国家自然科学基金(31171631)
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
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- 巴氏杜氏藻ζ-胡萝卜素脱氢酶基因的克隆与分析
- 2012年
- ζ-胡萝卜素脱氢酶(ZDS)基因是胡萝卜素生物合成途径中的一个关键酶之一。根据实验室已获得的巴氏杜氏藻ZDS基因的cDNA序列,设计引物,通过分段PCR的方法,获得ZDS基因的编码区序列。然后根据获得编码区序列,利用染色体步移的方法获得其两端侧翼序列:启动子和终止子,并利用生物信息学工具对获得序列进行分析。实验获得的完整ZDS基因全长11896 bp,其中编码区序列(从"ATG"到"TAA")长度为6435,编码区上游序列4091 bp(包括33 bp的5’UTR序列),编码区下游序列1370 bp(包括411 bp的3’UTR序列)。将编码序列与cDNA(开放阅读框)进行比对,发现整个编码区序列含有12个外显子和11个内含子,其中内含子长度达4686 bp,约为外显子长度的2.68倍,内含子均以GT开始,AG收尾,属于最常见的内含子类型。通过生物信息学分,发现ZDS启动子中具有多种转录因子结合位点,包括与光调控有关的GAGAbox,ASF1;与植物黄化反应有光的ACGTbox等。
- 肖岚劳永民姜建国
- 关键词：编码区启动子生物信息学
- 巴氏杜氏藻八氢番茄红素脱氢酶基因的克隆与分析
- 2013年
- 八氢番茄红素脱氢酶(PDS)是巴氏杜氏藻(Dunaliella bardawil)类胡萝卜素生物合成途径中的上游关键酶。本研究根据NCBI上已发布的巴氏杜氏藻mRNA序列(GenBank:Y14807),设计特异性引物,通过基因组步移法及半巢式PCR的方法,获得PDS编码区序列。在编码区序列获取过程中,发现5’端编码区有325 bp序列与NCBI上公布的cDNA序列有所不同,故采用了5’RACE技术进行验证,经过比对发现结果与本实验基因组步移所获得序列相匹配,推测NCBI公布mRNA序列的PDS与本实验获取的PDS可能为同工酶。然后根据获得的序列,再利用基因组步移PCR的方法获得其两端侧翼序列:启动子和终止子,并利用生物信息学工具对其进行分析。实验获得的完整PDS基因全长12678 bp,其中编码区序列长度为8113 bp,编码区上游序列3010 bp,编码区下游序列1555 bp,编码区序列含有12个外显子和11个内含子。通过生物信息学分,发现PDS启动子中具有多种转录因子结合位点。
- 姜建国陈善立劳永民
- 关键词：八氢番茄红素脱氢酶基因组步移巢式PCR启动子
- 特氏杜氏藻中乙酰辅酶A合成酶的基因克隆、表达、纯化及活性测定
- 2017年
- 乙酰辅酶A合成酶(ACS)催化合成乙酰辅酶A,它是油脂代谢和醋酸盐代谢的重要节点之一。本研究利用反转录PCR(RT-PCR)技术和cDNA末端快速扩增(RACE)技术分离得到了特氏杜氏藻(Dunaliella tertiolecta)乙酰辅酶A合成酶(Dt ACS)的c DNA全长(2464 bp),预测其开放阅读框(ORF)为2184 bp,727个氨基酸由此段编码。序列比对显示Dt ACS与绿藻ACS最为相似(与衣藻Chlamydomonas reinhardtii有68%一致;与团藻Volvox carteri f.nagariensis有70%一致)。选用带有硫氧还蛋白标签(Trx-tag)的pET32a(+)作为原核表达载体,并将Dt ACS转入pET32a(+)中从而构建了pET-32a-Dt ACS质粒。将其转入BL21(DE3)感受态细胞中,同时将pET-32a空载体也转入BL21(DE3)感受态细胞中,分别得到重组菌pET-32a-Dt ACS-BL21(DE3)和对照菌种pET-32a-BL21(DE3)。将重组菌在18℃、终浓度为0.6 mmol/L的IPTG条件下诱导12 h,表达出来的带有Trx-His标签融合蛋白的Dt ACS约为8.74 ku(6.99ku+1.75 ku)。此外,将表达得到的重组蛋白经Ni2+亲和层析柱纯化,纯化后蛋白比活力为52.87 U/mg。
- 金宏昊梁明华姜建国
- 关键词：基因克隆纯化
- 巴氏杜氏藻番茄红素β-环化酶基因的克隆及其启动子的活性分析被引量：2
- 2013年
- 杜氏盐藻是迄今为止工业化生产β-胡萝卜素最成功的经济微藻之一,番茄红素β-环化酶(LycB)是催化番茄红素合成β-胡萝卜素的关键酶。本研究根据实验室克隆得到的LycB的cDNA序列,通过分析其保守序列设计引物,通过分段克隆PCR及基因组步移的方法,克隆获得几乎完整的LycB基因组序列。测序结果表明,克隆到的该部分LycB基因组序列含有5863 bp,由11个外显子和10个内含子组成。再通过基因组步移的方法,获得LycB基因启动子和终止子序列。其中,5’端上游序列长度为2566 bp,3’端下游序列长度为818 bp。采用PlantPAN在线启动子预测工具进行分析,结果表明,该基因启动子含有一些顺式作用元件如光响应元件、盐响应元件等,表明巴氏杜氏藻LycB基因的表达可能受到光照及盐浓度等因素的调控。
- 姜建国陆燕劳永民
- 关键词：启动子终止子
