国家科技基础条件平台建设计划(2005DKA30470-005)
- 作品数：4 被引量：48H指数：4
- 相关作者：孙效文王蕾张立冬谭照君万玉美更多>>
- 相关机构：中国水产科学研究院黑龙江水产研究所大连水产学院大连海洋大学更多>>
- 发文基金：国家科技基础条件平台建设计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 黑斑狗鱼部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选(英文)被引量：9
- 2008年
- 采用磁珠富集与放射性杂交相结合的方法开发黑斑狗鱼(Esoxreieherti Dybowski)基因组微卫星资源。基因组DNA经Sau3AⅠ限制性内切酶消化后,选取400―900bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CA)12、(GA)12探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P标记的放射性同位素探针进行第二次杂交。结果,共获得微卫星基因组文库1600个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为90.91%;杂交后得到的阳性克隆为1300个,占87.25%。从中挑出196个进行测序,192(97.96%)个含有微卫星序列。在得到的微卫星序列中,重复单元除CA/GT、GA/CT外,还观察到单碱基、四碱基、五碱基重复单元。根据侧翼序列应用引物设计软件PrimerPremier5.0设计引物70对,选择合成32对,通过优化PCR反应条件,结果有28对引物可扩增出清晰可重复的目的条带。本研究旨在对黑斑狗鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为黑斑狗鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等奠定基础。
- 王洪哲殷倩茜冯志纲李大宇孙效文李婵
- 关键词：黑斑狗鱼微卫星磁珠富集
- 牙鲆基因组(CAG)_n微卫星DNA特征分析被引量：6
- 2009年
- 通过磁珠富集法筛选牙鲆(Paralichthys olivaceus)的微卫星分子标记,采用限制性内切酶Sau3A I对牙鲆完整基因组DNA进行酶切;通过蔗糖溶液梯度离心,收集400～900bp大小的片段,连接Brown接头,构建牙鲆基因组文库。用生物素标记的微卫星探针(CAG)15对基因组文库进行杂交,利用磁珠富集含有微卫星的DNA单链序列,并对其进行PCR扩增;将扩增产物连接到pMD18-T载体后转入感受态大肠杆菌DH5α中,得到微卫星序列文库。利用大量质粒检测法进行二次筛选,成功地从牙鲆基因组中分离出含有CAG重复的微卫星序列,测序其中的3000个单菌落,获得2805个(占93.5%)含有微卫星序列的克隆,其中含有微卫星座位3120个,完美型1808个,占57.97%;非完美型226个,占7.25%;混合型1085个,占34.78%。从中选出186个微卫星序列设计120对引物并合成,经过筛选,74对引物可扩增清晰条带,其中68对呈多态性。
- 王蕾刘继红张立冬孙效文
- 关键词：牙鲆微卫星磁珠富集
- 牙鲆微卫星标记的筛选及群体遗传结构分析被引量：21
- 2010年
- 采用生物素-磁珠吸附微卫星与质粒二次检测相结合的方法克隆牙鲆微卫星,并利用所得到的引物分析野生群体遗传结构。共获得2805个阳性克隆,测序得到3120个含微卫星的序列。其中完美型、非完美型和混合型分别占57.97%、7.25%和34.78%。用Primer3.0软件设计牙鲆微卫星引物,从中筛选出具稳定多态性的30对,分析中国黄海、渤海海域4个不同海区牙鲆野生群体(大连、北戴河、丹东、青岛)遗传结构。结果显示:有效等位基因数为3.93～9.94,平均为6.95;观测杂合度为0.532～0.895,平均为0.753;期望杂合度为0.635～0.902,平均为0.820;Hardy-Weinberg平衡指数(d)的变化范围为-0.247～0.512,其中7个位点表现为杂合子过剩(d>0),其余位点表现为杂合子缺失(d<0)。聚类分析显示:4个群体聚为两类,大连与丹东聚为一类,北戴河与青岛聚为一类。
- 王蕾张立冬万玉美谭照君孙效文
- 关键词：牙鲆微卫星
- 中华绒螯蟹部分基因组文库构建和微卫星位点的筛选被引量：15
- 2009年
- 利用磁珠富集和放射性杂交相结合构建了中华绒螯蟹基因组微卫星文库。并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P同位素标记的(GA)12探针进行第二次筛选。结果共获得微卫星基因组文库1 500个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为62.5(;杂交后得到的阳性克隆为447个,占29.8(。经测序,有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列。在得到的微卫星序列中,重复单元除GA/CT外,还观察到三碱基、四碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物164对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有21对引物可扩增出清晰可重复的目的条带,15对具有多态性。本研究对中华绒螯蟹基因组资源的开发利用提供了相关资料。
- 毛瑞鑫鲁翠云刘福军赵莹莹谷晶晶常玉梅梁利群孙效文
- 关键词：中华绒螯蟹微卫星磁珠富集
