广东省生物芯片重点实验室基金(2004B60144)
- 作品数：10 被引量：14H指数：2
- 相关作者：马文丽郑文岭梁爽廖之君叶云更多>>
- 相关机构：南方医科大学广西科技大学华南基因组研究中心更多>>
- 发文基金：广东省生物芯片重点实验室基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 电离辐射影响人成纤维细胞基因表达谱的数据挖掘被引量：3
- 2008年
- 目的从基因表达谱水平探讨2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点的可能交互效应,掘其差异表达基因。方法应用GeneSifter在线软件和Panther生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus)数据库的12个样品GSM(数据包含2株成纤维细胞和每株细胞3个辐照时间点),运用混合设计二因子的Two-Way ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行聚类、主成分分析、模式分类、功能归类分析,最后用GenCLiP软件进行文献挖掘。结果获得41条交互效应的差异表达基因,主成分分析示每株细胞24h时间点的特征向量明显远离其他向量,差异基因表达可分为3种模式。基因功能归类分析提示,多个生物通路如有丝分裂、细胞周期、细胞结构、细胞凋亡等被显著激活,其中参与有丝分裂和细胞周期的差异表达基因由细胞骨架基因、微管运动基因、蛋白激酶基因等构成,细胞凋亡等效应获得文献支持。结论2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点有交互效应,存在基因差异表达,这些基因有可能成为鉴定成纤维细胞和辐照时间交互效应的生物标记。
- 廖之君马文丽梁爽陈霞左长清郑文岭
- 关键词：电离辐射人成纤维细胞基因表达谱数据挖掘
- 肝组织选择性转录因子调控网络的构建被引量：1
- 2008年
- 目的:构建肝脏组织选择性转录因子的调控网络。方法:按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性转录因子(liver-selective transcription factor,LSTF)基因进行研究。收集各基因上游的500个核苷酸启动子序列,再预测这些基因对应的转录因(transcription factors,TFs)以及转录因子结合位点(transcription factor binding sites,TFBS),并构建LSTF的转录调控网络(transcriptional regulatory network)。结果:获得4个LSTF基因,利用两款软件预测得到4个相同TFs,每个LSTF基因上游存在多个TFs的结合位点,根据3款蛋白质相互作用软件和相关文献作出的转录因子调控网络(包含LSTF、预测的TFs和与其密切相关的其它几个基因),显示各个基因受到复杂的调控,其中肝组织选择性转录因子ID2和PROX1处于网络的显著位置。结论:结合文献分析,ID2和PROX1参与调节肝细胞生长分化等过程,在LSTF的转录网络中可能发挥重要的调控功能。
- 廖之君马文丽梁爽郑文岭
- 关键词：转录因子转录因子结合位点转录调控网络
- 荧光交换标记法基因表达芯片的数据挖掘
- 2008年
- 目的探讨荧光染料交换标记设计的基因芯片数据挖掘方法,并对低剂量电离辐射影响人成纤维细胞基因表达谱数据进行分析。方法应用GeneSifter在线软件和Panther生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO数据库的8个样品GSM(包含4个时间点),选择正确的参数设置上载数据,运用ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行功能归类分析。结果获得203条差异表达基因,合并相同基因名后为176条基因。双向聚类和主成分分析发现,样品的24 h时间点基因表达谱与前3个时间点有显著差异,功能归类分析提示,多个生物通路如细胞周期、核酸代谢、DNA代谢等被显著激活。结论应用这种方法可以挖掘荧光交换标记的微阵列数据,低剂量电离辐射对人成纤维细胞基因表达有时间累积效应,可能引起DNA损伤、细胞周期阻滞等变化,诱导细胞凋亡。
- 廖之君马文丽梁爽刘华张海燕陈数珍郑文岭
- 关键词：荧光成纤维细胞电离芯片分析技术自动数据处理
- Let-7a在人宫颈癌HeLa细胞不同周期时相的表达被引量：1
- 2009年
- 目的探讨微小RNAlet-7a在HeLa细胞不同周期时相的差异表达。方法应用经典的双胸苷阻断法将HeLa细胞同步化于不同的周期时相,应用流式细胞术检测同步化的效率。应用实时荧光定量RT-PCR方法检测不同周期时相的HeLa细胞中let-7a的表达水平。结果HeLa细胞G1、S和G2/M期细胞同步化效率分别约为84.81%、83.65%和77.69%;let-7a在不同周期时相均有表达且存在差异,G1和S期表达水平较低,G2/M期表达水平较高。结论细胞周期对let-7a的表达有较大的影响,这为理解细胞周期调控的具体机制提供了新的线索。
- 周珏宇马文丽余海浪肖维威郑文岭
- 关键词：HELA细胞微小RNA细胞周期同步化
- 不同分化程度卵巢癌细胞中胚胎干细胞相关通路的基因集富集分析被引量：1
- 2010年
- 背景:近年来一些研究发现肿瘤细胞具有与干细胞类似的特征,因此,控制干细胞功能的某些基因调控网络,可能也在某些肿瘤中同样发挥作用。目的:观察不同分化程度卵巢癌的分子特征,获得与胚胎干细胞相关基因的表达情况。方法:从美国国立生物信息中心(NCBI)共享数据库GEO下载原始基因芯片文件,登录号为GSE2109,选取卵巢癌样本作为研究材料。去除临床指标缺失的样本,按照组织学分级将卵巢癌样本分为高分化和低分化两组。原始数据经dChip进行质量检验和标准化,获得基因表达的矩阵。收集胚胎干细胞相关的基因集、生物学过程和KEGG通路在不同分化的卵巢癌中的富集情况,用GSEA进行基因集富集分析。结果与结论:选取了13个与胚胎干细胞相关的基因集,低分化的卵巢癌细胞中有9个基因集上调,PRC2靶点相关的4个基因集下调,说明与胚胎干细胞相关的基因集大多在低分化的卵巢癌细胞中上调。并且在低分化卵巢癌细胞显著上调的都是与细胞周期、细胞分裂、DNA复制等与增殖相关的通路。基因表达谱分析表明低分化的卵巢癌与胚胎干细胞具有相似的分子特征,这可以为卵巢癌的早期诊断和治疗提供新的思路。
- 叶云王桂平杨晓勤尹曦梁爽郑文岭马文丽
- 关键词：表达谱胚胎干细胞分化卵巢癌
- 利用基因表达谱提取乳腺癌细胞分化相关特征基因被引量：1
- 2010年
- 目的利用基因芯片数据挖掘识别与乳腺癌组织学分级相关的特征基因,对乳腺癌的临床诊断和生物医学研究起到借鉴和参考作用。方法从公共基因芯片数据库GEO(gene expression omnibus)获得乳腺癌芯片表达数据,利用支持向量机提取获得不同组织学分级的肿瘤样本的特征基因,并对这些基因进行生物学功能分析。结果获得了64个特征基因,分类正确率达到100%,这些基因与癌症有较大的相关性,主要集中在转录调控、离子运输、器官发生发育等多个生物学途径中。结论通过对基因芯片数据的挖掘,可以从全局上了解肿瘤的表达情况,加深对乳腺癌细胞分化分子机制的认识。
- 叶云王桂平杨晓勤梁爽郑文岭马文丽
- 关键词：表达谱乳腺癌组织学分级特征基因
- 结直肠癌组织特异性治疗靶点的生物信息学筛选
- 2011年
- 目的 预测与筛选结直肠癌组织特异性基因,作为靶向治疗的候选靶点.方法 利用自主开发的Python语言程序分析人类正常组织与结直肠癌组织mRNA表达的组织特异性,结合人类胚胎干细胞富集基因集以及文献挖掘结果,筛选可能的与结直肠癌发生或发展相关的基因作为候选靶点,并对其进行通路分析及基因富集分析.结果 获得了结直肠癌组织特异的且与肿瘤生物学通路密切相关的4个基因,作为进一步研究的候选靶点.结论 应用生物信息学方法从芯片数据进行挖掘,可以为结直肠癌的靶向治疗提供候选靶点,并为后续的药物设计奠定基础.
- 尹曦叶云梁爽马文丽郑文岭
- 关键词：结直肠癌组织特异性治疗靶点生物信息学
- 肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建被引量：5
- 2008年
- 目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络。结果获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFs,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关。调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2R1B基因与网络中DUSP10基因部分功能相似。结论LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与JUN的调控。
- 廖之君马文丽梁爽孟伟商涛郑文岭
- 关键词：转录因子转录因子结合位点转录调控网络
- 电离辐射影响成纤维细胞基因调控网络的初步研究
- 2008年
- 目的探讨电离辐射影响人成纤维细胞基因表达的转录调控机制,并构建基因与相应转录因子的调控网络。方法先对前期研究已经获得的差异表达基因进行功能注释,选择结合功能类基因(数量最多)进入研究;再用MaxLAPS,TFME和SCOPE3种软件预测这些基因的转录因子和转录因子结合位点;利用Bibliosphere软件构建转录因子与基因的转录调控网络。结果获得25条GeneSymbols,基因本体功能注释集中于结合功能(共19条),2种程序预测得到14个相同的转录因子,得分最高的6个转录因子结合位点对应的转录因子与预测的基本一致,按照最高水平标准构建的转录调控网络,显示CASPASE-3位于网络的核心。结论电离辐射很可能经转录因子TP53介导CASPASE-3激活而致人成纤维细胞凋亡。
- 廖之君马文丽梁爽陈霞商涛董云巧郑文岭
- 关键词：电离辐射转录因子转录因子结合位点转录调控网络
- Velcade影响K562细胞基因表达谱的分子机制被引量：2
- 2008年
- 目的应用生物信息学方法探索Velcade影响K562细胞基因表达谱的分子机制。方法提取并扩增Velcade处理组和溶剂对照组的K562细胞RNA,与22K Agilent Human1A基因芯片杂交,用Agilent Feature Extraction软件采集扫描数据,再以GeneSifter,GATHER等基因芯片数据分析工具,对差异表达基因进行基因本体分类、KEGG通路分析、蛋白互作网络分析和文献挖掘。结果获得228个差异表达基因,其中上调84个,下调144个。下调糜酶1基因幅度最大,对数比值达10.80倍,干扰素α-21基因也下调2.31倍。本体分类显示,衰老过程、白细胞活动等过程显著增强;KEGG通路分析显示,JAK-STAT信号通路,自然杀伤细胞介导的细胞毒作用和抗原处理与提呈等通路受显著影响;蛋白互作网络揭示泛素依赖的蛋白质降解通路、抗原提呈和免疫反应、JAK-STAT信号通路等处于网络中重要位置;文献挖掘显示差异表达基因与白血病、细胞凋亡、细胞周期、蛋白酶体、抑制剂、衰老和IκB等关键词高度关联。结论Velcade可能通过抑制NF-κB和JAK-STAT等促进细胞存活的信号通路,增强细胞毒作用,诱导肿瘤细胞凋亡;Velcade还可能参与抗原加工与提呈、免疫反应、炎症反应等过程;糜酶1基因可能是Velcade发挥抗肿瘤作用的关键靶标。
- 廖之君马文丽孟伟梁爽孟凡义郑文岭
- 关键词：VELCADE基因表达数据挖掘
