：3
- 相关作者：徐怀亮姚永芳倪庆永程安春毕风均更多>>
- 相关机构：四川农业大学昆明动物园云南师范大学更多>>
- 发文基金：四川省教育厅自然科学科研项目长江学者和创新团队发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 7个灵长类物种PRSS12基因编码区序列测定与进化分析
- 2010年
- 参考人的PRSS12基因组序列(NT016354),分段设计多对引物,对灵长类系统发育中代表不同谱系的7个物种的PRSS12基因蛋白质编码序列进行了PCR扩增、序列测定和拼接,结果获得了7个非人灵长类物种PRSS12基因的完全编码序列,全长为2628bp(大猩猩2631bp,黄猩猩2634bp),均含有13个完整的外显子。同源性分析表明,灵长类PRSS12的核苷酸和氨基酸序列均显示出高度的保守性。其基因进化速率也非常缓慢,每10亿年每个位点的平均非同义替换数仅为0.20个,平均同义替换数仅为1.13个。选择性检验表明,在灵长类的进化历程中,PRSS12其因保持着由纯化性选择所致的强烈的功能束缚,这暗示着该基因在灵长类的神经系统发育和认知能力发展中可能起着关键的功能性作用。进一步分析表明,纯化性选择实际上主要作用于PRSS12基因的SRCR功能结构域编码区,该结构域起着介导PRSS12基因编码蛋白结合于其它细胞表面或胞外蛋白质的重要作用。
- 徐怀亮
- 关键词：灵长类分子进化
- 藏酋猴Mhc-DPB1基因exon 2的多态性
- 采用PCR扩增和克隆测序等方法对来自四川地区的70个藏酋猴样品的Mhc-DPB1基因exon 2进行了检测和分析。首次在藏酋猴中获得了18个DPB1等位基因(Math-DPB1),其中1个为假基因(Math-DPB1*0...
- 李佳薏姚永芳周亮徐怀亮
- 藏酋猴Mhc-DPB1基因exon2的多态性
- 2012年
- 主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)对许多疾病的易感性和抵抗力起着重要的作用。为了解藏酋猴(Macaca thibetana)的MHC基因遗传背景,以促进藏酋猴遗传资源的保护及其在生物医学研究中的应用,文章采用PCR扩增和克隆测序等方法对来自四川地区的70个藏酋猴样品的Mhc-DPB1基因exon 2进行了检测和分析。首次在藏酋猴中获得了18个DPB1等位基因(Math-DPB1),其中1个为假基因(Math-DPB1*01:06N)。18个等位基因中,Math-DPB1*06:01:01(67.14%)的阳性检出率最高,其次为Math-DPB1*01:03:01(37.14%)、Math-DPB1*09:02(25.71%)和Math-DPB1*22:01(15.71%)。氨基酸序列比对发现,藏酋猴Math-DPB1等位基因编码的氨基酸序列中,有5个氨基酸残基变异位点表现出物种特异性。不同物种来源的DPB1等位基因系统发生树表明,藏酋猴、猕猴(Macaca mulatta)和食蟹猴(Macaca fascicularis)的DPB1等位基因不是以物种特异性方式聚类,而是种间混聚在一起,并显示出明显的跨物种多态性(Trans-species polymorphism)。选择性检验表明,平衡选择(Balancing selection)在维持Math-DPB1基因的多态性中起着重要的作用。
- 李佳薏姚永芳周亮徐怀亮
- 关键词：藏酋猴遗传多态性
- 藏酋猴达菲抗原/趋化因子受体基因的克隆与序列分析
- 2012年
- 利用GenBank公布的恒河猴达菲抗原/趋化因子受体基因(FY)核苷酸序列设计2对特异引物,采用PCR方法克隆藏酋猴Macaca thibetana FY基因,分别得到1.0kb和1.1kb的DNA片段,通过DNA测序和序列拼接获得藏酋猴FY基因1491bp片段,该片段包含2个外显子(21bp和990bp)和1个内含子(480bp)。该基因开放阅读框长1011bp,编码336个氨基酸,该蛋白等电点是5.77,分子量是35.52kDa,分子半衰期30h,不稳定指数是39.84,总平均疏水性是0.689,是疏水性蛋白。拓扑结构预测显示该基因编码氨基酸有15个潜在的功能位点:3个N-糖基化位点,2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,10个N-肉豆蔻酰化位点。整个蛋白质多肽链含有7个跨膜螺旋区,4个细胞外区和4个细胞内区。同源性比较结果显示,与人、恒河猴、牛、兔、犬、大熊猫6个物种FY基因编码区核苷酸序列间同源性分别为94.7%、99%、75.2%、80.2%、74.5%、71.7%,氨基酸序列间同源性分别为92%、99%、89.8%、78.2%、90%、89.3%。系统进化树结果表明:藏酋猴与恒河猴亲缘关系最近,与人类亲缘关系较近。
- 司晓辉姚永芳张栓玲刘伟周亮徐怀亮
- 关键词：藏酋猴克隆
- 藏酋猴毛干DNA的3种提取方法被引量：6
- 2010年
- 为寻求一种从藏酋猴毛干中提取总DNA的有效方法,从一藏酋猴个体背部剪取数量不等的毛干样品(不含毛囊),经蛋白酶K消化后,分别采用高盐沉淀抽提法、酚氯仿抽提法、纳米磁珠抽提法分离获得用于PCR扩增的模板DNA,通过紫外分光光度计测定OD值并计算出质量浓度,同时进行琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增检测,分析3种方法提取藏酋猴毛干DNA的质量差异。每处理设置10个重复。结果表明,纳米磁珠法提取藏酋猴毛干中DNA是一种快捷、简便、经济、高效、安全的有效方法;进行毛发取样时以5～10根较为合适。
- 徐怀亮汪宴廷姚永芳黄晓峰倪庆永程安春潘阳
- 关键词：藏酋猴DNA
- 峨眉山藏酋猴mtDNA控制区序列变异及种群遗传多样性被引量：1
- 2013年
- 为更有效地保护藏酋猴Macaca thibetana野生种群,本文测定了来自峨眉山藏酋猴8个亚群体的47个样品mtDNA控制区5'端505 bp的序列,发现了27个变异位点(5.74%),定义了4种单倍型,其单倍型多样性(h)为0.236±0.079、核苷酸多样性(π)为0.00902±0.00354,单倍型之间的序列差异平均为0.623%,平均核苷酸差异(K)为4.274,单倍型序列之间变异较大,种群中的核苷酸多样性较高;将峨眉山的藏酋猴看成一个种群与同为四川地区的马边群体及安徽的黄山群体的相应序列进行比较,结果显示峨眉山藏酋猴种群mtDNA控制区序列与马边群体间的差异性较小,而与黄山群体间的差异性较大。分子方差分析(AMOVA)表明,90.04%的遗传变异发生在种群之间,仅有9.96%的变异发生在种群内。进一步分析表明,藏酋猴各地理种群间均不同程度地存在着一定的遗传分化(Fst=0.9004,P<0.05),种群间基因交流较贫乏(Nm<1)。基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均支持四川地区的藏酋猴种群和安徽黄山种群分别聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元;而本研究中的四川地区藏酋猴在系统发生树上也分为2个亚支,但这2个亚支并未与地理分布成完全的对应关系,应归为一个管理单元加以保护。
- 姚永芳钟丽菁刘家斌李苹王章训胡江涛简宏博徐怀亮
- 关键词：藏酋猴MTDNA控制区
- 基于线粒体CoⅠ基因的鸫亚科14种鸟类的系统进化被引量：2
- 2010年
- 基于鸫亚科(Turdinae)6属14种鸟类的线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(CoⅠ)基因部分序列(1176bp),以雪松太平鸟(Bombycilla cedrorum)为外群,采用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法分别构建鸫亚科的系统发生树。结果表明鸫亚科鸟类分为2个大的支系。第1个支系包括鸫属(Turdus)和地鸫属(Zoothera),第2个支系包括红尾鸲属(Phoeicurus)、鸲属(Tarsiger)、燕尾属(Enicurus)和啸鸫属(Myiophonus)。宝兴歌鸫(Turdus mupinensis)独立于鸫属而与虎斑地鸫(Zoothera dauma)形成最近的亲缘关系;灰翅鸫(Turdus boul-boul)和乌灰鸫(Turdus cardis)、赤颈鸫(Turdus ruficollis)和斑鸫(Trudus naumanni)分别聚为姐妹群关系;红尾鸲属的两个种互聚为姐妹群后再与鸲属的红胁蓝尾鸲(Tarsiger cyanurus)形成一个支系。乌鸫(Turdus merula)、紫啸鸫(Myiophonus caeruleus)、黑背燕尾(Enicurus leschenaulti)在鸫亚科鸟类分子进化树中的位置尚不稳定。
- 徐怀亮熊伟姚永芳倪庆永潘阳
- 关键词：鸫亚科DNA序列系统发育
- 中国猕猴遗传多样性研究进展被引量：2
- 2010年
- 从形态学、染色体、蛋白质、DNA水平等方面对中国猕猴的遗传多样性进行了综述,以期为我国猕猴资源的保护和利用提供理论基础,为猕猴遗传多样性的研究提供参考。染色体核型和蛋白质分析表明中国猕猴遗传多样性有限,DNA多态性分析表明中国猕猴具有丰富的遗传多样性。基于线粒体控制区部分序列的分析有助于中国猕猴系统发育与进化的研究,Neighbor-joining进化树和Median-Joining网络图将中国猕猴分为7个类群。
- 李地艳徐怀亮程安春李青青姚永芳倪庆永杜丹丹
- 关键词：中国猕猴染色体蛋白质线粒体DNA
- 四川地区猕猴线粒体DNA控制区遗传多样性及其种群遗传结构被引量：7
- 2010年
- 猕猴是最理想的医学实验灵长类动物,并且是国家二级保护动物。四川地区的猕猴数量多、分布广,全面了解其遗传背景对于该地区猕猴资源的保护与合理利用具有重要的意义。本研究对来自四川8个地理种群的231个不同猕猴个体的线粒体DNA控制区部分序列进行了测定和群体分析,发现了110个变异位点(22.49%),定义了56种单倍型,其单倍型多样性(h)平均值为0.686、核苷酸多样性(π)平均值为0.01483,种群总体遗传多样性较高;进一步分析表明,8个地理种群间存在着明显的遗传分化(Fst=0.70412,P<0.05),种群间基因交流较低(Nm<1);系统发育树显示,四川猕猴8个地理种群的单倍型基本上成簇分布在系统树上,与地理位置呈现一定的对应关系,说明四川猕猴具有明显的系统地理分布格局。地理隔离和人类活动可能是促使四川猕猴种群分化的主要因素。
- 徐怀亮李地艳程安春姚永芳倪庆永曾文毕风均杨泽霞陈孝跃
- 关键词：猕猴地理种群MTDNA控制区遗传分化
- 猕猴MHC-DPB1基因外显子2多态性研究被引量：7
- 2010年
- 猕猴(Macaca mulatta)是最理想的医学实验灵长类动物,且为国家二级保护动物。为了解中国猕猴主要组织相容复合体(Major histocompatibility complex,MHC)基因的遗传多态性背景,为它们在生物医学研究中的应用及其遗传资源的保护提供一定的科学依据,文章采用变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophore-sis,DGGE)和克隆测序技术分析了106个四川野生猕猴MHC-DPB1基因的exon2,共检测到21个Mamu-DPB1等位基因,其中有15个为本研究中首次发现的新等位基因;从整个大的猕猴群体(106个个体)来看,等位基因频率最高的是Mamu-DPB1*30(0.1120);单独从不同地理群体来看,最高等位基因频率分别为:小金-DPB1*30(0.1120),黑水-DPB1*04(0.1702),巴中-DPB1*32(0.1613),汉源-DPB1*30(0.1120),九龙-DPB1*04(0.1139);氨基酸序列比对发现,猕猴Mamu-DPB1等位基因编码的氨基酸序列中,有12个氨基酸残基变异位点表现出物种特异性,其中有9个位于新发现的15个Mamu-DPB1等位基因氨基酸序列中;不同物种来源的DPB1等位基因系统发生树表明,猕猴与其近缘物种食蟹猴(Macaca fascicularis)的DPB1等位基因间存在着跨种多态(Trans-species polymorphism)现象。研究还表明,MHC-DPB1等位基因在中国猕猴群体和先前为主要研究对象的印度猕猴群体间具有较大的差异。
- 徐怀亮汪宴廷程安春姚永芳倪庆永曾文毕风均杨泽霞陈孝跃
- 关键词：猕猴多态性
