国家高技术研究发展计划(2002AA234031)
- 作品数：3 被引量：50H指数：3
- 相关作者：汪旭升朱军金谷雷吴为人周鸿凯更多>>
- 相关机构：浙江大学福建农林大学华南农业大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划福建省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 水稻单穗重和千粒重的QTL定位被引量：11
- 2008年
- 用基于混合线性模型的统计方法对一套来源于亲本IR64/Azucena的加倍单倍体群体在两个生产季节的水稻单穗重和千粒重进行了分析,各检测到15个QTL分别控制这两个性状,其中有6个QTL同时与这两个性状有关。所有QTL分布在除第11、12染色体以外的其余10条染色体的相应标记区间内。在控制千粒重的QTL中,12个QTL有加性效应,6对QTL带有加加上位性效应,它们不受环境条件的影响。在控制单穗重的QTL中,7个QTL具有加性效应,但其中4个QTL的表达随环境而异;6对QTL具有加加上位性,但其中1对对环境敏感。qTGW2的加性效应对千粒重的贡献率超过10%;3个QTL(qGW1、qGW7和qGW8-1)在早季环境的加性效应对单穗重的贡献率亦都大于10%,但对环境敏感。
- 吴家胜周鸿凯陈国波刘桂富
- 关键词：单穗重千粒重数量性状座位上位性水稻
- 水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发被引量：13
- 2005年
- 用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上获得.
- 汪旭升吴为人吴为人朱军
- 关键词：RGA基因鉴定隐马尔柯夫模型亚种间共显性
- 水稻14-3-3蛋白家族的生物信息学分析被引量：26
- 2005年
- 通过隐马尔柯夫模型(HiddenMarkovModel,HMM),对粳稻(OryzasativaL.ssp.japonica)基因组的蛋白质数据库进行搜索,结果获得8个1433蛋白的同源序列,其中发现4个新基因。通过对所有粳稻的1433蛋白的DNA序列与各种表达序列标签(ExpressionSequenceTags,ESTs)进一步比对,为1433蛋白找到了ESTs的证据。结果说明这些基因在水稻不同的处理和不同的部位都有所表达,而且不同成员之间的表达模式存在较大的差异。蛋白质多序列联配分析结果表明,存在可能的功能多态位点。通过基因结构和染色体定位的分析,确认了水稻基因组中存在ε样和非ε样两类1433蛋白。此外,对目前植物中的1433家族作了初步的进化分析。
- 金谷雷汪旭升朱军
- 关键词：生物信息学分析隐马尔柯夫模型蛋白质数据库同源序列多态位点行搜索
