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国家重点基础研究发展计划(2009CB522600): 作品数：15 被引量：273H指数：8; 相关作者：杨瑞馥周冬生郭兆彪谭亚芳高鹤更多>>; 相关机构：军事医学科学院中国疾病预防控制中心传染病预防控制所江苏大学更多>>; 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项更多>>; 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>

Shiga toxin-producing Escherichia coli O104:H4: An emerging 0important pathogen in food safety被引量：5: 2013年; In 2011, Shiga toxin-producing Escherichia coli O104 : H4 resulted in a large outbreak of bloody diarrhea and hemolytic uremic syndrome (HUS) in Germany and 15 other countries in Europe and North America. This event raised a serious public health crisis and caused more than two billion US dollars in economic losses. In this review, we describe the classification of E. coli, the Germany outbreak, and the characteristics and epidemical source-tracing of the causative agent. We also discuss the genomics analysis of the outbreak organism and propose an open-source genomics analysis as a new strategy in combating the emerging infectious diseases.; CUI YuJunLI DongFangYANG RuiFu; 关键词：志贺毒素病原体大肠埃希菌

开源基因组学：对抗新发和突发传染病的新策略被引量：3: 2012年; 一、基因组学的发展及其在新发传染病中的应用随着20世纪70年代Sanger双脱氧链终止核酸测序方法的发明，DNA自动测序技术进入到生命科学领域，并成为不可或缺的技术之一，为生命科学的发展做出了突出贡献。进入21世纪以来，; 杨瑞馥崔玉军栗东芳; 关键词：基因组学突发传染病新发传染病测序方法测序技术

高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用被引量：163: 2011年; 20世纪70年代发明的核酸测序技术为基因组学及其相关学科的发展做出了巨大贡献,本世纪初发展的以Illumina公司的HiSeq 2000,ABI公司的SOLiD,和Roche公司的454技术为代表的高通量测序技术又为基因组学的发展注入了新活力。本文在阐述这些技术的基础上,着重讨论了新一代测序技术在微生物领域中的应用。; 秦楠栗东芳杨瑞馥; 关键词：高通量微生物学基因组学

副溶血性弧菌基因敲除方法的建立及应用被引量：16: 2011年; 目的摸索出一套副溶血性弧菌基因敲除的可靠方案,副溶血性弧菌致病相关基因的敲除对深入研究其致病机制有重要意义。方法通过融合PCR技术将目的基因上下游同源臂融合并克隆到自杀载体pDS132上,将重组质粒转化大肠杆菌S17λpir中,再接合转移到副溶血性弧菌菌株内,经pDS132质粒上sacB基因的反向筛选得到突变株。结果成功构建了副溶血性弧菌RIMD2210633菌株ΔopaR,ΔtoxR和ΔaphA三个基因突变株。结论通过自杀载体同源重组成功获得精确敲除的无痕突变株更有利于基因功能的研究,使后续副溶血性弧菌突变株与野生株的对比研究成为可能。; 刘霞高鹤杨琳张义全谭亚芳郭兆彪黄新祥杨瑞馥周冬生; 关键词：同源重组

丝绸之路与传染病传播被引量：9: 2013年; 丝绸之路是指古代连接亚洲、非洲和欧洲的商业贸易和民族迁徙交流的大通道。它在物质贸易、民族融合和文化交流等方面给沿途国家带来繁荣发展机会的同时,也为传染病的传播创造了机会。研究表明,炭疽、麻风和鼠疫的古代传播与丝绸之路密切相关。比较基因组学分析为这些疾病沿丝绸之路传播提供了可靠的证据。这些研究不仅对理解传染病的历史传播有意义,而且也为传染病病原的起源与进化勾勒出了路线图,为科学防治奠定了基础。; 杨瑞馥; 关键词：丝绸之路炭疽鼠疫麻风病原

PCR鉴定肺炎克雷伯菌的强毒性血清型被引量：8: 2012年; 目的:了解肺炎克雷伯菌强毒性血清型K1、K2、K54和K57型菌株在我国重庆、北京、深圳三地的分布及流行趋势。方法:采用PCR对310株肺炎克雷伯菌临床分离株进行血清型K1、K2、K54和K57检测。结果:310株菌中,K1、K2、K54和K57血清型分别占14.2%、9.4%、6.5%和4.2%;来自呼吸系统标本分离株中的K1血清型菌株在4种检测的强毒血清型中占首位,为呼吸系统总数的17.4%。结论:310株肺炎克雷伯菌的4种强毒性血清型中,K1血清型菌株所占比例高,较为流行。; 和晋渝邱景富刘梦颖闫小娟李迎丽郭兆彪周冬生; 关键词：肺炎克雷伯菌血清型强毒株聚合酶链反应

不同生长时期鼠疫耶尔森菌调控子Fis转录谱的比较分析: 2011年; 目的:进行不同生长时期鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)野生株和fis突变株转录谱的比较分析。方法:基于Red重组系统缺失替换鼠疫菌的fis基因;用鼠疫菌全基因组DNA芯片转录谱技术,比较不同生长时期鼠疫菌野生株和fis突变株在转录水平上的差异;用实时定量RT-PCR对转录谱结果进行验证。结果:构建了鼠疫菌fis::Km突变株,芯片杂交数据与RT-PCR验证的比较结果表明二者有较高的相关性,相关系数r=0.93。结论:无论生长对数期还是稳定期,Fis都能够激活或抑制鼠疫菌一些重要基因的转录,如Ⅲ型分泌系统效应蛋白编码基因、psaAB、pla、rovA等,表明Fis可能与其他调控子一起,在鼠疫菌的代谢及毒力因子转录的协调控制上起关键作用。; 马立芝高鹤张义全谭亚芳郭兆彪杨瑞馥周冬生; 关键词：鼠疫耶尔森氏菌

鼠疫耶尔森氏菌的进化研究:从系统发育学到系统发育基因组学被引量：14: 2013年; 20世纪90年代末起,基因组学在细菌研究中应用越来越广泛,尤其在进化领域,取得了一系列革命性的发现.本文以鼠疫耶尔森氏菌进化研究为例,介绍了从利用基因组中少数特定片段(等位基因)多态性进行分析的传统系统发育学,到基于大量菌株全基因组序列进行系统发育基因组学的研究发展历程,回顾讨论了基因组学技术的进步为鼠疫菌进化研究领域带来的成果.; 崔玉军宋亚军杨瑞馥; 关键词：鼠疫菌进化基因组学系统发育

鲍曼不动杆菌多重耐药中国分离株的多位点序列分型及种群结构被引量：5: 2011年; 目的了解中国鲍曼不动杆菌多重耐药株的遗传背景，并分析鲍曼不动杆菌的种群结构。方法采用多位点序列分型（MLST）分析了33株来自中国的鲍曼不动杆菌多重耐药株，并汇总MLST数据库中该菌的相关数据，鉴定了序列型与克隆群，分析了各个看家基因是否存在同源重组，计算了总体种群的标准化关联系数（I^sA）、重组与突变比值。针对MLST数据库中所有423株菌的等位基因型图谱，构建了种群系统发育树。结果33株菌中有6个序列型，其中29株属于CC92克隆群。所有7个看家基因中（gltA、gyrB、recA、cpn60、gah8、gpi、,poD），后3个位点发生了统计学意义上的重组。总体种群的重组及突变比值为6．083，I^sA值为0．155。所有纳入分析的423株菌可分为224个序列型，共鉴定出10个克隆群，其中CC92是主导克隆群。423株菌的系统进化树较好地呈现各序列型之间的进化关系，直观地展示了鲍曼不动杆菌的微进化。结论33株鲍曼不动杆菌多重耐药株大多属于CC92克隆群。鲍曼不动杆菌的种群内存在频繁重组，但等位基因型仍保持着连锁不平衡的特征，该菌具有典型的Epidemic种群结构。; 杨潮颜焱锋王桂琴谭亚芳; 关键词：不动杆菌感染种群结构

鼠疫研究进展与展望被引量：17: 2010年; 鼠疫是一种极其烈性的人畜共患传染病,其自然疫源地广泛分布于世界各地。近20年来鼠疫的动物与人间疫情有所加重,世界卫生组织已将其列为重新抬头的传染病。鼠疫菌是传统的生物战剂,也是潜在的生物恐怖剂。鼠疫研究中主要有四个关键的科学问题:鼠疫菌的遗传多态性与微进化;鼠疫菌的致病与传播机制;鼠疫疫苗;鼠疫自然保存机制。本文就这些关键科学问题的研究进展与展望进行了论述。; 周冬生杨瑞馥; 关键词：鼠疫

国家重点基础研究发展计划(2009CB522600)

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