江西省自然科学基金(2010GZN0021)
- 作品数：3 被引量：1H指数：1
- 相关作者：饶友生王樟凤柴学文彭武林陈颖更多>>
- 相关机构：南昌师范学院南昌大学更多>>
- 发文基金：江西省自然科学基金江西省教育厅科学技术研究项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 珍珠鸟(Taeniopygia guttata)小染色体基因表达的密码子偏性
- 2013年
- 从NCBI数据库(http:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map)下载珍珠鸟全部小染色体基因的cDNA序列,最终共有1 586个基因的CDS序列纳入统计分析。密码子的偏性分析使用CodonW(1.4.2)完成,初步确定了UUC、UCC、UCG等27个密码子为珍珠鸟小染色体基因表达的"最优"密码子。对应分析表明,影响珍珠鸟小染色体基因密码子使用的主要因素分别为GC3s、CDS的GC含量基以及因的表达丰度。珍珠鸟小染色体基因的密码子用法受到了基因碱基组成的显著影响,其密码子的偏性是碱基组成及选择等因素综合作用的结果。本研究的目的是系统探究珍珠鸟小染色体基因的密码子用法,探究鸟类基因表达的分子调控机制。
- 王樟凤柴学文黄润红彭武林饶友生
- 关键词：珍珠鸟密码子偏性
- 江西省三个地方鸡种群体有效规模的估算被引量：1
- 2016年
- 在鸡1号染色体(GGA1)的Contig.060226.1上一个500 kb的区域选取30个SNP位点,研究江西省三个地方鸡种(宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡)的单核苷酸多态性及连锁不平衡模式,估算其不同世代的群体有效规模大小。结果显示:在鸡驯养的较早期阶段(t=769),各品种的群体有效规模较大,宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡分别为4 074、3 090、1 480;在鸡驯养的较晚期阶段,宁都黄鸡(t≤59)的群体有效规模为550,白耳黄鸡、安义瓦灰鸡(t≤45)分别为300、277。使用Sved模型对连锁不平衡系数r^2及传递的物理距离进行拟合,结果发现:宁都黄鸡、安义瓦灰鸡拟合状况良好(P=0.0272,R2=0.9196;P=0.0193,R^2=0.7276);白耳黄鸡虽未达到显著水平(P=0.3837,R^2=0.2541),但也表现出逐步递减的趋势,其r^2总变异方差的25.41%是由传递距离引起的。表明对宁都黄鸡、安义瓦灰鸡群体有效规模的估算相对准确,对白耳黄鸡群体有效规模的估算可能有偏。研究结果对于江西省三个地方鸡种特别是宁都黄鸡、安义瓦灰鸡的原位保存有重要的理论指导意义。
- 王樟凤朱学农饶昕昊肖月玲陈颖柴学文张仁颠饶友生
- 关键词：宁都黄鸡白耳黄鸡
- 珍珠鸟(Taeniopygia guttata)Z染色体基因表达的密码子用法
- 2013年
- 从EMBL数据库下载珍珠鸟(Taeniopygia guttata)Z染色体全部基因的cDNA序列,共有610个基因的CDS序列纳入统计分析。使用CodonW(1.4.2)对CDS序列进行密码子偏性研究,确定了UUC、CUC、CUG等28个密码子为珍珠鸟Z染色体基因表达的"最优"密码子。对应分析表明,影响珍珠鸟Z染色体基因表达的密码子用法的主要因素分别为GC3s(同义密码子第3位的G C频率)、CDS的GC含量以及基因的表达水平。据此推论,珍珠鸟Z染色体基因表达的密码子偏性是核苷酸组成和选择等因素综合作用的结果。
- 王樟凤柴学文彭武林黄润红饶友生
- 关键词：珍珠鸟Z染色体密码子用法
