上海市科学技术发展基金(024919005)
- 作品数：8 被引量：16H指数：2
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- 相关机构：上海市第一人民医院浙江省人民医院复旦大学更多>>
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- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 基因芯片与血清学方法用于120份供、受者HLA-A分型的比较被引量：1
- 2006年
- 目的比较基因芯片和血清学方法用于汉族的移植供、受者白细胞抗原Ⅰ类A抗原(HLA-A)分型的准确性和临床实用性。方法采集供、受者的外周血共120份,再将每份血样分为2部分,分别采用血清学和基因芯片方法检测HLA-A抗原分型,对两种方法分型结果不同的样本,采用序列特异引物聚合酶链反应技术(PCR-SSP)检验。通过比较分型结果和操作方法,评价两种方法的准确性和临床实用性。结果血清学分型总耗时3 h,基因芯片分型总耗时4．5-5 h,共有112份样本分型成功,其中两种方法结果一致的有91份,不一致的有21份。经验证,基因芯片分型错误2份,总误差率为2％;血清学分型错误19份,其中5份抗原误差,14份空白误差,总误差率为17％。结论基因芯片分型准确性明显优于血清学,随着芯片性能的不断完善,将来可能完全取代血清学方法,并具有广阔的应用前景。
- 肖家全康敏华方燕红李成涛丁言德谭建明
- 关键词：寡核苷酸序列分析
- HLA-DRB1基因芯片与PCR-SSP分型的比较被引量：8
- 2003年
- 目的 比较基因芯片和PCR SSP用于汉族南方人群HLA DRB1基因分型的结果 ,评价分型芯片的准确性。方法 77份待分型样本 ,分别用等位基因特异的PCR SSP和基因分型芯片对DRB1分型。芯片分型通过组间特异引物扩增基因组DNA ,扩增中用荧光标记。扩增标记后的产物与分型芯片的探针杂交 ,通过杂交产生的荧光信号确定样品的HLA DRB1基因亚型 ,比较两种方法分型所获得的结果 ,不吻合的样本全部经第三方验证或测序。结果 77份样本 ,两种方法分型全部成功。分型结果的吻合率为 93 %。不吻合样本 6份 ,其中SSP定型纯合子 4份 ,芯片分型全部为杂合子。经第三方验证 ,证实芯片对纯合子和杂合子的分型全部正确。另外 2份不吻合的样本经测序 ,证实SSP分型错误 1份 ,芯片分型错误 1份。芯片的重复率为 96%。结论 基因芯片是一种理想的分型方法 ,具有特异性高、重复性好、操作简便、所需样本量少。
- 肖家全谭建明李成涛李瑶沈瑾康敏华方燕红
- 关键词：HLA-DRB1基因芯片PCR-SSP器官移植排斥反应基因分型
- 应用基因芯片研究肾移植急性排斥发生时外周血免疫基因变化
- 2005年
- 目的借助基因芯片研究肾移植受者外周血淋巴细胞免疫相关基因在急性排斥反应中的作用。方法8例肾移植术后发生急性排斥反应患者,于手术和肾穿刺当日收集外周血作为对照血样和实验血样。用Ficoll技术分离外周血淋巴细胞,并采用一步法提取总RNA,逆转录合成cDNA探针,荧光染料标记后,采用免疫相关基因芯片进行芯片杂交,扫描后筛选出差异表达基因。结果急性排斥发生时外周血淋巴细胞免疫相关基因差异表达49条,其中上调25条,下调24条。结论从基因水平上,外周血淋巴细胞在肾移植急性排斥的免疫应答中涉及不同环节,免疫抑制剂在这些环节上对基因的表达存在不同程度的影响。
- 郭义峰谭建明
- 关键词：肾移植移植物排斥淋巴细胞
- 基因芯片快速HLA-DR52组分型被引量：4
- 2004年
- 目的 用基因芯片对HLA DR5 2组快速分型。方法 根据中国汉族人群常见的HLA DRB位点及其基因多态性的独特序列 ,设计特异性的寡核苷酸分型探针 ,制成寡核苷酸芯片。通过组间特异引物扩增基因组DNA ,扩增中用荧光标记 ,扩增标记后的产物与芯片的探针杂交 ,通过杂交产生的荧光信号确定样品的基因亚型。 83份样本分别用基因分型芯片和序列特异性引物聚合酶链反应技术 (PCR SSP)对HLA DR5 2组分型。结果 PCR SSP分型DR5 2组 5 7个位点中 ,经芯片分型有 2个无DR5 2组位点 ,3个PCR SSP分型为DR5 2组纯合子 ,芯片为DR5 2组杂合子 ,1个PCR SSP分型为非DR5 2组纯合子 ,芯片分型为含有 1个DR5 2组位点的杂合子。结论 基因芯片能对HLA DR5 2组快速、准确的分型 ,比PCR SSP能更多的检出DR5 2组位点 ,特别是能将纯合子进一步分型 ,适合临床应用。
- 肖家全谭建明李成涛康敏华方燕红余龙
- 关键词：基因芯片基因分型DNA扩增
- DNA芯片技术检测HLA-DR1,DR51组基因型
- 2003年
- 目的 采用DNA芯片技术对HLA DR1,DR5 1组基因分型。 方法 根据编码HLA DR1,DR5 1组抗原等位基因序列设计特异分型探针 ,制作DNA分型芯片。通过组间特异引物扩增基因组相应区段DNA ,扩增中用Cy5 dCTP荧光标记 ,扩增标记后的产物与芯片探针杂交 ,通过杂交产生的荧光信号及分布格局确定样品基因亚型。分型结果用标准DNA和PCR SSO验证。 结果 130份样本共检出HLA DR1,DR5 1组位点 34个 ,包括 18个DR15 ,8个DR16 ,6个DR10 ,2个DR1,无假阳性或假阴性 ,准确率和重复率均达 10 0 %。检测总耗时约 3.5h。 结论 DNA芯片用于HLA DR1、DR5 1组基因分型具有高分辨度、高特异性和简单快速的优点 ,适于器官移植临床应用。
- 肖家全李成涛谭建明康敏华李瑶丁言德沈瑾
- 关键词：DNA芯片技术人白细胞抗原
- 人类白细胞抗原-A基因芯片分型研究被引量：1
- 2006年
- 目的探索人类白细胞抗原-A(HLA-A)基因芯片分型,为器官移植临床配型服务。方法根据中国汉族南方人常见的HLA-A位点基因及其多态性的独特序列,设计并合成48条特异性的寡核苷酸分型探针,将其点在玻片上,制成芯片。基因组DNA通过组间特异性引物扩增,并用荧光素Cy5标记。标记后的产物与结合在芯片上的探针进行杂交,通过荧光扫描仪获得杂交产生的荧光信号值,再经过计算机软件自动分析,确定样品的HLA-A基因亚型。用该方法对120份样本进行HLA-A基因分型。结果120份待检样本,其中6份因PCR无产物,不能分型。1份信号杂乱,不能分型。其余113份样本分型成功。实际检出A抗原特异性结果为A2(含A203):56;A11(含A1101):52; A24:33;A1:8;A30(含A3001):7;A33:21;A26:1;A29:2;A31:3;A68:2;A3:9;A32:1。未检出A*3002基因型。整个检测耗时约4．5 h。芯片检测的重复率为100％。结论HLA-A基因芯片是一种理想的分型方法,具有特异性高、重复性好、操作简便、所需样本量少、结果判读容易、一次可作多份样本的优点,适合临床器官移植配型应用。
- 肖家全李成涛康敏华方燕红沈瑾谭建明
- 关键词：人类白细胞抗原基因芯片基因分型
- 寡核苷酸DNA微阵列用于人类白细胞抗原-DR53组基因分型的研究被引量：1
- 2003年
- 目的 建立用于人类白细胞抗原 (HLA) DR5 3组基因分型的寡核苷酸DNA微阵列。方法 根据中国汉族人群HLA DRB等位基因的频率设计特异性的分型探针 ,制作寡核苷酸DNA微阵列。通过组间特异引物扩增基因组DR5 3相应区段的DNA ,扩增中用Cy5 dCTP荧光标记 ,扩增标记后的产物与芯片的探针杂交 ,通过杂交产生的荧光信号及分布格局确定样品的基因亚型。分型结果用标准DNA和序列特异寡核苷酸探针杂交验证。 结果 经寡核苷酸DNA微阵列分型 ,111份样本中共检出DR5 3组位点 72个 ,其中DR934个 ,DR42 5个 ,DR713个 ,无一例假阳性或假阴性 ,重复率和准确率均达到 10 0 %。检测总耗时约 5h。 结论 寡核苷酸DNA微阵列用于HLA DR5 3组基因分型具有高分辨率、高特异性和简单快速的特点 ,适合于临床应用。
- 肖家全李成涛谭建明康敏华李瑶
- 关键词：基因分型等位基因人类白细胞抗原
- 应用基因芯片研究肾移植急性排斥中外周血淋巴细胞免疫相关基因变化被引量：1
- 2006年
- 目的:借助基因芯片研究肾移植受者外周血淋巴细胞在急性排斥的免疫应答中的作用。方法:8例肾移植术后发生急性排斥反应患者,于手术和肾穿刺当日收集外周血作为对照血样和实验血样。用Ficoll技术提取外周血淋巴细胞,并采用一步法提取总RNA,逆转录合成cDNA探针,荧光染料标记后,采用免疫相关基因芯片进行芯片杂交,扫描后筛选出差异表达基因。结果:急性排斥发生时外周血淋巴细胞免疫相关基因差异表达49条,其中上调25条,下调24条。结论:从基因水平上,外周血淋巴细胞在肾移植急性排斥的免疫应答中涉及不同环节,免疫抑制剂在这些环节上对基因的表达存在不同程度的影响。
- 郭义峰谭建明
- 关键词：肾移植移植物排斥淋巴细胞细胞免疫
