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变形链球菌高毒力株特异DNA片段的序列测定及生物信息学分析被引量：5: 2006年; 目的将筛选得到的变形链球菌高毒力株特异的DNA片段序列与数据库中已知序列进行对比,发现高毒力株特异的新基因或已知基因的新功能,推测、鉴定基因所编码蛋白质的功能。方法对筛选得到的c血清型变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段进行序列测定,利用BLAST2.2.6程序进行核苷酸和含6相位阅读框架编码的氨基酸的相似性检索。结果变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段中,2个为重复克隆,片段大小在113～776bp之间,平均G+C含量为38.59%,与已完成测序的变形链球菌UA159基因编码区的G+C含量相近。发现了5个新的基因片段,其余的片段均与变形链球菌UA159基因组中的基因有高度的同源性。依据推测的功能,高毒力株特异的DNA片段主要与信号转导及转录调节、修复应激损伤、生化代谢、外膜蛋白合成及粘附以及目前功能仍未知或不确定的假想蛋白有关。结论利用生物信息学相关软件及数据库进行c血清型变形链球菌高毒力株特异DNA片段的基因分析、识别及功能预测,发现了5个新的基因片段以及高毒力株特异的DNA片段的主要功能,为进一步的基因功能研究奠定基础。; 郭丽宏史俊南; 关键词：变形链球菌测序生物信息学

变形链球菌UA159磷酸蔗糖变位酶基因功能丧失菌株的构建被引量：4: 2008年; 目的:构建变形链球菌UA159磷酸蔗糖变位酶基因(phospho-sugar mutasegene,psm)功能丧失菌株,为进一步研究变形链球菌psm功能做准备。方法:将变形链球菌UA159 psm内部上、下游2段序列分别克隆至自杀质粒pFW5的2个多克隆位点(MCS-I和MCS-II),构建重组质粒,并经酶切和测序证实。利用同源重组(homologous recombination)原理,采用自然转化的方法,实现重组自杀质粒和变形链球菌UA159同源序列的等位交换(allelic exchange)。结果:经过PCR和测序分析,证实变形链球菌UA159基因组中的psm被重组质粒的基因(含有壮观霉素抗性)取代。结论:成功构建了变形链球菌UA159psm功能丧失菌株。; 段劲刘筱娣郭丽宏; 关键词：变形链球菌同源重组

利用抑制消减杂交技术构建变形链球菌高毒力株特异的基因文库被引量：4: 2005年; 目的构建c血清型变形链球菌高毒力株特异的基因文库,为变形链球菌毒力基因的筛选奠定基础.方法从一对c血清型变形链球菌高、低毒力株中提取基因组DNA,用四碱基限制性内切酶酶切,以高毒力株的DNA酶切产物为tester DNA,低毒力株的DNA酶切产物为driver DNA,tester DNA连接接头后与driver DNA进行抑制消减杂交,并检测连接效率与消减效率.将获得的消减PCR产物与pCR2.1载体连接,转化E.coliTOP10F'感受态细胞,进行蓝白筛选.结果从识别四碱基序列的限制性内切酶中,筛选出Alu工,用于制备变形链球菌基因组DNA的代表性片段,产生的酶切产物位于0.1～2.0kb.testerDNA与接头的连接效率大于25%,抑制消减杂交后消减效率检测显示,同时存在于tester与driver DNA中的23S rRNA基因在消减组中出现时间较未消减组晚6个循环,将消减PCR产物克隆后,挑取96个转化子,构建高毒力株特异的基因文库.结论利用抑制消减杂交技术,进行c血清型变形链球菌高、低毒力株之间基因组DNA的比较,初次构建了高毒力株特异的基因文库.; 郭丽宏史俊南张莹; 关键词：变形链球菌抑制消减杂交基因组DNA

c血清型变形链球菌低毒力株特异DNA片段的生物信息学分析被引量：2: 2006年; 目的：发现c血清型变形链球菌低毒力株特异的新基因或已知基因的新功能，推测、鉴定基因所编码蛋白质的功能。方法：对筛选得到的26个变形链球菌低毒力株特异的DNA片段进行序列测定，利用BLAST2．2．6程序进行核苷酸和含6相位阅读框架编码氨基酸的相似性检索。结果：变形链球菌低毒力株特异的DNA片段大小在113～776bp之间，平均G＋C含量为38．27％，其中有8个片段为新的基因片段，在GenBank中登记。结论：发现了8个新的基因片段以及低毒力株特异的DNA片段的主要功能，为下一步的基因功能研究奠定基础。; 郭丽宏史俊南张莹; 关键词：变形链球菌测序生物信息学

变形链球菌thrS基因生物信息学分析及同源重组质粒的构建被引量：1: 2010年; 背景:变形链球菌是公认的主要致龋菌,细菌的黏附、生物膜形成、产酸、耐酸等各个表型都与细菌的致龋性相关。有研究结果提示,苏氨酰-tRNA合成酶基因(threonyl-tRNA synthetase,thrS)可能与变形链球菌的黏附、产酸、耐酸等致龋性表型相关。目的:对苏氨酰-tRNA合成酶基因进行保守性分析,构建用于变形链球菌苏氨酰-tRNA合成酶基因敲除的重组质粒。方法:首先通过生物信息学结合SouthernBlot对苏氨酰-tRNA合成酶基因的保守性进行分析,再将变形链球菌苏氨酰-tRNA合成酶基因上下游序列分别克隆至自杀质粒pFW5上的多克隆位点,构建用于基因敲除的重组质粒。观察苏氨酰-tRNA合成酶基因的保守性及重组质粒的构建结果。结果与结论:苏氨酰-tRNA合成酶基因在实验中所列6种变形链球菌中保守存在;经过聚合酶链反应和酶切分析,重组质粒所插入片断无误。表明重组质粒pFW5-thrS构建成功。重组质粒pFW5-thrS的构建可用于今后变形链球菌苏氨酰-tRNA合成酶基因功能的研究。; 刘筱娣段劲郭丽宏; 关键词：变形链球菌重组质粒生物信息学基因

构建变形链球菌psm基因同源重组质粒的实验被引量：1: 2008年; 背景:为了深入研究磷酸蔗糖变位酶基因psm与变形链球菌S.mutans致龋性之间的关系,需要利用同源重组原理构建psm基因功能丧失菌株,因此构建一个符合同源重组条件的合格质粒载体就成为实验工作的重要前提。目的:构建变形链球菌S.mutans UA159psm的两种同源重组质粒。设计、时间及地点:于2005-12/2006-07在北京大学医学部病原微生物实验室完成的单一样本观察实验。材料:实验所用口腔链球菌均来自四川大学华西口腔医学院微生物实验室。方法:首先应用Southern Blot对psm基因的保守性进行分析,再将S.mutans UA159psm基因内部序列分别克隆至自杀质粒pSF151和pVA981上的多克隆位点,构建重组质粒。主要观察指标:psm基因的保守性及重组质粒pSF151及pVA981的构建结果。结果:psm基因在实验中所列8种S.mutans中保守存在;经过聚合酶链反应和酶切分析,两个重组质粒所插入片断无误。重组质粒pSF151(空质粒大小为3.5kbp)和pVA981(空质粒大小为7.1kbp)构建成功。结论:两种可以用于转化S.mutans UA159的重组质粒的构建可用于今后S.mutans UA159psm基因功能的研究,且重组质粒大小是否影响转化效率需后续观察。; 段劲陈伟刘筱娣郭丽宏; 关键词：基因质粒

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