博士科研启动基金(Z0859)
- 作品数：2 被引量：2H指数：2
- 相关作者：胡建平常珊唐典勇范晶张小轶更多>>
- 相关机构：乐山师范学院华南农业大学北京工业大学更多>>
- 发文基金：四川省自然科学基金博士科研启动基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- HIV-1整合酶与芳香二酮酸类抑制剂相互作用的分子模拟研究被引量：2
- 2009年
- 用分子对接方法研究了一系列芳香二酮酸类抑制剂与HIV-1整合酶的识别及相互作用.结果表明,抑制剂结合到整合酶Asp64～Leu68,Thr115～Phe121,Gln148～Lys159和Mg2+所构成的口袋区,抑制机理与5CITEP相似.采用分子动力学模拟和MM/PBSA方法计算了芳香二酮酸类抑制剂与整合酶之间的结合自由能,计算结果与实验值相吻合,平均绝对偏差为3.6kJ/mol,体系范德华相互作用和溶剂化效应的非极性项是利于形成复合物的主要因素.相关性分析结果表明,结合自由能值与疏水相互作用有较强的线性相关(R=0.61),基于此,用多元线性回归方法给出了一个能较强预测芳香二酮酸类抑制剂与HIV-1整合酶的结合自由能预测模型,为后续基于抑制剂结构的抗HIV-1药物分子设计提供指导.
- 胡建平张小轶唐典勇常珊
- 关键词：整合酶分子设计
- HIV-1整合酶G140A/G149A及T66I/S153Y突变后的构象变化被引量：2
- 2010年
- 对HIV-1整合酶(IN)野生体(WT),G140A/G149A和T66I/S153Y突变体分别进行了5ns的分子动力学(MD)模拟,并用成簇和动力学交叉相关图(DCCM)分析了突变前后的构象变化.整体结构分析表明,突变后IN的活性口袋尺寸变化不大,T66I/S153Y突变体分子的整体运动性提高,而G140A/G149A突变体的功能loop区柔性明显上升.INWT的方均根涨落(RMSF)模拟值与B因子实验值的较高相关性证明了柔性分析的合理性.通过成簇分析发现,IN在突变后功能loop区构象有开合运动,构象开放的概率是:体系G140A/G149A>T66I/S153Y>WT.最后DCCM分析结果表明,功能性分区的弱化以及DDE基序残基运动相关性的降低均有可能是突变体G140A/G149A和T66I/S153Y产生抗药性的原因.模拟结果对理解IN突变体的抗药机理以及为基于HIV-1IN的药物分子设计提供了理论帮助。
- 胡建平唐典勇范晶常珊
- 关键词：整合酶突变体构象变化
