国家高技术研究发展计划(2002AA234021)
- 作品数：25 被引量：150H指数：6
- 相关作者：王翼飞史定华张成岗杭兴宜王连水更多>>
- 相关机构：上海大学军事医学科学院中国科学院上海生命科学研究院更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生理学更多>>
- 生物信息领域软件体系结构的研究与应用被引量：1
- 2006年
- 生物信息领域软件体系结构是生物信息领域应用软件系统中构件及构件关系的描述。依照域工程的方法过程,分析了生物信息应用领域,给出了领域概念模型。随后以领域概念模型为基础分别提出了独立系统和开放分布式系统的生物信息领域软件体系结构参考模型,最后简要介绍了应用实例,并提出了一些领域内有待研究的问题。
- 蔡传政张家军王翼飞
- 关键词：生物信息学特定领域软件体系结构域模型体系结构描述语言
- 网络——探索复杂性的新途径被引量：38
- 2005年
- 简单系统由于非线性关系可以呈现复杂行为,而复杂系统可以遵循简单规则自组形成.近年来,作为探索复杂系统结构和功能的复杂网络引起了国际科学界的高度重视,已成为数理科学、生命科学、社会科学、技术科学和管理科学的研究热点之一.论文首先介绍了在复杂网络研究方面已经取得的某些进展,从典型模型,重要概念,网络分类一直到网络结构涌现,其中也包括了作者所做的工作;然后对某些值得注意的问题做了简短的评述.
- 史定华
- 关键词：复杂网络
- ANN-CE:一种预测DNA结合位点的改进神经网络方法被引量：1
- 2005年
- 基于误差平方和最小原则的神经网络方法并不适于解决DNA结合位点的预测问题,提出了一种改进的神经网络方法(ANN CE)被用于对DNA结合位点进行预测.这是一个以交叉熵函数为目标函数的三层反向传播神经网络.计算结果表明,与基于误差平方和最小原则的同规模BP网络相比,其对DNA结合位点预测的敏感性Sn(sensitivity)和特异性Sp(specificity)可分别提高11.40%和11.91%.
- 徐东王翼飞
- 关键词：神经网络方法结合位点反向传播神经网络BP网络熵函数点预测
- 从复杂网络视角看文化信仰及商人与代理关系被引量：3
- 2007年
- 用数值模拟方法,探讨了WS小世界网络和BA无标度网络这两种类型网络上商人与代理的关系。在WS规则生成的小世界网络中,结合文化信仰,观察了商人网络的节点平均度、执行欺诈策略的代理所占的比例和商人付给代理的工资这3个参数的变化对所有欺诈代理的平均收益和所有诚实代理的平均收益的影响。在BA规则生成的无标度网络中,则发现了顶点度与欺诈代理收益之间的关系。
- 汤玮亮杨建梅庄东李敏
- 关键词：代理关系商人文化无标度网络小世界网络
- 小鼠不同发育阶段脑蛋白质组学初步研究被引量：3
- 2006年
- 目的:本研究为国际脑蛋白质组计划(HUPO BPP)的预实验部分,旨在获得可靠的小鼠脑蛋白质组数据库,比较和评估小鼠不同发育阶段的脑蛋白质组,为下一步进行神经系统疾病的蛋白质组学研究奠定基础。方法:样品来源于国际脑蛋白质组委员会所提供的胚胎16 d、出生后7 d及生后60 d等3个发育时期的C57/B l6雌性小鼠脑组织。常规方法提取组织总蛋白,采用固相pH梯度的二维电泳分离和串联质谱分析等进行鉴定,使用M ascot软件搜索Un iProt数据库,鉴定蛋白种类。结果:获得3个不同发育时期小鼠脑组织蛋白质表达谱,完成国际脑蛋白质组计划的预实验所要求的质量控制,鉴定出各发育阶段均有稳定表达的4个蛋白点,包括α烯醇酶、磷蛋白质P19及2个肌动蛋白。经进一步评估后鉴定出随年龄增大而丰度减低的C14orf166同源蛋白、28×103热/酸稳定的磷蛋白、3-巯基丙酮酸硫基转移酶、40S核糖体蛋白S3 a等4个蛋白。其中α烯醇酶及C14orf166同源蛋白曾有文献报道与神经发育及组织发生密切相关。结论:蛋白质组学的方法为脑发育研究提供了有参考价值的数据,其差异蛋白的发现可促进对神经发育机制的了解,并将为后续启动神经系统疾病蛋白质组学研究提供参考。
- 王静王利红高艳杭兴宜王航雁张成岗
- 关键词：蛋白质组双向电泳神经发育小鼠
- 序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用被引量：3
- 2005年
- 随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。
- 杭兴宜赵东升张成岗
- 关键词：数据分析转录功能基因组学全基因组基因功能
- 应用改进的共鸣识别模型预测蛋白质相互作用被引量：4
- 2006年
- 蛋白质是所有生命活动的载体,它们之间的相互作用在生命活动中起着至关重要的作用.该文介绍了原有的用于预测蛋白质相互作用的共鸣识别模型,并对该模型运用小波变换进行改进,提出了改进后的共鸣识别模型.该模型的最大特点在于直接通过蛋白质的一级结构预测蛋白质之间的相互作用,改进后的模型较原模型更加适合于蛋白质相互作用的预测.运用改进的共鸣识别模型进行了数值试验,取得了较好的预测效果.
- 刘翔王翼飞
- 关键词：蛋白质相互作用离散小波变换
- 一种新的预测蛋白质二级结构的模型—贝叶斯神经网络被引量：2
- 2006年
- 提出了一种新的基于贝叶斯神经网络(BNN)的蛋白质二级结构预测方法。计算结果表明,BNN的性能优于反向神经网络(BPNN),平均Q3精度在四组交叉证实数据集与测试数据集下分别提高了3.65%和4.01%;还提出了一种有效缩短马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)模拟过程中“burn in”阶段的交叉证实初值选取方法。
- 邵建林徐东王兰州王翼飞
- 关键词：计量学蛋白质二级结构贝叶斯神经网络
- 血脑屏障的基因组学和蛋白质组学研究进展被引量：6
- 2006年
- 血脑屏障是分隔外周血和大脑的屏障,选择性地允许或阻止物质在两者间的通透。近年来陆续有研究指出,血脑屏障存在大量转运体参与重要生理物质选择性进入大脑,并且将代谢产物转运入血以维持脑内环境稳定。血脑屏障功能失调与很多脑疾病密切相关。基因组学与蛋白质组学等研究方法的介入可高通量、大规模地研究血脑屏障中的转运体,极大地加快了人们对血脑屏障在疾病发生发展中的作用以及临床治疗研究中的认识。
- 顾勇张成岗
- 关键词：血脑屏障基因组学蛋白质组学脑疾病
- 基于蒙特卡罗方法的蛋白质折叠计算
- 2003年
- 在一系列解决蛋白质折叠问题的计算方法中,蒙特卡罗方法渐渐引起了人们的兴趣。本文主要介绍新蒙特卡罗方法在采样和构型更新两个方面的改进,可以看出这些改进的方法对于寻求自由能全局最小状态进而模拟蛋白质折叠较为有效。
- 方茜王翼飞朱正佑
- 关键词：蛋白质折叠结构蒙特卡罗方法
