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广东省科技计划工业攻关项目(2009A030301004): 作品数：26 被引量：74H指数：4; 相关作者：饶绍奇梁岩林美华赵翔赵小蕾更多>>; 相关机构：广东医学院茂名市人民医院中山大学更多>>; 发文基金：广东省科技计划工业攻关项目国家自然科学基金广东省自然科学基金更多>>; 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>

基于知识融合策略构建双相障碍致病基因网络: 2013年; 【目的】提出基于知识融合策略构建基因网络方法 ,并应用于双相障碍相关的致病基因网络分析。【方法】将Wellcome Trust Case Control Consortium(WTCCC)提供的双相障碍全基因组单核苷酸多态(SNP)数据与人类蛋白质-蛋白质互作数据库对应的基因做交集。通过单体型全模型logistic回归模型检验获得经多重检验校正统计学显著的基因互作对子,并由此构建致病基因网络以及挖掘连通度显著高于理论分布的核心致病基因。【结果】采用知识融合的方法,将数据维度从482 248个SNP位点降至98 157。经统计模型检验获得3 841个互作基因用于构建双相障碍致病基因网络,并挖掘出115个核心致病基因。其中,在连通度高于30的29个核心基因中,有12个重复了以前的报道(PRKCA,EGFR,ESR1,ATXN1,FYN,CREBBP,TP53,AKT1,CSNK2A1,DLG1,PTN和LYN),另外17个未被报道过的基因从其生物功能以及致病分子机制上看,可能是新的双相障碍易感基因(SMAD3,SRC,GRB2,PIK3R1,ZBTB16,ABL1,APP,EP300,TGFBR1,SYK,YWHAZ,INSR,MAPK1,PRKCB,PRKCD,SMAD2和SVIL)。【结论】本文提出的基于蛋白质-蛋白质互作知识引导的基因网络构建方法是一种可靠的系统性分析方法,有助于全面地了解复杂疾病的分子网络机制和确立核心风险基因。; 刘轲赵虎刘燕饶绍奇; 关键词：双相障碍知识学习基因网络

基于知识学习的冠心病风险功能模块挖掘方法研究: 2013年; 目的发展基于先验知识策略挖掘冠心病风险功能模块的网络分析方法。方法通过蛋白－蛋白互作知识引导扩展冠心病风险基因，构建冠心病特异性基因网络。应用Newman谱算法分解网络获取其中的高度模块化的网络模块（子网），并对各模块进行网络拓扑性质评价和功能富集分析。结果应用266个冠心病易感基因作为种子基因，由蛋白－蛋白互作知识引导构建了冠心病特异性网络，其中包含1819个基因和9767个互作对。应用谱分解法提取了14个模块，其中多数符合无标度网络特性。功能富集分析发现这些模块参与系列已知的冠心病风险生物学通路以及一些新的冠心病风险通路。结论应用表明本文提出的知识学习方法是一种识别复杂疾病风险功能模块的有效方法。; 李豪丽左晓宇欧阳平林美华赵忠梁岩钟寿强饶绍奇; 关键词：数据挖掘冠心病

脂肪细胞因子基因多态性与T2DM关联性Meta分析被引量：5: 2013年; 目的应用Meta分析对脂肪细胞因子中的肿瘤坏死因子α、瘦素受体和脂联素基因多态性与2型糖尿病（T2DM）关联性进行综合评价。方法应用哈代-温伯格平衡对入选文献的基因型进行遗传平衡性检验,根据异质性检验结果选用固定或随机效应模型,采用Begg＇s和Egger＇s法对发表偏倚进行量化检测,应用RevMan 5.1软件进行Meta分析。结果共50篇文献符合条件纳入研究,纳入文献无明显发表偏倚;瘦素受体 SNP-668A〉G与T2DM的关联性差异无统计学意义;而肿瘤坏死因子α SNP-308G〉A A对G等位基因的OR（95%CI）=1.38（1.11-1.71）,GA＋AA对GG基因型的OR（95%CI）=1.26（1.05-1.51）,差异均有统计学意义（P〈0.05）;脂联素SNP＋45T〉G G对T等位基因的OR（95%CI）=1.17（1.03-1.33）,GG＋TG对TT基因型的OR（95%CI）=1.16（1.01-1.34）,差异均有统计学意义（P〈0.05）。结论瘦素受体SNP-668A〉G基因多态性与T2DM无明显关联,而肿瘤坏死因子α SNP-308G〉A和脂联素SNP＋45T〉G可能是T2DM的危险因素。; 刘正辉孔丹莉修良昌饶绍奇丁元林; 关键词：脂肪细胞因子多态性 META分析

冠脉慢性完全闭塞病变临床治疗的研究进展: 2018年; 冠状动脉慢性完全闭塞病变(CTO)在冠心病中较为常见,近年来,CTO的研究已成为热点之一,尤以研究其治疗方法为多。成功的治疗可以改善心室功能,缓解患者的临床症状,提高患者的生活质量,改善预后。随着患者对CTO的重视,医生治疗理念的发展及治疗技术的进步,冠状动脉慢性完全闭塞病变的治疗取得了明显的进展。; 石英明田镭钢饶绍奇梁岩; 关键词：冠状动脉粥样硬化性心脏病慢性完全闭塞

广东汉族人群GLUT4基因多态性与冠心病关系被引量：2: 2016年; 目的探讨中国广东汉族人群葡萄糖转运蛋白-4（GLUT4）基因多态性与冠心病易感性之间的关系。方法采用多重单核苷酸多态性（SNP）分型试剂盒，对筛选的2个tagSNP位点（rs16956647、rs5435）在1044例冠心病患者和1349例非冠心病患者为对照进行基因分型；采用遗传分析软件Plink和统计分析软件SPSS17．0分析SNP位点与冠心病的关联性。结果SNPrs5435未满足Hardy—Weinberg平衡条件，予以剔除。校正性别、年龄、高血压、糖尿病、吸烟史、总胆固醇、甘油三酯、心率和体质指数后，rs16956647基因型与冠心病存在明显关联[加性模型：P=0．016，OR=0．80（95％C／=0．67～0．96）；显性模型：P=0．002，OR=0．71（95％C／=0．57—0．89）]。进一步按是否患糖尿病分层后进行基因型关联分析，结果显示仅在糖尿病组rs16956647位点与冠心病呈显著关联[加性模型：P=0．048，OR=0．82（95％C／=0．67—0．99）；显性模型：P=0．007，OR=0．72（95％C／=0．56—0．91）]。结论在中国广东汉族人群中，GLUT4基因多态性与冠心病易感性之间的关联可能与患者胰岛素抵抗有关。; 赵翔金律陈业达林美华覃继恒张乃尊梁岩饶绍奇; 关键词：基因多态性冠心病

乙酰辅酶A羧化酶基因多态性与冠心病关系: 2015年; 目的探讨乙酰辅酶A羧化酶基因多态性与中国广东汉族人群冠心病的关联性。方法采用SNPscanTM多重SNP分型试剂盒，对筛选的一个tagSNP（rs2268388）在1044例冠心病患者和1349名健康对照中进行基因分型，并应用卡方检验、logistic回归模型等方法分析SNP位点与冠心病的关联性。结果校正性别、年龄、高血压、糖尿病、吸烟史、总胆固醇和体质指数后，rs2268388在等位基因关联分析和基因型关联分析中均无统计学意义（P=0．508，OR=0．956，95％CI=0．835～1．093）；进一步按性别、是否患高血压、是否患糖尿病分层后进行基因型关联分析显示在糖尿病组rs2268388与冠心病显著关联（P=n019，OR=7．856，95％CI=1．406—43．89）。结论在中国广东汉族人群中，乙酰辅酶A羧化酶基因rs2268388多态性可能与冠心病合并糖尿病有关。; 陈业达张高华梁岩林美华张乃尊金律饶绍奇; 关键词：基因多态性冠心病

基于分治法的海量生物数据处理的研究与应用被引量：1: 2014年; 海量生物数据的不断涌现,在数据处理方面所面临的诸多问题亟待解决,例如在算法设计上会存在内存读写溢出和算法效率低下等问题;本文提出了一种基于分治法进行海量生物数据处理的方法。首先对计算机可用的内存资源进行评估,并对处理数据过程中产生的内存读写开销进行计算,进而与面向对象设计相结合,基于分治法对存储于mysql中的WTCCC数据库数据进行分块,最终将数据处理成可以被Plink软件识别的标准数据。; 覃继恒赵小蕾左晓宇林美华栾奕昭饶绍奇; 关键词：生物数据分治法面向对象设计数据库数据内存资源

基于双聚类挖掘癌症共享的基因功能模块: 2013年; 基因多效性是癌症遗传机制中的普遍现象,但罕见系统性的分析。文章提出采用双聚类挖掘基因功能模块的新思路探索癌症的共享分子机制和不同癌症间的关系。获取20种癌症的基因表达数据,应用改良t检验和倍数法筛选出至少在两种癌症中差异表达的基因,得到10417×20的数据矩阵;采用双聚类方法获得22个癌症共享的基因簇;进一步富集分析得到17个基因功能模块(Bonferroni校正后P<0.05),主要参与有丝分裂染色单体分离的调控、细胞分化、免疫和炎症反应、胶原纤维组织等生物过程;主要执行ATP结合和微管活动、MHCⅡ类受体活性、肽链内切酶抑制活性等分子功能;活动区域主要在细胞骨架、染色体、MHCⅡ蛋白质复合体、中间丝蛋白、胶原纤维等。基于模块构建癌症相关网络,显示胃癌、卵巢腺癌、宫颈鳞癌和间皮瘤等之间相关程度较高,而两种血液系统癌症(急性髓细胞性白血病与多发性骨髓瘤)分子机制与其他癌症存在较大差异。可见癌症共享的基因功能模块与多种生物机制有关,癌症之间相似性可能与组织起源、共同的致癌机制等有关。文章提出的基因多效性分析方法有助于解释人类复杂性疾病的共享分子机制。; 张凡林爱华林美华丁元林饶绍奇; 关键词：癌症

一个中国G6PD缺乏症家系致病基因的突变分析被引量：2: 2015年; 目的对一个葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症家系成员G6PD基因13个外显子全面测序,识别致病的突变位点及其遗传模式。方法在G6PD缺乏症高发区广东惠州地区收集到一个G6PD缺乏症核心家系,包括先证者(儿子)、患病母亲和正常父亲。取家系成员的外周血样,并提取基因组DNA,用PCR和DNA测序法对G6PD基因全部外显子进行序列分析。结果先证者及其母亲在G6PD基因第2号外显子出现同一点突变(c.95A>G,p.His32Arg),该突变引起组氨酸被精氨酸替换(CAC>CGC)。然而先证者父亲在G6PD基因的13个外显子均未出现突变。3种生物信息学软件均预测该突变对蛋白质功能具有较强的危害性。结论该家系中c.95A>G呈X连锁显性遗传,是G6PD缺乏症的致病突变位点之一。; 林美华陈业达欧阳平赵翔谭艺青赵小蕾覃继恒饶绍奇; 关键词：葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因突变

外周血白细胞水平与原发性高血压病关系的Meta分析被引量：1: 2016年; 目的综合评价外周血白细胞水平与高血压病关系。方法计算机检索CNKI、维普、万方、Pub Med、Embase数据库,检索时限从建库至2015年10月,纳入关于白细胞水平与高血压病关系的观察性研究,采用Stata 12.0软件进行Meta分析。结果共收集到符合要求的文献7篇,包括2 973例研究对象（病例组1 520例,对照组1 453例）。Meta分析结果显示高血压患者白细胞水平明显高于对照组（WMD=0.67,95%CI 0.50-0.85,P=0.00）。结论外周血白细胞水平是高血压重要风险因素。; 田镭钢饶绍奇梁岩; 关键词：白细胞高血压病 META分析

广东省科技计划工业攻关项目(2009A030301004)

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