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广西壮族自治区自然科学基金(2013GXNSFBA019170)

作品数:4 被引量:34H指数:3
相关作者:韦荣昌潘丽梅莫长明唐其马小军更多>>
相关机构:广西药用植物园中国医学科学院北京协和医学院湖南农业大学更多>>
发文基金:国家自然科学基金广西壮族自治区自然科学基金国家科技支撑计划更多>>
相关领域:医药卫生生物学农业科学更多>>

文献类型

  • 4篇中文期刊文章

领域

  • 2篇医药卫生
  • 1篇生物学
  • 1篇农业科学

主题

  • 2篇三倍体
  • 2篇二倍体
  • 2篇倍体
  • 1篇雄株
  • 1篇生物信息
  • 1篇生物信息学
  • 1篇鸟枪法
  • 1篇全基因组
  • 1篇基因
  • 1篇基因组
  • 1篇基因组测序
  • 1篇分子标记
  • 1篇RAPD分子...
  • 1篇SGD
  • 1篇DIPLOI...
  • 1篇GC含量
  • 1篇ISSR
  • 1篇ISSR分析
  • 1篇雌株
  • 1篇SURVEY

机构

  • 3篇中国医学科学...
  • 3篇广西药用植物...
  • 2篇湖南农业大学

作者

  • 3篇韦荣昌
  • 2篇赵欢
  • 2篇白隆华
  • 2篇马小军
  • 2篇唐其
  • 2篇莫长明
  • 2篇潘丽梅
  • 1篇密克

传媒

  • 1篇药学学报
  • 1篇广西植物
  • 1篇中草药
  • 1篇Agricu...

年份

  • 3篇2015
  • 1篇2014
4 条 记 录,以下是 1-4
排序方式:
Analysis on Genetic Background of Female Triploid and Male Diploid Individuals of Siraitia grosvenorii by Using RAPD Molecular Markers
2015年
In order to provide molecular biological basis for breeding of excellent seedless varieties of Siraitia grosvenorii,the genetic background of 28 female triploid and male diploid individuals of S. grosvenorii was analyzed by using RAPD molecular markers. The results showed that female triploid and male diploid individuals of S. grosvenorii had abundant genetic background,with great genetic similarity coefficients and close genetic distance. Overall,the genetic background of female triploid and male diploid individuals of S. grosvenorii exhibited relatively low complexity. Therefore,it is necessary to take corresponding measures for germplasm innovation to enrich the genetic background of seedless parents of S. grosvenorii.
Rongchang WEILonghua BAI
关键词:RAPD分子标记二倍体三倍体
罗汉果三倍体雌株与二倍体雄株遗传背景的ISSR分析被引量:8
2015年
目的探索罗汉果Siraitia grosvenorii三倍体雌株与二倍体雄株的遗传背景,为无籽罗汉果优良品种的选育提供分子生物学依据。方法利用ISSR分子标记对28份罗汉果种质进行遗传背景分析,用AFLP-SURV计算材料间遗传距离;用TSYS-pc和Gen AIEx分别进行聚类和主坐标分析。结果从100条ISSR引物中筛选出13条用于扩增,共获得131条清晰可辨条带,其中多态性条带99条,多态性位点百分率为75.57%。聚类和主坐标分析表明罗汉果三倍体雌株和二倍体雄株的遗传背景存在一定的丰富性,但大多遗传相似性系数较大,遗传距离较近。结论罗汉果三倍体雌株和二倍体雄株遗传背景的复杂性较低,应该尽快采取相应措施,进行种质创新,丰富无籽罗汉果亲本的遗传背景。
韦荣昌白隆华
关键词:二倍体三倍体ISSR
罗汉果果实RNA的提取及SgDHAR基因的克隆与表达被引量:9
2014年
针对罗汉果果实富含酚类、多糖、油脂和蛋白质等特点,从3种常用的RNA提取方法中优选出改良Trizol法,应用该法得到的RNA纯度高(OD260/280=2.01;OD260/230=2.02)、完整性好(RIN=9.50)、得率高(260μg·g-1)。以该法提取的RNA为模板,通过RACE和RT-PCR技术克隆罗汉果脱氢抗坏血酸还原酶基因全长,其长度为1 252 bp,开放阅读框(ORF)为819 bp,命名为SgDHAR,GenBank登录号为KC907731,编码一条272个氨基酸的肽链,理论分子量为30.217 7 kD,等电点为8.76。该蛋白与GenBank中已登录的DHAR序列比对显示与黄瓜同源性最高(87%)。应用实时荧光定量PCR对SgDHAR在罗汉果不同组织及不同倍性中的表达模式分析发现,该基因主要在果实和茎中表达,其次是花,根中的表达量最低;在三倍体中的表达量为二倍体的6.83倍,推测该基因可能参与了三倍体无籽罗汉果的败育过程。
韦荣昌赵欢马小军密克莫长明潘丽梅白隆华唐其
关键词:RACE生物信息学
罗汉果全基因组Survey分析被引量:20
2015年
罗汉果是广西特有药用及甜料植物,其主要成分之一甜苷V作为天然、非糖甜味剂,具有广阔的开发前景,但罗汉果目前完全来自于栽培,适生区狭窄,连作障碍严重,加之含量低导致甜苷V生产成本居高不下,严重限制了其应用。为了减少盲目性,在大规模全基因组深度测序之前,先做低覆盖度的基因组Survey测序,评价基因组的大小及复杂程度,以确定适合该植物全基因组的测序研究策略。该研究采用第二代高通量测序技术(Illumina Hiseq TM 2000)首次测定了罗汉果基因组大小,并利用生物信息学方法估计罗汉果杂合率、重复序列和GC含量等基因组信息。结果表明:(1)获得了18.1 Gb罗汉果基因组测序数据,基因组大小估计为344.95 Mb左右,测序深度为52×;(2)从K-mer分布曲线发现罗汉果基因组有明显的杂合峰,杂合率达1.5%,基因组高杂合导致组装的结果中Contig N50和Scaffold N50的长度比预期的要短很多,还造成GC平均深度及含量分布明显异常,存在一个低深度分布区域。基因组主峰后面有微弱的重复峰,说明罗汉果存在较多的重复序列;(3)由于罗汉果存在高杂合率和重复序列较多的特点,该基因组测序分析仅采用全基因组鸟枪法(WGS)策略不合适,为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装,可尝试结合采用Fosmid-to-Fosmid或BAC-to-BAC策略。该研究结果对于揭示罗汉果产量、有效成分含量、发育及抗病虫的分子机制,以及通过分子育种来提高甜苷V含量和降低生产成本具有重要意义,为全基因组测序策略的选择提供了依据。
唐其马小军莫长明潘丽梅韦荣昌赵欢
关键词:基因组测序GC含量
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