国家教育部博士点基金(20100091120026)
- 作品数：2 被引量：12H指数：1
- 相关作者：韦凤张辰宇唐林管晓翔陈龙邦更多>>
- 相关机构：南京大学南京军区南京总医院更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金江苏省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析被引量：12
- 2012年
- 目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究miR-144/451基因簇的上游转录因子及下游靶基因间的多个反馈和前反馈环路,对参与miR-144/451基因簇调控环路的基因进行功能聚类分析,绘制miR-144/451基因簇的核心调控网络图。结果 miR-144/451基因簇与其上游转录因子GATA1有17个共调控的靶基因,与生物体蛋白磷酸化、性腺发育、上皮细胞分化、葡萄糖代谢等生化学过程密切相关,并参与胰岛素信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、Toll样受体信号通路、ErbB信号通路及黄体酮调节卵细胞成熟等体内重要生理过程。结论对miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析有助于理解其在细胞发育、细胞周期调控和肿瘤发生过程中的作用机制,为后续实验提供了理论依据。
- 聂伟伟唐林韦凤陈龙邦张辰宇朱琳李冬海管晓翔
- 关键词：微小RNA生物信息学反馈环路基因功能
- sRNA(istR)在肠炎沙门氏菌抗活性氮氧中的作用分析
- 2011年
- sRNA(Small non-coding RNA,sRNA)为新近发现的基因表达调控分子,转录后水平调控靶基因表达,在细菌毒力、应激及对外界环境感应方面起调控作用。沙门氏菌是一种重要的人畜共患病病原菌,可引起人类食物中毒、败血症及伤寒等。以肠炎型沙门氏菌为模型,研究sRNA(istR)在肠炎沙门氏菌抗活性氮氧中的作用,为沙门氏菌的防治提供新方向。参考已报道的沙门氏菌全基因组及istR序列,设计引物,PCR扩增istR突变用基因片段,运用Red同源重组系统对肠炎沙门氏菌(SE2472)的istR基因进行定点敲除,构建敲除菌株(SE2472△istR),比较野生株和敲除株对活性氮氧的敏感性;构建回复表达质粒pHDB3-istR,将其转入istR敲除株构建回复株SE2472△istR-comp,以回复表达istR,分析istR表达对沙门氏菌istR敲除株抵抗活性氮氧的回复作用。活性氮抑菌结果表明,SE2472在pH 5.0、NaNO2浓度为20 mmol/L的LB液体培养基中培养3 h,存活率为20.40%;培养6 h,存活率降至0.05%。同等培养条件下,SE2472△istR的存活率分别为0.70%和0,SE2472△istR-comp生长情况与SE2472类似,存活率分别为21.40%和0.08%。同时用H2O2分析istR在沙门氏菌抗活性氧中的作用,活性氧抑菌结果表明,SE2472和SE2472△istR两者对H2O2的抑菌作用无明显差异。综合上述结果,推测istR在沙门氏菌抗活性氮中起着调控作用,在抗活性氧作用中没有调控作用。
- 曹学松蒋惠源曹鸣辉顾宏伟曾科
- 关键词：沙门氏菌SRNA基因敲除活性氧活性氮
