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全基因组预测稻瘟病菌的分泌蛋白: ＜正＞分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其他致病因子,深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用稻瘟病菌基因组学研究成果, 结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将...; 陈继圣郑士琴郑武周洁鲁国东王宗华; 文献传递

全基因组预测稻瘟菌的分泌蛋白被引量：43: 2006年; 目的分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其它致病因子,深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用稻瘟菌基因组学研究成果,结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能。方法利用SignalP对稻瘟菌基因库中所有ORF的N-端信号肽存在与否进行预测,再依次通过Protcomp、TMHMM、big-PIPredictor和TargetP预测程序进行验证,寻找出所有可编码信号肽的基因。结果对11108个稻瘟菌的ORF进行分析,最终预测出共有1235个ORF可编码分泌蛋白。结论经验证此预测方法之可靠性较高,这为深入研究分泌蛋白组学奠定了基础。; 陈继圣郑士琴郑武周洁鲁国东王宗华; 关键词：稻瘟菌分泌蛋白信号肽

稻瘟病菌丝氨酸蛋白酶基因MGSP3的功能分析: ＜正＞植物与病原菌相互作用的过程中,涉及双方许多信号分子的识别与传导。在病原菌方面,这些信号分子往往就是与植物受体蛋白起作用的激发子和其他致病因子。分泌蛋白因其分泌到体外的特性,最有可能是病原菌分泌到细胞外与寄主受体蛋白...; 魏艺聪周洁王宗华鲁国东; 文献传递

稻瘟病菌一个假定的α-1，2-甘露糖苷酶生物信息学分析: 2008年; 对稻瘟病菌一个假定的α-1,2-甘露糖苷酶MgManⅠ生物信息学进行分析的结果表明,该蛋白与海枣曲霉、桔青霉等丝状真菌的已知α-1,2-甘露糖苷酶(EC 3.2.1.113)氨基酸序列具有高度同源性,并具有其相同的活性中心位点.基序分析表明,该蛋白可能含有4个N-糖基化位点、3类19个磷酸化位点和12个N-肉豆蔻酰位点.该蛋白的相对分子质量预测为58.2 ku,理论等电点pI为5.17,并且为细胞外分泌蛋白,信号肽剪切位点为21A和22S之间.系统发育分析表明:MgManⅠ与丝状真菌中的海枣曲霉、桔青霉α-1,2-甘露糖苷酶之间亲缘关系最近,形成一大类;动物的α-1,2-甘露糖苷酶与植物的α-1,2-甘露糖苷酶分别聚成二大类;酿酒酵母α-1,2-甘露糖苷酶ScManⅠ与丝状真菌不同,单独成为一类.进一步以已知结构的PcManⅠ为模板,通过同源建模得到的三维结构图形基本反映了MgManⅠ的空间构象,为深入研究该蛋白的生化特性和生物学功能奠定了基础.; 周洁王思毅林成增鲁国东王宗华; 关键词：稻瘟病菌生物信息学

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国家自然科学基金(30471132)